42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4877 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012855  Rpic12D_4877  hypothetical protein  100 
 
 		 481 aa  983    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0098  hypothetical protein  54.98 
 
 		 455 aa  497  1e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.340273  hitchhiker  0.000211537 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1909  hypothetical protein  24.85 
 
 		 557 aa  90.9  5e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00461375  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3077  hypothetical protein  24.11 
 
 		 562 aa  80.9  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000627479 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2385  hypothetical protein  25.43 
 
 		 518 aa  76.6  0.0000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2149  restriction endonuclease  29.26 
 
 		 629 aa  63.5  0.000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0748  N-6 DNA methylase  21.82 
 
 		 504 aa  57.4  0.0000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000203871 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1713  adenine-specific DNA methyltransferase  21.86 
 
 		 478 aa  57.4  0.0000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0736948  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1514  methyltransferase small  24.07 
 
 		 466 aa  57  0.0000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.271049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1174  N-6 DNA methylase  20.89 
 
 		 493 aa  56.6  0.0000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0879909  normal  0.322631 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4598  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like  21.76 
 
 		 416 aa  55.5  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1501  protein of unknown function DUF450  23.26 
 
 		 974 aa  55.5  0.000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000140584  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1333  protein of unknown function DUF450  20.52 
 
 		 995 aa  53.9  0.000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.126844  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2208  hypothetical protein  30.83 
 
 		 1218 aa  53.5  0.000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00220427  normal  0.956264 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2413  N-6 DNA methylase  30.61 
 
 		 494 aa  52.8  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.228533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1608  hypothetical protein  28.42 
 
 		 1182 aa  52.8  0.00001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.102768 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2107  hypothetical protein  28.74 
 
 		 1270 aa  50.4  0.00007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4847  putative restriction enzyme  33.33 
 
 		 1219 aa  50.1  0.00009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000521229  normal  0.767237 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2493  type IIS restriction enzyme  28.91 
 
 		 1183 aa  49.7  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0588  Eco57I restriction endonuclease  21.9 
 
 		 527 aa  48.5  0.0002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.274467  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4241  N-6 DNA methylase  26.55 
 
 		 570 aa  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3519  N-6 DNA methylase  24.07 
 
 		 694 aa  48.1  0.0004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02930  hypothetical protein  25.79 
 
 		 1131 aa  47.4  0.0005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.264298  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1299  Eco57I restriction endonuclease  31.11 
 
 		 1144 aa  47.4  0.0006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0387167  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1895  type IIS restriction enzyme  29.21 
 
 		 612 aa  46.2  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.4814  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04295  Type II restriction enzyme, methylase subunit  19.51 
 
 		 1020 aa  46.2  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02940  hypothetical protein  29.35 
 
 		 1140 aa  45.4  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.45552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0792  hypothetical protein  27.27 
 
 		 573 aa  45.8  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3731  hypothetical protein  27.96 
 
 		 1174 aa  45.8  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0561  hypothetical protein  32.26 
 
 		 1162 aa  45.8  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2756  hypothetical protein  26.17 
 
 		 1162 aa  45.8  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.206504  normal  0.110579 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3845  N-6 DNA methylase  27.07 
 
 		 429 aa  45.1  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3772  N-6 DNA methylase  27.07 
 
 		 429 aa  45.1  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5027  type II restriction enzyme  30.77 
 
 		 1180 aa  45.1  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.776061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0849  N-6 DNA methylase  24.62 
 
 		 492 aa  44.7  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3449  N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N12 class  26.04 
 
 		 389 aa  44.7  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0262978  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1423  hypothetical protein  24.79 
 
 		 1177 aa  43.5  0.009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1677  hypothetical protein  27.37 
 
 		 1171 aa  43.5  0.009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114545 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1669  hypothetical protein  21.68 
 
 		 1209 aa  43.5  0.009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0267  putative modification methyltransferase  19.12 
 
 		 524 aa  43.5  0.009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1159  hypothetical protein  27.63 
 
 		 1036 aa  43.5  0.009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1132  hypothetical protein  33.33 
 
 		 1174 aa  43.1  0.01  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00035988 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>