More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1235 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4741  type I restriction-modification system, M subunit  65.54 
 
 		 489 aa  692    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0833  N-6 DNA methylase  61.77 
 
 		 489 aa  660    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.564652 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0684  type I restriction-modification system, M subunit  61.77 
 
 		 489 aa  660    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4881  type I restriction-modification system M subunit  79.88 
 
 		 489 aa  843    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.900731 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1016  N-6 DNA methylase  61.2 
 
 		 485 aa  641    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6045  type I restriction-modification system subunit M  65.94 
 
 		 489 aa  697    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0475301  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5860  type I restriction-modification system, M subunit  81.49 
 
 		 493 aa  858    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.822857 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1133  N-6 DNA methylase  62.45 
 
 		 490 aa  669    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.813419  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1977  N-6 DNA methylase  91.63 
 
 		 500 aa  937    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.850783  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1235  N-6 DNA methylase  100 
 
 		 501 aa  1040    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0502  N-6 DNA methylase  89.9 
 
 		 493 aa  911    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.173184 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2863  N-6 DNA methylase  81.21 
 
 		 500 aa  831    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4612  N-6 DNA methylase  65.74 
 
 		 489 aa  691    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000590691 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02073  type I restriction enzyme EcoEI M protein  65.14 
 
 		 489 aa  692    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0823  N-6 DNA methylase  62.78 
 
 		 493 aa  660    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1310  N-6 DNA methylase  63.51 
 
 		 489 aa  673    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2616  N-6 DNA methylase  63.71 
 
 		 492 aa  672    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0464512 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1254  N-6 DNA methylase  58.75 
 
 		 484 aa  611  9.999999999999999e-175  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0713487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3271  putative RNA methylase  59.92 
 
 		 479 aa  600  1e-170  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11081  normal  0.0311183 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2498  type I restriction-modification system, M subunit  56.8 
 
 		 488 aa  597  1e-169  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.095428  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1282  N-6 DNA methylase  59.58 
 
 		 481 aa  585  1e-166  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0353  N-6 DNA methylase  57.98 
 
 		 488 aa  586  1e-166  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3226  N-6 DNA methylase  55.73 
 
 		 481 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3534  EcoEI R domain-containing protein  55.53 
 
 		 481 aa  581  1e-164  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0122101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1415  N-6 DNA methylase  50.1 
 
 		 477 aa  508  1e-143  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0877265  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3088  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  48.74 
 
 		 502 aa  495  1e-139  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.143322  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20220  N-6 DNA methylase  49.31 
 
 		 484 aa  481  1e-134  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.644983  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2008  Sec-independent protein translocase protein TatC  48.19 
 
 		 489 aa  461  9.999999999999999e-129  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0269  N-6 DNA methylase  47.65 
 
 		 519 aa  449  1e-125  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.264877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0786  N-6 DNA methylase  42.23 
 
 		 710 aa  392  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.798778  normal  0.467887 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04061  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  43.09 
 
 		 703 aa  384  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1577  type I restriction-modification system, M subunit  37.48 
 
 		 484 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.947149  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0228  N-6 DNA methylase  37.28 
 
 		 484 aa  303  4.0000000000000003e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1535  N-6 DNA methylase  36.29 
 
 		 486 aa  293  5e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2651  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  35.18 
 
 		 484 aa  293  7e-78  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0553747  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3570  N-6 DNA methylase  35.74 
 
 		 484 aa  286  5.999999999999999e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.054861  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4455  N-6 DNA methylase  35.33 
 
 		 492 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.435107  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1724  type I restriction-modification system, M subunit  35.19 
 
 		 494 aa  284  2.0000000000000002e-75  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0613  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  34.98 
 
 		 484 aa  281  3e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0807  DNA-methyltransferase, type I restriction-modification enzyme subunit M  35.56 
 
 		 486 aa  277  3e-73  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.444408  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0734  N-6 DNA methylase  34.97 
 
 		 534 aa  268  1e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.303269  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1634  N-6 DNA methylase  33.14 
 
 		 495 aa  258  1e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.145722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4142  N-6 DNA methylase  34.44 
 
 		 503 aa  258  2e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2087  N-6 DNA methylase  34.46 
 
 		 509 aa  251  2e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000122296 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1259  N-6 DNA methylase  33.89 
 
 		 490 aa  244  3e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.624489  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41600  DNA methylase  53.6 
 
 		 212 aa  236  8e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5277  N-6 DNA methylase  31.05 
 
 		 571 aa  233  4.0000000000000004e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0805  N-6 DNA methylase  30.57 
 
 		 484 aa  209  9e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.614419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1169  N-6 DNA methylase  29.77 
 
 		 499 aa  202  9.999999999999999e-51  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.337809  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3600  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  32.87 
 
