191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_3141 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_3141  N-6 DNA methylase  100 
 
 
746 aa  1536    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4361  N-6 DNA methylase  37.47 
 
 
908 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2355  N-6 DNA methylase  26.88 
 
 
1038 aa  156  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1469  type I restriction-modification system, M subunit, putative  24.38 
 
 
1002 aa  153  8.999999999999999e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0121  putative DNA methylase  26.39 
 
 
1022 aa  134  5e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0162  hypothetical protein  25.79 
 
 
1016 aa  134  6e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3055  protein of unknown function DUF450  23.02 
 
 
950 aa  92.4  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1333  protein of unknown function DUF450  23.98 
 
 
995 aa  86.3  0.000000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.126844  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1892  protein of unknown function DUF450  22.68 
 
 
1058 aa  84  0.000000000000009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4598  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like  29.73 
 
 
416 aa  80.5  0.0000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1800  hypothetical protein  31.67 
 
 
372 aa  75.5  0.000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2725  N-6 DNA methylase  24.45 
 
 
554 aa  70.9  0.00000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1310  N-6 DNA methylase  26.03 
 
 
1041 aa  70.5  0.0000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.881884  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1159  hypothetical protein  20.65 
 
 
1036 aa  69.3  0.0000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1130  N-6 DNA methylase  25.76 
 
 
553 aa  68.6  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1454  N-6 DNA methylase  25.76 
 
 
553 aa  67.4  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.330488  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3203  DNA methylase  25.16 
 
 
1189 aa  67.4  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0308495  normal  0.982662 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4241  N-6 DNA methylase  24.12 
 
 
570 aa  66.2  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0792  hypothetical protein  26.83 
 
 
573 aa  66.2  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0823  N-6 DNA methylase  27.43 
 
 
493 aa  65.5  0.000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0228  hypothetical protein  22.92 
 
 
652 aa  64.7  0.000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2397  hypothetical protein  25.89 
 
 
792 aa  64.7  0.000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1466  putative type II DNA modification enzyme  29.79 
 
 
1219 aa  64.3  0.000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.233784  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1525  type I restriction modification enzyme methylase subunit  22.43 
 
 
579 aa  63.9  0.00000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04295  Type II restriction enzyme, methylase subunit  21.17 
 
 
1020 aa  63.5  0.00000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1514  methyltransferase small  24.89 
 
 
466 aa  63.9  0.00000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.271049  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1202  hypothetical protein  24.67 
 
 
1282 aa  63.9  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.394642  hitchhiker  0.00171633 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1724  type I restriction-modification system, M subunit  24.62 
 
 
494 aa  61.6  0.00000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1545  hypothetical protein  26.87 
 
 
1195 aa  62  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0985179  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2095  N-6 DNA methylase  22.96 
 
 
481 aa  62  0.00000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0161  N-6 DNA methylase  24.41 
 
 
508 aa  61.2  0.00000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.885199 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20220  N-6 DNA methylase  24.79 
 
 
484 aa  60.8  0.00000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.644983  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3271  putative RNA methylase  25.78 
 
 
479 aa  59.3  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11081  normal  0.0311183 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3192  N-6 DNA methylase  21.46 
 
 
605 aa  60.1  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0354  putative type II DNA modification enzyme  32.2 
 
 
1319 aa  59.3  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.257085  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  24.2 
 
 
775 aa  59.7  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0993  Eco57I restriction endonuclease  27.16 
 
 
595 aa  59.7  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.544878  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1031  N-6 DNA methylase  22.55 
 
 
477 aa  60.1  0.0000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.11238  normal  0.336468 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0807  DNA-methyltransferase, type I restriction-modification enzyme subunit M  23.71 
 
 
486 aa  58.9  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.444408  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1415  N-6 DNA methylase  28.85 
 
 
477 aa  58.5  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0877265  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1956  putative type II DNA modification enzyme  33.33 
 
 
1055 aa  58.5  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129503  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1133  N-6 DNA methylase  26.05 
 
 
490 aa  58.9  0.0000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.813419  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4910  N-6 DNA methylase  28.63 
 
 
584 aa  58.2  0.0000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.268375  normal  0.686666 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1916  hypothetical protein  43.08 
 
 
1430 aa  58.2  0.0000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0689  DNA methylase-type I restriction-modification system  22.35 
 
 
687 aa  57.8  0.0000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5860  type I restriction-modification system, M subunit  26.84 
 
 
493 aa  57  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.822857 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0971  putative DNA methylase  23.48 
 
 
1222 aa  57.4  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2008  Sec-independent protein translocase protein TatC  24.43 
 
 
489 aa  57.4  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0392  N-6 DNA methylase  22.88 
 
 
967 aa  57  0.000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1603  Eco57I restriction endonuclease  24.56 
 
