More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_3648 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_04215  DNA methylase M  96.6 
 
 
529 aa  1070    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3648  N-6 DNA methylase  100 
 
 
529 aa  1102    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04181  hypothetical protein  96.6 
 
 
529 aa  1070    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4931  type I restriction enzyme EcoKI M protein  94.51 
 
 
529 aa  1045    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1671  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  90.53 
 
 
529 aa  1010    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.552607  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3672  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  61.1 
 
 
533 aa  660    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0031  N-6 DNA methylase  59.82 
 
 
539 aa  650    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.775177  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2961  N-6 DNA methylase  57.54 
 
 
530 aa  615  1e-175  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02064  type I restriction enzyme EcoKI M protein  57.22 
 
 
514 aa  592  1e-168  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4265  type I restriction-modification system, M subunit  55.56 
 
 
537 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3652  N-6 DNA methylase  49.13 
 
 
489 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.729594 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1096  N-6 DNA methylase  51.51 
 
 
486 aa  471  1.0000000000000001e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3600  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  49.08 
 
 
530 aa  466  9.999999999999999e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0841  type I restriction-modification system, M subunit  47.26 
 
 
484 aa  463  1e-129  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1673  N-6 DNA methylase  49.13 
 
 
493 aa  461  9.999999999999999e-129  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0844  type I restriction enzyme EcoKI M protein  46.88 
 
 
484 aa  456  1e-127  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.14895e-23 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1992  N-6 DNA methylase  46.38 
 
 
479 aa  435  1e-120  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0409108  normal  0.188366 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3269  type I restriction-modification system specificity subunit  39.29 
 
 
498 aa  346  7e-94  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.266741  normal  0.0966647 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1491  N-6 DNA methylase  39.54 
 
 
495 aa  338  1.9999999999999998e-91  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.118965  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3517  N-6 DNA methylase  39.54 
 
 
486 aa  334  3e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0857  N-6 DNA methylase  39.14 
 
 
495 aa  328  1.0000000000000001e-88  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.015495  normal  0.121553 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0084  N-6 DNA methylase  39.53 
 
 
495 aa  327  4.0000000000000003e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0901  N-6 DNA methylase  40.5 
 
 
478 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.741705  normal  0.972786 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1201  N-6 DNA methylase  40.28 
 
 
499 aa  307  2.0000000000000002e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.721125  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1031  N-6 DNA methylase  39.8 
 
 
477 aa  302  9e-81  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.11238  normal  0.336468 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2413  N-6 DNA methylase  37.92 
 
 
494 aa  291  2e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.228533  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2095  N-6 DNA methylase  36.03 
 
 
481 aa  279  9e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2746  type I restriction-modification system, M subunit  35.31 
 
 
480 aa  272  1e-71  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.453882  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3772  N-6 DNA methylase  37.44 
 
 
429 aa  243  5e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3845  N-6 DNA methylase  37.44 
 
 
429 aa  243  5e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1259  N-6 DNA methylase  32.58 
 
 
490 aa  184  3e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.624489  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4455  N-6 DNA methylase  29.15 
 
 
492 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.435107  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1133  N-6 DNA methylase  29.43 
 
 
490 aa  175  1.9999999999999998e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.813419  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4142  N-6 DNA methylase  28.9 
 
 
503 aa  168  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0734  N-6 DNA methylase  30.46 
 
 
534 aa  168  2e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.303269  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1282  N-6 DNA methylase  30.71 
 
 
481 aa  166  6.9999999999999995e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1235  N-6 DNA methylase  30.23 
 
 
501 aa  163  6e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4612  N-6 DNA methylase  30.37 
 
 
489 aa  163  9e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000590691 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6045  type I restriction-modification system subunit M  29.66 
 
 
489 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0475301  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02073  type I restriction enzyme EcoEI M protein  29.26 
 
 
489 aa  162  1e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0807  DNA-methyltransferase, type I restriction-modification enzyme subunit M  31.4 
 
 
486 aa  161  3e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.444408  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1977  N-6 DNA methylase  32.95 
 
 
500 aa  160  7e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.850783  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5277  N-6 DNA methylase  27.1 
 
 
571 aa  159  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1724  type I restriction-modification system, M subunit  28.29 
 
 
494 aa  158  2e-37  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4741  type I restriction-modification system, M subunit  29.29 
 
 
489 aa  158  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0613  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  29.12 
 
 
484 aa  157  3e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2863  N-6 DNA methylase  30.96 
 
 
500 aa  157  3e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1310  N-6 DNA methylase  28.51 
 
 
489 aa  155  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5860  type I restriction-modification system, M subunit  28.87 
 
