69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2107 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2107  hypothetical protein  100 
 
 
1270 aa  2626    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_260  hypothetical protein  28.64 
 
 
1359 aa  416  1e-114  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2493  type IIS restriction enzyme  28.24 
 
 
1183 aa  409  1.0000000000000001e-112  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02940  hypothetical protein  29.69 
 
 
1140 aa  402  9.999999999999999e-111  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.45552  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1608  hypothetical protein  27.35 
 
 
1182 aa  400  9.999999999999999e-111  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.102768 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4847  putative restriction enzyme  27.46 
 
 
1219 aa  379  1e-103  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000521229  normal  0.767237 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0561  hypothetical protein  28.48 
 
 
1162 aa  380  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1677  hypothetical protein  27.53 
 
 
1171 aa  374  1e-102  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00114545 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3731  hypothetical protein  27.79 
 
 
1174 aa  360  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1299  Eco57I restriction endonuclease  25.79 
 
 
1144 aa  355  2.9999999999999997e-96  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0387167  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1235  hypothetical protein  28.09 
 
 
1484 aa  353  1e-95  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.616183  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2288  type II restriction enzyme  26.33 
 
 
1160 aa  351  6e-95  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0601  hypothetical protein  27.97 
 
 
1497 aa  350  9e-95  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.548482  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02930  hypothetical protein  27.23 
 
 
1131 aa  350  1e-94  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.264298  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0339  putative restriction enzyme  27.24 
 
 
1205 aa  341  5.9999999999999996e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00710778  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5027  type II restriction enzyme  25.92 
 
 
1180 aa  326  2e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.776061  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0295  type II restriction enzyme  26.02 
 
 
1167 aa  325  4e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1156  hypothetical protein  27.96 
 
 
1324 aa  304  7.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2038  hypothetical protein  25.95 
 
 
1241 aa  286  1.0000000000000001e-75  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.769996  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3080  hypothetical protein  27.76 
 
 
1425 aa  285  4.0000000000000003e-75  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1124  hypothetical protein  26.87 
 
 
1326 aa  261  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1916  hypothetical protein  25.99 
 
 
1430 aa  248  4e-64  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1895  type IIS restriction enzyme  28.47 
 
 
612 aa  205  4e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.4814  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1273  hypothetical protein  28.6 
 
 
1125 aa  187  1.0000000000000001e-45  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2208  hypothetical protein  27.3 
 
 
1218 aa  172  3e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00220427  normal  0.956264 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0997  hypothetical protein  25.1 
 
 
706 aa  167  1.0000000000000001e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2756  hypothetical protein  25.53 
 
 
1162 aa  152  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.206504  normal  0.110579 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1819  hypothetical protein  27.96 
 
 
1154 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0470618 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1709  hypothetical protein  26.46 
 
 
1154 aa  150  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.18586  normal  0.0585819 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3233  hypothetical protein  26.28 
 
 
1129 aa  148  7.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1326  hypothetical protein  29.35 
 
 
1141 aa  134  9e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.770705  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1081  hypothetical protein  27.13 
 
 
1107 aa  125  4e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.202194  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0583  hypothetical protein  23.44 
 
 
882 aa  120  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2241  hypothetical protein  24.49 
 
 
731 aa  114  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0974985 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0994  hypothetical protein  25.96 
 
 
309 aa  93.6  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0991  hypothetical protein  31.71 
 
 
300 aa  93.2  3e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1132  hypothetical protein  27.16 
 
 
1174 aa  83.6  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00035988 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3055  protein of unknown function DUF450  23.96 
 
 
950 aa  74.7  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3191  hypothetical protein  28.91 
 
 
288 aa  73.2  0.00000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1501  protein of unknown function DUF450  31.01 
 
 
974 aa  67  0.000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000140584  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1534  hypothetical protein  32.56 
 
 
1120 aa  65.1  0.000000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0217  N-6 DNA methylase  30.5 
 
 
578 aa  59.3  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2889  N-6 DNA methylase  30.5 
 
 
578 aa  59.3  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0031  type II restriction-modification enzyme  21.81 
 
 
1257 aa  55.1  0.000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2207  hypothetical protein  24.16 
 
 
332 aa  54.3  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.000153099  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0441  hypothetical protein  20.85 
 
 
1426 aa  52.8  0.00005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.141765 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1300  hypothetical protein  29.08 
 
 
1282 aa  52.4  0.00006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0354  putative type II DNA modification enzyme  22.46 
 
 
1319 aa  52  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.257085  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2547  type IIS restriction endonuclease, putative  20.86 
 
 
1076 aa  52  0.00008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00176401  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0884  hypothetical protein  25.13 
 
 
1290 aa  51.6  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3285  putative restriction/modification enzyme  26.54 
 
 
1432 aa  51.6  0.00009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1333  protein of unknown function DUF450  25.56 
 
 
995 aa  51.6  0.0001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.126844  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1892  protein of unknown function DUF450  25 
 
 
1058 aa  51.6  0.0001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0491  hypothetical protein  24.84 
 
 
1178 aa  50.4  0.0002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4701  hypothetical protein  25.74 
 
 
795 aa  50.4  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.313867 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0068  type II restriction-modification enzyme  21.17 
 
 
1244 aa  50.4  0.0002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.337945  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4877  hypothetical protein  28.74 
 
 
481 aa  50.4  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0465  hypothetical protein  22.8 
 
 
882 aa  48.9  0.0005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00310006  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3519  N-6 DNA methylase  23.24 
 
 
694 aa  48.9  0.0005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2592  hypothetical protein  23.74 
 
 
1339 aa  48.9  0.0006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.565404  hitchhiker  0.000489463 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1310  N-6 DNA methylase  26.73 
 
 
1041 aa  48.5  0.0007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.881884  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2670  putative type II DNA modification enzyme  22.33 
 
 
1306 aa  48.9  0.0007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.554607  normal  0.580872 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1669  hypothetical protein  21.81 
 
 
1209 aa  47  0.002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2227  hypothetical protein  35.8 
 
 
495 aa  47  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1882  hypothetical protein  24.08 
 
 
1422 aa  47.4  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2731  putative type II DNA modification enzyme  23.08 
 
 
1338 aa  46.2  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3351  hypothetical protein  24.6 
 
 
1338 aa  46.2  0.004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.465815  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0043  type II restriction-modification enzyme  19.2 
 
 
1252 aa  45.8  0.005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2939  N-6 DNA methylase  24.43 
 
 
926 aa  45.1  0.008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>