 
1170 aa  56.6  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.741912  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3351  hypothetical protein  27.36 
 
 
1338 aa  56.6  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.465815  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1169  N-6 DNA methylase  22.06 
 
 
499 aa  56.2  0.000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.337809  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0613  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  24.91 
 
 
484 aa  56.2  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1535  N-6 DNA methylase  26.07 
 
 
486 aa  56.6  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1501  protein of unknown function DUF450  25.55 
 
 
974 aa  55.8  0.000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000140584  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2480  N-6 DNA methylase  23.14 
 
 
587 aa  55.8  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255725  normal  0.125112 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4283  hypothetical protein  38.14 
 
 
1233 aa  55.8  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4881  type I restriction-modification system M subunit  26.41 
 
 
489 aa  55.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.900731 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1457  type I restriction-modification system, M subunit, putative  22.05 
 
 
684 aa  55.5  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3077  hypothetical protein  23.68 
 
 
562 aa  55.5  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000627479 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1326  hypothetical protein  31.29 
 
 
1141 aa  55.1  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.770705  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4809  N-6 DNA methylase  21.43 
 
 
544 aa  55.1  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.136314  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0901  N-6 DNA methylase  21.43 
 
 
478 aa  54.7  0.000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.741705  normal  0.972786 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3570  N-6 DNA methylase  26.2 
 
 
484 aa  54.7  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.054861  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2731  putative type II DNA modification enzyme  31.3 
 
 
1338 aa  54.7  0.000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1174  N-6 DNA methylase  24.86 
 
 
493 aa  54.7  0.000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0879909  normal  0.322631 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0823  N-6 DNA methylase  24.74 
 
 
768 aa  54.7  0.000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0181192  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0114  hypothetical protein  34.21 
 
 
1231 aa  54.3  0.000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7831  putative type II DNA modification enzyme  32.17 
 
 
1358 aa  53.5  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2876  N-6 DNA methylase  21.09 
 
 
544 aa  53.9  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4713  N-6 DNA methylase  21.09 
 
 
544 aa  53.5  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0950517  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1909  hypothetical protein  24.58 
 
 
557 aa  53.5  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00461375  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3226  N-6 DNA methylase  23.58 
 
 
481 aa  53.9  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0324  N-6 DNA methylase  22.52 
 
 
657 aa  53.9  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00528654  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02073  type I restriction enzyme EcoEI M protein  25.23 
 
 
489 aa  53.9  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0724  putative type II DNA modification enzyme  27.6 
 
 
1321 aa  52.8  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2488  putative RNA methylase  26.74 
 
 
604 aa  52.8  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05210  hypothetical protein  25.54 
 
 
1209 aa  53.1  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  23.66 
 
 
834 aa  53.1  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4701  hypothetical protein  25 
 
 
795 aa  53.5  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.313867 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6045  type I restriction-modification system subunit M  25.58 
 
 
489 aa  53.1  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0475301  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3088  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  25.84 
 
 
502 aa  53.1  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.143322  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3176  N-6 DNA methylase  22.99 
 
 
503 aa  52  0.00004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00238415  unclonable  0.0000000000000309055 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3043  hypothetical protein  30.67 
 
 
871 aa  51.6  0.00005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.743399  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3534  EcoEI R domain-containing protein  23.11 
 
 
481 aa  51.6  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0122101  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2493  type IIS restriction enzyme  22.01 
 
 
1183 aa  51.2  0.00006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4847  putative restriction enzyme  41.54 
 
 
1219 aa  51.2  0.00006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000521229  normal  0.767237 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3082  hypothetical protein  25.7 
 
 
816 aa  51.2  0.00006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1282  N-6 DNA methylase  26.05 
 
 
481 aa  51.6  0.00006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4741  type I restriction-modification system, M subunit  24.89 
 
 
489 aa  51.2  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  24.01 
 
 
846 aa  51.2  0.00007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3412  Eco57I restriction endonuclease  29.79 
 
 
1159 aa  51.2  0.00007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.904901 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2149  restriction endonuclease  24.7 
 
 
629 aa  51.2  0.00007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2953  putative DNA methylase  23.65 
 
 
1239 aa  50.8  0.00008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.468848  normal  0.142335 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3600  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  23.93 
 
 
530 aa  50.8  0.00008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0610  restriction modification system DNA specificity subunit  22.3 
 
 
730 aa  50.8  0.00008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2210  type II restriction enzyme, methylase subunit  23.02 
 
 
836 aa  50.8  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000292861  normal  0.0590871 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3298  putative type II DNA modification enzyme  33.94 
 
 
1322 aa  50.8  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1545  putative type II DNA modification enzyme  36.23 
 
 
1318 aa  50.1  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2889  N-6 DNA methylase  25 
 
 
578 aa  50.4  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>