More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1454 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012912  Dd1591_4241  N-6 DNA methylase  73.2 
 
 
570 aa  872    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2725  N-6 DNA methylase  78.2 
 
 
554 aa  913    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1525  type I restriction modification enzyme methylase subunit  73.1 
 
 
579 aa  872    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1454  N-6 DNA methylase  100 
 
 
553 aa  1144    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.330488  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1130  N-6 DNA methylase  96.93 
 
 
553 aa  1111    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1092  N-6 DNA methylase  48 
 
 
505 aa  485  1e-136  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299691  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1169  N-6 DNA methylase  47.6 
 
 
499 aa  472  1e-132  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.337809  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0161  N-6 DNA methylase  43.65 
 
 
508 aa  422  1e-117  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.885199 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0512  type I restriction modification system M subunit (site-specific DNA-methyltransferase subunit)  41.92 
 
 
489 aa  415  1e-114  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0898  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  43.88 
 
 
504 aa  410  1e-113  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000642099  hitchhiker  0.000000156294 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2095  N-6 DNA methylase  43.73 
 
 
506 aa  412  1e-113  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.866989  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2027  N-6 DNA methylase  41.5 
 
 
513 aa  404  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000128967 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0805  N-6 DNA methylase  42.6 
 
 
484 aa  400  9.999999999999999e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.614419  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1436  N-6 DNA methylase  40.74 
 
 
517 aa  392  1e-107  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2418  N-6 DNA methylase  42.69 
 
 
493 aa  389  1e-107  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0240611  normal  0.175475 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4809  N-6 DNA methylase  39.36 
 
 
544 aa  389  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.136314  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2876  N-6 DNA methylase  40.21 
 
 
544 aa  385  1e-106  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4713  N-6 DNA methylase  39.19 
 
 
544 aa  387  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0950517  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1036  N-6 DNA methylase  40.22 
 
 
527 aa  381  1e-104  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00552327  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3181  N-6 DNA methylase  41.96 
 
 
512 aa  376  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1501  N-6 DNA methylase  39.44 
 
 
513 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3200  N-6 DNA methylase  38.49 
 
 
545 aa  359  7e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1059  N-6 DNA methylase  40.49 
 
 
516 aa  357  3.9999999999999996e-97  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0199  N-6 DNA methylase  37.52 
 
 
506 aa  357  5e-97  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.471881  decreased coverage  0.000223426 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4188  N-6 DNA methylase  36.41 
 
 
540 aa  356  6.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3011  N-6 DNA methylase  44.1 
 
 
563 aa  355  2e-96  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.467528  normal  0.22274 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03611  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  36.49 
 
 
548 aa  345  2e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3541  N-6 DNA methylase  35.92 
 
 
524 aa  343  7e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3396  type I restriction enzyme M protein  33.59 
 
 
481 aa  295  1e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0389  N-6 DNA methylase  36.71 
 
 
818 aa  292  1e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000231606 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  46.38 
 
 
1005 aa  267  5e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1026  N-6 DNA methylase  29.67 
 
 
549 aa  265  1e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  33.53 
 
 
834 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  32.95 
 
 
846 aa  225  1e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  32.23 
 
 
775 aa  211  3e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1724  type I restriction-modification system, M subunit  30.16 
 
 
494 aa  200  7e-50  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4455  N-6 DNA methylase  29.11 
 
 
492 aa  194  3e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.435107  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1535  N-6 DNA methylase  27.29 
 
 
486 aa  181  4e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1235  N-6 DNA methylase  29.66 
 
 
501 aa  180  7e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0502  N-6 DNA methylase  29.79 
 
 
493 aa  179  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.173184 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4881  type I restriction-modification system M subunit  29.79 
 
 
489 aa  179  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.900731 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0353  N-6 DNA methylase  29.86 
 
 
488 aa  178  2e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02073  type I restriction enzyme EcoEI M protein  31.46 
 
 
489 aa  177  3e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5860  type I restriction-modification system, M subunit  29.79 
 
 
493 aa  178  3e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.822857 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1977  N-6 DNA methylase  29.68 
 
 
500 aa  177  5e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.850783  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20220  N-6 DNA methylase  28.07 
 
 
484 aa  177  5e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.644983  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3088  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  29.38 
 
 
502 aa  177  7e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.143322  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3271  putative RNA methylase  28.17 
 
 
479 aa  176  9.999999999999999e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11081  normal  0.0311183 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0823  N-6 DNA methylase  28.74 
 
 
493 aa  176  9.999999999999999e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2498  type I restriction-modification system, M subunit  29.86 
 
 
488 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.095428  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1415  N-6 DNA methylase  27.94 
 
