60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1102 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_2721  putative DNA methyltransferase  40.09 
 
 		 1121 aa  703    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1102  putative DNA methyltransferase  100 
 
 		 1100 aa  2237    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.822518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5510  putative DNA methyltransferase  45.45 
 
 		 555 aa  493  9.999999999999999e-139  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.113009  normal  0.19164 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1765  hypothetical protein  28.57 
 
 		 1098 aa  209  3e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1196  adenine specific DNA methyltransferase  23.24 
 
 		 1059 aa  205  5e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  unclonable  0.0000965363  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0925  adenine specific DNA methyltransferase  25.27 
 
 		 1049 aa  201  9e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00490448  normal  0.369503 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0310  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase, putative  21.37 
 
 		 1116 aa  187  1.0000000000000001e-45  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0499  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase, putative  23.82 
 
 		 1047 aa  175  5e-42  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0340  adenine specific DNA methyltransferase  24.12 
 
 		 1064 aa  169  4e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0570393 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3803  helicase-like protein  24.01 
 
 		 1176 aa  155  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.230182  hitchhiker  0.00335378 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3195  adenine specific DNA methyltransferase  26.67 
 
 		 1125 aa  133  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.000607783  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2642  type III restriction protein res subunit  24.79 
 
 		 1632 aa  108  6e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1662  adenine specific DNA methyltransferase  21.86 
 
 		 1005 aa  107  8e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008507  LACR_E6  superfamily II DNA/RNA helicase  23.42 
 
 		 1560 aa  94.7  8e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1937  superfamily II DNA/RNA helicase  21.57 
 
 		 1024 aa  90.9  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00156892  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2194  superfamily II DNA/RNA helicase  22.46 
 
 		 1021 aa  90.9  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4323  type III restriction enzyme, res subunit  23.88 
 
 		 1613 aa  85.5  0.000000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14100  predicted helicase  23.38 
 
 		 1847 aa  74.7  0.000000000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.605074  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0037  helicase domain protein  19.89 
 
 		 1636 aa  72.8  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.527167  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0578  type III restriction enzyme, res subunit  23.4 
 
 		 1609 aa  72.8  0.00000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4598  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like  27.32 
 
 		 416 aa  59.3  0.0000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0102  adenine specific DNA methyltransferase, putative  24.91 
 
 		 1615 aa  56.6  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675246  hitchhiker  0.0000128241 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2498  type I restriction-modification system, M subunit  27.18 
 
 		 488 aa  55.1  0.000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.095428  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0353  N-6 DNA methylase  28.82 
 
 		 488 aa  53.9  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0901  N-6 DNA methylase  28.67 
 
 		 478 aa  52  0.00006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.741705  normal  0.972786 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  28.57 
 
 		 523 aa  51.6  0.00008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  28.57 
 
 		 508 aa  50.8  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3351  hypothetical protein  38.38 
 
 		 1338 aa  50.1  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.465815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1310  N-6 DNA methylase  29.47 
 
 		 489 aa  49.7  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1169  N-6 DNA methylase  25.21 
 
 		 499 aa  49.3  0.0004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.337809  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0862  type IIS restriction endonuclease, putative  28.26 
 
 		 1132 aa  49.3  0.0004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00475816 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02073  type I restriction enzyme EcoEI M protein  30.07 
 
 		 489 aa  48.9  0.0005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0380  DEAD/DEAH box helicase-like  22.92 
 
 		 1301 aa  48.9  0.0005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.145583  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1133  N-6 DNA methylase  28.24 
 
 		 490 aa  48.1  0.0008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.813419  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3396  type I restriction enzyme M protein  27.66 
 
 		 481 aa  48.5  0.0008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3285  putative restriction/modification enzyme  32.85 
 
 		 1432 aa  48.1  0.0009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2961  N-6 DNA methylase  30.3 
 
 		 530 aa  47.8  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3143  helicase domain-containing protein  23.21 
 
 		 1063 aa  47.4  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.833808  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1062  hypothetical protein  27.96 
 
 		 1231 aa  47.8  0.001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000818904  hitchhiker  0.00000512763 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6045  type I restriction-modification system subunit M  31.85 
 
 		 489 aa  48.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0475301  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1016  N-6 DNA methylase  29.05 
 
 		 485 aa  47.8  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0606  type I restriction-modification system subunit M  27.27 
 
 		 523 aa  47  0.002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2616  N-6 DNA methylase  26.11 
 
 		 492 aa  47  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0464512 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1282  N-6 DNA methylase  32.61 
 
 		 481 aa  46.6  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1031  N-6 DNA methylase  26.59 
 
 		 477 aa  47  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.11238  normal  0.336468 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4612  N-6 DNA methylase  30.6 
 
 		 489 aa  47.4  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000590691 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  27.18 
 
 		 498 aa  47  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2355  N-6 DNA methylase  25.45 
 
 		 1038 aa  46.2  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1415  N-6 DNA methylase  23.53 
 
 		 477 aa  46.6  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0877265  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3600  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  34.38 
 
 		 530 aa  46.2  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  24.32 
 
 		 500 aa  46.2  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4741  type I restriction-modification system, M subunit  29.5 
 
 		 489 aa  45.8  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2649  protein of unknown function DUF559  40.58 
 
 		 1712 aa  45.4  0.006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0031  N-6 DNA methylase  29.17 
 
 		 539 aa  45.1  0.007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.775177  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0353  type II restriction enzyme, methylase subunit  33.73 
 
 		 1573 aa  45.1  0.007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  26.24 
 
 		 498 aa  45.4  0.007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4265  type I restriction-modification system, M subunit  30.3 
 
 		 537 aa  45.1  0.007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3672  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  30.77 
 
 		 533 aa  45.1  0.008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3380  N-6 DNA methylase  32.56 
 
 		 570 aa  45.1  0.008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.368642  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1669  hypothetical protein  27.18 
 
 		 1209 aa  44.7  0.01  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>