54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_2227 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_2227  hypothetical protein  100 
 
 
495 aa  1010    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4247  hypothetical protein  42.61 
 
 
509 aa  385  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.102223  hitchhiker  0.00000000249407 
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2786  hypothetical protein  45.08 
 
 
504 aa  384  1e-105  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2532  hypothetical protein  43.32 
 
 
497 aa  373  1e-102  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.928699  normal 
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2496  hypothetical protein  43.1 
 
 
488 aa  363  5.0000000000000005e-99  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3090  site-specific DNA-methyltransferase  42.42 
 
 
527 aa  355  7.999999999999999e-97  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0104  Eco57I restriction endonuclease  40.82 
 
 
499 aa  311  2e-83  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0993  Eco57I restriction endonuclease  27.31 
 
 
595 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.544878  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0792  hypothetical protein  26.79 
 
 
573 aa  126  1e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2488  putative RNA methylase  28.33 
 
 
604 aa  118  3e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2889  N-6 DNA methylase  28.66 
 
 
578 aa  87.4  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0217  N-6 DNA methylase  28.66 
 
 
578 aa  87.4  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2778  N-6 DNA methylase  21.38 
 
 
405 aa  86.3  0.000000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  3.63238e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4910  N-6 DNA methylase  27.09 
 
 
584 aa  74.3  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.268375  normal  0.686666 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2534  hypothetical protein  24.1 
 
 
563 aa  70.1  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3999  N-6 DNA methylase  22.14 
 
 
523 aa  68.2  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00695181 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1501  hypothetical protein  26.62 
 
 
522 aa  63.9  0.000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0129  N-6 DNA methylase  21.62 
 
 
533 aa  63.5  0.000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0268034  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0588  Eco57I restriction endonuclease  22.92 
 
 
527 aa  60.8  0.00000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.274467  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4293  hypothetical protein  25.48 
 
 
539 aa  59.3  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.223829 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2617  N-6 DNA methylase  25.36 
 
 
673 aa  57.8  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf681  methyltransferase, HsdM related  22.54 
 
 
517 aa  55.1  0.000003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000145801  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1609  hypothetical protein  24.48 
 
 
521 aa  53.5  0.000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.160321  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3226  N-6 DNA methylase  27.32 
 
 
481 aa  52  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1133  N-6 DNA methylase  24.76 
 
 
490 aa  52  0.00003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.813419  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2095  N-6 DNA methylase  26.06 
 
 
506 aa  50.4  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.866989  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1243  hypothetical protein  25.98 
 
 
534 aa  50.1  0.00009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3534  EcoEI R domain-containing protein  26.78 
 
 
481 aa  50.1  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0122101  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4741  type I restriction-modification system, M subunit  26.84 
 
 
489 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2149  restriction endonuclease  27 
 
 
629 aa  50.1  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0161  N-6 DNA methylase  24 
 
 
508 aa  48.5  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.885199 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5445  methyltransferase small  26.52 
 
 
552 aa  48.5  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0844  type I restriction enzyme EcoKI M protein  26.86 
 
 
484 aa  47.4  0.0005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.14895e-23 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1514  methyltransferase small  26.7 
 
 
466 aa  47.4  0.0006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.271049  normal 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4383  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  31.88 
 
 
489 aa  47  0.0007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.348907  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2107  hypothetical protein  35.8 
 
 
1270 aa  47  0.0008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0841  type I restriction-modification system, M subunit  28 
 
 
484 aa  46.2  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0199  N-6 DNA methylase  26.94 
 
 
506 aa  46.6  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.471881  decreased coverage  0.000223426 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0961  N-6 DNA methylase  30 
 
 
677 aa  46.2  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1174  N-6 DNA methylase  22.07 
 
 
493 aa  46.2  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0879909  normal  0.322631 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3449  N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N12 class  28.26 
 
 
389 aa  46.2  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0262978  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6045  type I restriction-modification system subunit M  24.87 
 
 
489 aa  45.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0475301  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0430  restriction enzyme, alpha subunit  22.53 
 
 
656 aa  45.4  0.002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.727595  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02073  type I restriction enzyme EcoEI M protein  25.27 
 
 
489 aa  45.1  0.003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0823  N-6 DNA methylase  26.49 
 
 
493 aa  45.1  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4142  N-6 DNA methylase  24.19 
 
 
503 aa  44.7  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4612  N-6 DNA methylase  24.62 
 
 
489 aa  44.7  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000590691 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0768  methyltransferase small  29.09 
 
 
243 aa  44.7  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0650188 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5430  type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  25.11 
 
 
527 aa  43.9  0.007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4045  hypothetical protein  23.59 
 
 
495 aa  43.9  0.007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.539039  normal  0.599015 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3517  N-6 DNA methylase  27 
 
 
486 aa  43.5  0.009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0554  modification methyltransferase  26.84 
 
 
423 aa  43.5  0.01  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359419  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1156  hypothetical protein  28.44 
 
 
1324 aa  43.1  0.01  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3672  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  23.17 
 
 
533 aa  43.1  0.01  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>