 
477 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0877265  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2863  N-6 DNA methylase  29.93 
 
 
500 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1282  N-6 DNA methylase  29.25 
 
 
481 aa  174  3.9999999999999995e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6045  type I restriction-modification system subunit M  29.81 
 
 
489 aa  174  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0475301  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1259  N-6 DNA methylase  28.01 
 
 
490 aa  173  5.999999999999999e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.624489  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2087  N-6 DNA methylase  29.62 
 
 
509 aa  173  6.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000122296 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1577  type I restriction-modification system, M subunit  26.54 
 
 
484 aa  173  6.999999999999999e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.947149  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2008  Sec-independent protein translocase protein TatC  30.05 
 
 
489 aa  172  1e-41  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3570  N-6 DNA methylase  27.06 
 
 
484 aa  172  1e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.054861  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0684  type I restriction-modification system, M subunit  28.34 
 
 
489 aa  171  3e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0833  N-6 DNA methylase  28.34 
 
 
489 aa  171  3e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.564652 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0228  N-6 DNA methylase  26.36 
 
 
484 aa  170  5e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0786  N-6 DNA methylase  28.19 
 
 
710 aa  169  8e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.798778  normal  0.467887 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2651  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  27.06 
 
 
484 aa  168  2e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0553747  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1133  N-6 DNA methylase  29.01 
 
 
490 aa  168  2e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.813419  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0613  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  26.52 
 
 
484 aa  167  6.9999999999999995e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3226  N-6 DNA methylase  27.36 
 
 
481 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4612  N-6 DNA methylase  29.58 
 
 
489 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000590691 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1254  N-6 DNA methylase  28.4 
 
 
484 aa  165  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0713487  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2616  N-6 DNA methylase  27.78 
 
 
492 aa  165  2.0000000000000002e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0464512 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4142  N-6 DNA methylase  27.09 
 
 
503 aa  165  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3600  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  30.88 
 
 
530 aa  164  5.0000000000000005e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4741  type I restriction-modification system, M subunit  29.58 
 
 
489 aa  163  6e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0857  N-6 DNA methylase  28.95 
 
 
495 aa  163  7e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.015495  normal  0.121553 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0844  type I restriction enzyme EcoKI M protein  29.77 
 
 
484 aa  163  9e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.14895e-23 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1201  N-6 DNA methylase  28.94 
 
 
499 aa  161  3e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.721125  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3534  EcoEI R domain-containing protein  26.65 
 
 
481 aa  161  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0122101  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0841  type I restriction-modification system, M subunit  29.94 
 
 
484 aa  160  4e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3517  N-6 DNA methylase  28.68 
 
 
486 aa  160  4e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2746  type I restriction-modification system, M subunit  29.42 
 
 
480 aa  157  3e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.453882  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0269  N-6 DNA methylase  28.83 
 
 
519 aa  158  3e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.264877  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0807  DNA-methyltransferase, type I restriction-modification enzyme subunit M  25.68 
 
 
486 aa  158  3e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.444408  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1031  N-6 DNA methylase  31.91 
 
 
477 aa  157  3e-37  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.11238  normal  0.336468 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1310  N-6 DNA methylase  28.1 
 
 
489 aa  158  3e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3269  type I restriction-modification system specificity subunit  27.77 
 
 
498 aa  157  4e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.266741  normal  0.0966647 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0031  N-6 DNA methylase  30.37 
 
 
539 aa  156  7e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.775177  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04061  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  27.19 
 
 
703 aa  156  8e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1016  N-6 DNA methylase  28.24 
 
 
485 aa  155  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0734  N-6 DNA methylase  26.3 
 
 
534 aa  154  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.303269  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5277  N-6 DNA methylase  27.38 
 
 
571 aa  153  7e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1634  N-6 DNA methylase  26.12 
 
 
495 aa  153  1e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.145722  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2961  N-6 DNA methylase  33.55 
 
 
530 aa  152  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0901  N-6 DNA methylase  28.88 
 
 
478 aa  152  1e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.741705  normal  0.972786 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3672  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  30.79 
 
 
533 aa  151  4e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0084  N-6 DNA methylase  27.83 
 
 
495 aa  149  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3772  N-6 DNA methylase  30.65 
 
 
429 aa  147  5e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3845  N-6 DNA methylase  30.65 
 
 
429 aa  147  5e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4265  type I restriction-modification system, M subunit  33.44 
 
 
537 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1491  N-6 DNA methylase  27.97 
 
 
495 aa  145  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.118965  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02064  type I restriction enzyme EcoKI M protein  33.92 
 
 
514 aa  144  4e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>