More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1059 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011662  Tmz1t_3181  N-6 DNA methylase  81.98 
 
 		 512 aa  861    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1059  N-6 DNA methylase  100 
 
 		 516 aa  1070    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3541  N-6 DNA methylase  64.65 
 
 		 524 aa  677    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3011  N-6 DNA methylase  69.26 
 
 		 563 aa  730    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.467528  normal  0.22274 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0805  N-6 DNA methylase  67.18 
 
 		 484 aa  720    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.614419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1501  N-6 DNA methylase  70.71 
 
 		 513 aa  759    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2095  N-6 DNA methylase  56.52 
 
 		 506 aa  590  1e-167  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.866989  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03611  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  52.16 
 
 		 548 aa  573  1.0000000000000001e-162  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4188  N-6 DNA methylase  50.99 
 
 		 540 aa  552  1e-156  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2418  N-6 DNA methylase  53.36 
 
 		 493 aa  543  1e-153  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0240611  normal  0.175475 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1436  N-6 DNA methylase  49.63 
 
 		 517 aa  535  1e-151  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0898  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  52.18 
 
 		 504 aa  526  1e-148  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000642099  hitchhiker  0.000000156294 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0512  type I restriction modification system M subunit (site-specific DNA-methyltransferase subunit)  48.65 
 
 		 489 aa  500  1e-140  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3396  type I restriction enzyme M protein  52.7 
 
 		 481 aa  498  1e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0161  N-6 DNA methylase  49.26 
 
 		 508 aa  486  1e-136  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.885199 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1036  N-6 DNA methylase  47.21 
 
 		 527 aa  482  1e-135  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00552327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2027  N-6 DNA methylase  47.82 
 
 		 513 aa  482  1e-135  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128967 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4809  N-6 DNA methylase  46.62 
 
 		 544 aa  478  1e-134  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.136314  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4713  N-6 DNA methylase  46.45 
 
 		 544 aa  475  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0950517  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2876  N-6 DNA methylase  46.86 
 
 		 544 aa  466  9.999999999999999e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3200  N-6 DNA methylase  46.09 
 
 		 545 aa  453  1.0000000000000001e-126  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1092  N-6 DNA methylase  43.55 
 
 		 505 aa  438  1e-121  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299691  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0199  N-6 DNA methylase  43.9 
 
 		 506 aa  437  1e-121  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.471881  decreased coverage  0.000223426 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1169  N-6 DNA methylase  42.8 
 
 		 499 aa  417  9.999999999999999e-116  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.337809  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2725  N-6 DNA methylase  40.77 
 
 		 554 aa  400  9.999999999999999e-111  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1130  N-6 DNA methylase  40.49 
 
 		 553 aa  392  1e-108  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1454  N-6 DNA methylase  40.49 
 
 		 553 aa  389  1e-107  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.330488  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1525  type I restriction modification enzyme methylase subunit  39.72 
 
 		 579 aa  386  1e-106  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4241  N-6 DNA methylase  38.92 
 
 		 570 aa  380  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  40.93 
 
 		 1005 aa  300  4e-80  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1026  N-6 DNA methylase  31.49 
 
 		 549 aa  269  7e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0389  N-6 DNA methylase  35.64 
 
 		 818 aa  251  3e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000231606 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4455  N-6 DNA methylase  30.68 
 
 		 492 aa  212  2e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.435107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  29.82 
 
 		 775 aa  210  5e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  30.75 
 
 		 846 aa  206  6e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0684  type I restriction-modification system, M subunit  27.98 
 
 		 489 aa  194  4e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0833  N-6 DNA methylase  27.98 
 
 		 489 aa  194  4e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.564652 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1259  N-6 DNA methylase  29.45 
 
 		 490 aa  193  7e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.624489  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  29.12 
 
 		 834 aa  189  1e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5860  type I restriction-modification system, M subunit  27.11 
 
 		 493 aa  186  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.822857 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0823  N-6 DNA methylase  27.04 
 
 		 493 aa  184  4.0000000000000006e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2863  N-6 DNA methylase  27.91 
 
 		 500 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3600  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  35.35 
 
 		 530 aa  183  5.0000000000000004e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1133  N-6 DNA methylase  28.07 
 
 		 490 aa  182  1e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.813419  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1235  N-6 DNA methylase  26.77 
 
 		 501 aa  182  2e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1977  N-6 DNA methylase  29.48 
 
 		 500 aa  180  7e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.850783  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1254  N-6 DNA methylase  27.96 
 
 		 484 aa  178  2e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0713487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1282  N-6 DNA methylase  28.91 
 
 		 481 aa  179  2e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4881  type I restriction-modification system M subunit  26.08 
 
 		 489 aa  177  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.900731 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2616  N-6 DNA methylase  29.65 
 