 		 530 aa  189  1e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0841  type I restriction-modification system, M subunit  31.29 
 
 		 484 aa  187  3e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0844  type I restriction enzyme EcoKI M protein  31.38 
 
 		 484 aa  187  5e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.14895e-23 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3652  N-6 DNA methylase  31.77 
 
 		 489 aa  186  8e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.729594 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2095  N-6 DNA methylase  28.63 
 
 		 506 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.866989  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0161  N-6 DNA methylase  30.85 
 
 		 508 aa  185  2.0000000000000003e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.885199 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1036  N-6 DNA methylase  27.39 
 
 		 527 aa  181  2e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00552327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2027  N-6 DNA methylase  26.81 
 
 		 513 aa  182  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128967 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1454  N-6 DNA methylase  29.66 
 
 		 553 aa  180  5.999999999999999e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.330488  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4713  N-6 DNA methylase  26.43 
 
 		 544 aa  179  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0950517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1092  N-6 DNA methylase  29.51 
 
 		 505 aa  178  2e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299691  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4188  N-6 DNA methylase  30.73 
 
 		 540 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0901  N-6 DNA methylase  33.97 
 
 		 478 aa  177  4e-43  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.741705  normal  0.972786 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2095  N-6 DNA methylase  31.61 
 
 		 481 aa  177  5e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4809  N-6 DNA methylase  26.09 
 
 		 544 aa  176  8e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.136314  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0031  N-6 DNA methylase  29.87 
 
 		 539 aa  176  9.999999999999999e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.775177  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1026  N-6 DNA methylase  28.84 
 
 		 549 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0512  type I restriction modification system M subunit (site-specific DNA-methyltransferase subunit)  27.2 
 
 		 489 aa  175  1.9999999999999998e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1130  N-6 DNA methylase  29.21 
 
 		 553 aa  175  1.9999999999999998e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3200  N-6 DNA methylase  27.34 
 
 		 545 aa  174  2.9999999999999996e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1096  N-6 DNA methylase  30.85 
 
 		 486 aa  174  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0199  N-6 DNA methylase  27.12 
 
 		 506 aa  173  6.999999999999999e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.471881  decreased coverage  0.000223426 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2961  N-6 DNA methylase  29.87 
 
 		 530 aa  173  7.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1501  N-6 DNA methylase  29.18 
 
 		 513 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2725  N-6 DNA methylase  28.79 
 
 		 554 aa  171  3e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1992  N-6 DNA methylase  31.02 
 
 		 479 aa  169  9e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0409108  normal  0.188366 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1031  N-6 DNA methylase  30.25 
 
 		 477 aa  169  1e-40  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.11238  normal  0.336468 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2876  N-6 DNA methylase  27.68 
 
 		 544 aa  169  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2746  type I restriction-modification system, M subunit  31.35 
 
 		 480 aa  168  2e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.453882  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1673  N-6 DNA methylase  31.46 
 
 		 493 aa  168  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3672  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  31.97 
 
 		 533 aa  167  4e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04215  DNA methylase M  30.68 
 
 		 529 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4931  type I restriction enzyme EcoKI M protein  29.32 
 
 		 529 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1059  N-6 DNA methylase  27.84 
 
 		 516 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  32.55 
 
 		 834 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04181  hypothetical protein  30.68 
 
 		 529 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3181  N-6 DNA methylase  27.18 
 
 		 512 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3648  N-6 DNA methylase  30.23 
 
 		 529 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2418  N-6 DNA methylase  30.1 
 
 		 493 aa  163  6e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0240611  normal  0.175475 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4241  N-6 DNA methylase  27.43 
 
 		 570 aa  162  2e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03611  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  30.39 
 
 		 548 aa  161  3e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1671  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  29.42 
 
 		 529 aa  160  4e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.552607  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4265  type I restriction-modification system, M subunit  34.38 
 
 		 537 aa  160  4e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1436  N-6 DNA methylase  28.36 
 
 		 517 aa  160  4e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3011  N-6 DNA methylase  30.08 
 
 		 563 aa  159  8e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.467528  normal  0.22274 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02064  type I restriction enzyme EcoKI M protein  30.91 
 
 		 514 aa  159  9e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0898  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  27.41 
 
 		 504 aa  155  2e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000642099  hitchhiker  0.000000156294 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1525  type I restriction modification enzyme methylase subunit  28.12 
 
 		 579 aa  153  7e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0857  N-6 DNA methylase  31.12 
 
 		 495 aa  152  1e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.015495  normal  0.121553 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  31.18 
 
 		 1005 aa  152  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3269  type I restriction-modification system specificity subunit  29.48 
 
 		 498 aa  149  9e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.266741  normal  0.0966647 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>