More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3541 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011662  Tmz1t_3181  N-6 DNA methylase  65.33 
 
 		 512 aa  684    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1059  N-6 DNA methylase  64.65 
 
 		 516 aa  659    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3011  N-6 DNA methylase  60.17 
 
 		 563 aa  644    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.467528  normal  0.22274 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3541  N-6 DNA methylase  100 
 
 		 524 aa  1082    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1501  N-6 DNA methylase  66.03 
 
 		 513 aa  701    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0805  N-6 DNA methylase  58.59 
 
 		 484 aa  611  9.999999999999999e-175  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.614419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2095  N-6 DNA methylase  53.16 
 
 		 506 aa  549  1e-155  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.866989  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03611  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  49.3 
 
 		 548 aa  525  1e-148  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4188  N-6 DNA methylase  48.23 
 
 		 540 aa  521  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1436  N-6 DNA methylase  47.99 
 
 		 517 aa  501  1e-141  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2418  N-6 DNA methylase  48.39 
 
 		 493 aa  496  1e-139  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0240611  normal  0.175475 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0898  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  49.06 
 
 		 504 aa  487  1e-136  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000642099  hitchhiker  0.000000156294 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0512  type I restriction modification system M subunit (site-specific DNA-methyltransferase subunit)  44.13 
 
 		 489 aa  461  9.999999999999999e-129  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3396  type I restriction enzyme M protein  48.06 
 
 		 481 aa  451  1e-125  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0161  N-6 DNA methylase  44.44 
 
 		 508 aa  449  1e-125  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.885199 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1036  N-6 DNA methylase  42.38 
 
 		 527 aa  433  1e-120  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00552327  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2876  N-6 DNA methylase  40.44 
 
 		 544 aa  426  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4713  N-6 DNA methylase  41.47 
 
 		 544 aa  422  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0950517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2027  N-6 DNA methylase  41.08 
 
 		 513 aa  422  1e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128967 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4809  N-6 DNA methylase  41.13 
 
 		 544 aa  421  1e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.136314  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3200  N-6 DNA methylase  41.41 
 
 		 545 aa  404  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0199  N-6 DNA methylase  38.46 
 
 		 506 aa  389  1e-107  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.471881  decreased coverage  0.000223426 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1169  N-6 DNA methylase  37.94 
 
 		 499 aa  382  1e-104  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.337809  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1092  N-6 DNA methylase  38.86 
 
 		 505 aa  382  1e-104  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299691  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2725  N-6 DNA methylase  37.97 
 
 		 554 aa  371  1e-101  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1525  type I restriction modification enzyme methylase subunit  36.75 
 
 		 579 aa  360  3e-98  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4241  N-6 DNA methylase  37.41 
 
 		 570 aa  358  9.999999999999999e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1130  N-6 DNA methylase  36.35 
 
 		 553 aa  358  9.999999999999999e-98  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1454  N-6 DNA methylase  35.92 
 
 		 553 aa  355  2e-96  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.330488  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  38.95 
 
 		 1005 aa  284  3.0000000000000004e-75  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1026  N-6 DNA methylase  31.08 
 
 		 549 aa  262  8.999999999999999e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0389  N-6 DNA methylase  34.15 
 
 		 818 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000231606 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  31.6 
 
 		 775 aa  221  3e-56  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1259  N-6 DNA methylase  31.04 
 
 		 490 aa  216  5.9999999999999996e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.624489  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  29.63 
 
 		 846 aa  204  3e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4455  N-6 DNA methylase  28.22 
 
 		 492 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.435107  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  28.15 
 
 		 834 aa  191  2e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1724  type I restriction-modification system, M subunit  30.64 
 
 		 494 aa  182  1e-44  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3600  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  34.34 
 
 		 530 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4612  N-6 DNA methylase  28.94 
 
 		 489 aa  170  5e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000590691 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4741  type I restriction-modification system, M subunit  29.33 
 
 		 489 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1282  N-6 DNA methylase  29.52 
 
 		 481 aa  168  2e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02073  type I restriction enzyme EcoEI M protein  30.23 
 
 		 489 aa  167  2.9999999999999998e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1415  N-6 DNA methylase  30.46 
 
 		 477 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0877265  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6045  type I restriction-modification system subunit M  27.08 
 
 		 489 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0475301  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0786  N-6 DNA methylase  28.65 
 
 		 710 aa  166  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.798778  normal  0.467887 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0613  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  26.76 
 
 		 484 aa  165  2.0000000000000002e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0353  N-6 DNA methylase  28.29 
 
 		 488 aa  162  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0684  type I restriction-modification system, M subunit  28 
 
 		 489 aa  162  2e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0833  N-6 DNA methylase  28 
 