 		 492 aa  177  5e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0464512 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0502  N-6 DNA methylase  28.38 
 
 		 493 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.173184 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1724  type I restriction-modification system, M subunit  31.11 
 
 		 494 aa  174  3.9999999999999995e-42  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0786  N-6 DNA methylase  27.54 
 
 		 710 aa  174  3.9999999999999995e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.798778  normal  0.467887 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2498  type I restriction-modification system, M subunit  26.71 
 
 		 488 aa  172  1e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.095428  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1016  N-6 DNA methylase  28.71 
 
 		 485 aa  170  6e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0353  N-6 DNA methylase  27.31 
 
 		 488 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6045  type I restriction-modification system subunit M  27.2 
 
 		 489 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0475301  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02073  type I restriction enzyme EcoEI M protein  28.09 
 
 		 489 aa  167  4e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3088  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  26.87 
 
 		 502 aa  166  8e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.143322  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1535  N-6 DNA methylase  30.33 
 
 		 486 aa  166  9e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0807  DNA-methyltransferase, type I restriction-modification enzyme subunit M  26.54 
 
 		 486 aa  165  2.0000000000000002e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.444408  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1310  N-6 DNA methylase  28.07 
 
 		 489 aa  165  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3271  putative RNA methylase  26.07 
 
 		 479 aa  164  4.0000000000000004e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11081  normal  0.0311183 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4612  N-6 DNA methylase  28.68 
 
 		 489 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000590691 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4741  type I restriction-modification system, M subunit  29.46 
 
 		 489 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3534  EcoEI R domain-containing protein  27.25 
 
 		 481 aa  161  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0122101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20220  N-6 DNA methylase  26.71 
 
 		 484 aa  161  3e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.644983  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3226  N-6 DNA methylase  27.05 
 
 		 481 aa  161  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0269  N-6 DNA methylase  26.77 
 
 		 519 aa  160  4e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.264877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5277  N-6 DNA methylase  31.28 
 
 		 571 aa  160  7e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04061  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  31.06 
 
 		 703 aa  159  8e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1577  type I restriction-modification system, M subunit  28.29 
 
 		 484 aa  159  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.947149  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0613  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  30.71 
 
 		 484 aa  159  1e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2651  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  27.05 
 
 		 484 aa  159  1e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0553747  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0228  N-6 DNA methylase  28.1 
 
 		 484 aa  158  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0901  N-6 DNA methylase  31.47 
 
 		 478 aa  155  1e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.741705  normal  0.972786 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1415  N-6 DNA methylase  26.78 
 
 		 477 aa  155  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0877265  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1031  N-6 DNA methylase  31.9 
 
 		 477 aa  154  2.9999999999999998e-36  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.11238  normal  0.336468 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2008  Sec-independent protein translocase protein TatC  26.54 
 
 		 489 aa  154  4e-36  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1634  N-6 DNA methylase  26.63 
 
 		 495 aa  152  1e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.145722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2087  N-6 DNA methylase  29.37 
 
 		 509 aa  152  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000122296 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3570  N-6 DNA methylase  27.79 
 
 		 484 aa  152  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.054861  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0734  N-6 DNA methylase  28.44 
 
 		 534 aa  149  9e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.303269  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2961  N-6 DNA methylase  31.89 
 
 		 530 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3517  N-6 DNA methylase  32.05 
 
 		 486 aa  146  8.000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2746  type I restriction-modification system, M subunit  32.53 
 
 		 480 aa  145  1e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.453882  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2413  N-6 DNA methylase  28.74 
 
 		 494 aa  146  1e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.228533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0844  type I restriction enzyme EcoKI M protein  30.95 
 
 		 484 aa  145  2e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.14895e-23 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3672  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  29.2 
 
 		 533 aa  145  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0841  type I restriction-modification system, M subunit  30.13 
 
 		 484 aa  144  5e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0084  N-6 DNA methylase  28.69 
 
 		 495 aa  144  5e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0031  N-6 DNA methylase  31.79 
 
 		 539 aa  143  7e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.775177  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2095  N-6 DNA methylase  29.49 
 
 		 481 aa  141  3e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4265  type I restriction-modification system, M subunit  32.69 
 
 		 537 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1201  N-6 DNA methylase  30.38 
 
 		 499 aa  141  3.9999999999999997e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.721125  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4142  N-6 DNA methylase  27.97 
 
 		 503 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04215  DNA methylase M  28.09 
 
 		 529 aa  139  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04181  hypothetical protein  28.09 
 
 		 529 aa  139  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3772  N-6 DNA methylase  32.79 
 
 		 429 aa  139  1e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3845  N-6 DNA methylase  32.79 
 
 		 429 aa  139  1e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>