 
493 aa  155  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.822857 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3271  putative RNA methylase  28.57 
 
 
479 aa  155  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11081  normal  0.0311183 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2616  N-6 DNA methylase  28.6 
 
 
492 aa  155  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0464512 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0823  N-6 DNA methylase  28.83 
 
 
493 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1577  type I restriction-modification system, M subunit  32.71 
 
 
484 aa  152  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.947149  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3570  N-6 DNA methylase  28.39 
 
 
484 aa  152  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.054861  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1535  N-6 DNA methylase  27.73 
 
 
486 aa  150  4e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1016  N-6 DNA methylase  28.51 
 
 
485 aa  150  5e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0502  N-6 DNA methylase  29.12 
 
 
493 aa  150  6e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.173184 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4881  type I restriction-modification system M subunit  29.37 
 
 
489 aa  150  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.900731 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0833  N-6 DNA methylase  28 
 
 
489 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.564652 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0684  type I restriction-modification system, M subunit  28 
 
 
489 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0228  N-6 DNA methylase  32.32 
 
 
484 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1254  N-6 DNA methylase  28.84 
 
 
484 aa  147  4.0000000000000006e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0713487  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1634  N-6 DNA methylase  33.56 
 
 
495 aa  147  5e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.145722  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2095  N-6 DNA methylase  29.06 
 
 
506 aa  147  6e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.866989  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3534  EcoEI R domain-containing protein  30.41 
 
 
481 aa  146  9e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0122101  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2087  N-6 DNA methylase  27.97 
 
 
509 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000122296 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1036  N-6 DNA methylase  36.49 
 
 
527 aa  145  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00552327  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3226  N-6 DNA methylase  30.08 
 
 
481 aa  144  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0805  N-6 DNA methylase  30.09 
 
 
484 aa  144  6e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.614419  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1130  N-6 DNA methylase  27.74 
 
 
553 aa  143  8e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1454  N-6 DNA methylase  27.74 
 
 
553 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.330488  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2651  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  29.91 
 
 
484 aa  142  1.9999999999999998e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0553747  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1092  N-6 DNA methylase  28.8 
 
 
505 aa  140  7.999999999999999e-32  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299691  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1415  N-6 DNA methylase  28.08 
 
 
477 aa  139  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0877265  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3088  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  27.78 
 
 
502 aa  138  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.143322  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20220  N-6 DNA methylase  27.35 
 
 
484 aa  138  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.644983  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1525  type I restriction modification enzyme methylase subunit  29.84 
 
 
579 aa  138  3.0000000000000003e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2498  type I restriction-modification system, M subunit  27.15 
 
 
488 aa  138  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.095428  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1169  N-6 DNA methylase  30.62 
 
 
499 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.337809  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4241  N-6 DNA methylase  27.81 
 
 
570 aa  136  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3200  N-6 DNA methylase  34.8 
 
 
545 aa  135  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2725  N-6 DNA methylase  26.72 
 
 
554 aa  134  3e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0353  N-6 DNA methylase  26.87 
 
 
488 aa  134  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3396  type I restriction enzyme M protein  32.9 
 
 
481 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1436  N-6 DNA methylase  28.1 
 
 
517 aa  131  4.0000000000000003e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04061  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  30.3 
 
 
703 aa  130  4.0000000000000003e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0199  N-6 DNA methylase  26.9 
 
 
506 aa  130  5.0000000000000004e-29  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.471881  decreased coverage  0.000223426 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03611  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  28.39 
 
 
548 aa  130  8.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4713  N-6 DNA methylase  27.73 
 
 
544 aa  129  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0950517  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1501  N-6 DNA methylase  30.84 
 
 
513 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3181  N-6 DNA methylase  33.98 
 
 
512 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1026  N-6 DNA methylase  26.59 
 
 
549 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0512  type I restriction modification system M subunit (site-specific DNA-methyltransferase subunit)  24.74 
 
 
489 aa  129  1.0000000000000001e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4188  N-6 DNA methylase  28.89 
 
 
540 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0898  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  32.24 
 
 
504 aa  129  2.0000000000000002e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000642099  hitchhiker  0.000000156294 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4809  N-6 DNA methylase  27.51 
 
 
544 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.136314  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0786  N-6 DNA methylase  31.34 
 
 
710 aa  128  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.798778  normal  0.467887 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3541  N-6 DNA methylase  34.08 
 
 
524 aa  127  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0269  N-6 DNA methylase  28.46 
 
 
519 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.264877  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1059  N-6 DNA methylase  28.09 
 
 
516 aa  127  7e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>