 		 489 aa  162  2e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.564652 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3088  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  31.58 
 
 		 502 aa  159  1e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.143322  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2498  type I restriction-modification system, M subunit  27.89 
 
 		 488 aa  159  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.095428  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0901  N-6 DNA methylase  31.09 
 
 		 478 aa  159  1e-37  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.741705  normal  0.972786 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1133  N-6 DNA methylase  29.94 
 
 		 490 aa  157  4e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.813419  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2413  N-6 DNA methylase  28.8 
 
 		 494 aa  157  4e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.228533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2616  N-6 DNA methylase  29.93 
 
 		 492 aa  157  4e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0464512 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3672  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  29.86 
 
 		 533 aa  157  5.0000000000000005e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1254  N-6 DNA methylase  27.22 
 
 		 484 aa  156  8e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0713487  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4265  type I restriction-modification system, M subunit  34.83 
 
 		 537 aa  156  9e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0502  N-6 DNA methylase  31.09 
 
 		 493 aa  156  9e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.173184 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1310  N-6 DNA methylase  27.51 
 
 		 489 aa  155  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1031  N-6 DNA methylase  30.42 
 
 		 477 aa  155  1e-36  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.11238  normal  0.336468 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5860  type I restriction-modification system, M subunit  30 
 
 		 493 aa  156  1e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.822857 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1535  N-6 DNA methylase  25.05 
 
 		 486 aa  155  2e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4881  type I restriction-modification system M subunit  28.43 
 
 		 489 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.900731 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0823  N-6 DNA methylase  26.42 
 
 		 493 aa  152  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2863  N-6 DNA methylase  28.19 
 
 		 500 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0031  N-6 DNA methylase  34.59 
 
 		 539 aa  152  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.775177  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3652  N-6 DNA methylase  32.62 
 
 		 489 aa  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.729594 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1977  N-6 DNA methylase  30.91 
 
 		 500 aa  151  3e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.850783  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0807  DNA-methyltransferase, type I restriction-modification enzyme subunit M  25.76 
 
 		 486 aa  150  4e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.444408  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2961  N-6 DNA methylase  36.15 
 
 		 530 aa  150  4e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0841  type I restriction-modification system, M subunit  29.6 
 
 		 484 aa  150  5e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2087  N-6 DNA methylase  29.34 
 
 		 509 aa  150  5e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000122296 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0844  type I restriction enzyme EcoKI M protein  30 
 
 		 484 aa  150  5e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.14895e-23 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3271  putative RNA methylase  30.07 
 
 		 479 aa  150  6e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11081  normal  0.0311183 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2008  Sec-independent protein translocase protein TatC  27.21 
 
 		 489 aa  150  6e-35  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1235  N-6 DNA methylase  29.32 
 
 		 501 aa  150  7e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2651  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  25.38 
 
 		 484 aa  149  8e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0553747  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5277  N-6 DNA methylase  35.14 
 
 		 571 aa  147  4.0000000000000006e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20220  N-6 DNA methylase  27.2 
 
 		 484 aa  147  5e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.644983  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3226  N-6 DNA methylase  29.78 
 
 		 481 aa  147  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4142  N-6 DNA methylase  27.02 
 
 		 503 aa  146  9e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1016  N-6 DNA methylase  31.73 
 
 		 485 aa  146  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04061  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  28.98 
 
 		 703 aa  145  1e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2746  type I restriction-modification system, M subunit  28.5 
 
 		 480 aa  145  2e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.453882  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1201  N-6 DNA methylase  28.37 
 
 		 499 aa  145  2e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.721125  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3534  EcoEI R domain-containing protein  29.49 
 
 		 481 aa  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0122101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0084  N-6 DNA methylase  29.55 
 
 		 495 aa  144  5e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1577  type I restriction-modification system, M subunit  26.24 
 
 		 484 aa  144  5e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.947149  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0228  N-6 DNA methylase  26.05 
 
 		 484 aa  143  7e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2095  N-6 DNA methylase  29.53 
 
 		 481 aa  143  7e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0734  N-6 DNA methylase  28.96 
 
 		 534 aa  143  9e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.303269  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3517  N-6 DNA methylase  28.9 
 
 		 486 aa  143  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3772  N-6 DNA methylase  31.61 
 
 		 429 aa  142  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3845  N-6 DNA methylase  31.61 
 
 		 429 aa  142  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1634  N-6 DNA methylase  26.4 
 
 		 495 aa  141  3e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.145722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1096  N-6 DNA methylase  29.38 
 
 		 486 aa  140  4.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3269  type I restriction-modification system specificity subunit  30.28 
 
 		 498 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.266741  normal  0.0966647 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3570  N-6 DNA methylase  24.11 
 
 		 484 aa  137  4e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.054861  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>