82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_4725 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_4725  hypothetical protein  100 
 
 		 1022 aa  2070    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1062  hypothetical protein  23.45 
 
 		 1231 aa  184  8.000000000000001e-45  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000818904  hitchhiker  0.00000512763 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0308  hypothetical protein  23.29 
 
 		 1086 aa  177  7e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0544  hypothetical protein  25.4 
 
 		 1093 aa  154  8e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3705  hypothetical protein  25.88 
 
 		 509 aa  130  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.133916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1460  Type II restriction enzyme methylase subunits-like  23.38 
 
 		 1186 aa  62.4  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.811371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3238  hypothetical protein  26.26 
 
 		 1184 aa  62  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0308131  normal  0.512831 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1545  hypothetical protein  29.05 
 
 		 1195 aa  58.2  0.0000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0985179  normal  1 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3519  N-6 DNA methylase  32.43 
 
 		 694 aa  57.4  0.000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0748  N-6 DNA methylase  27.14 
 
 		 504 aa  57.8  0.000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000203871 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1202  hypothetical protein  30.34 
 
 		 1282 aa  56.6  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.394642  hitchhiker  0.00171633 
 
 
-
 
NC_010374  M446_7058  hypothetical protein  24.43 
 
 		 1188 aa  55.5  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.48722  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2746  type I restriction-modification system, M subunit  27.97 
 
 		 480 aa  53.9  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.453882  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1469  type I restriction-modification system, M subunit, putative  23.26 
 
 		 1002 aa  54.3  0.00001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3845  DNA modification methyltransferase-related protein  22.76 
 
 		 978 aa  53.1  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0841462  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1545  putative type II DNA modification enzyme  38.66 
 
 		 1318 aa  53.5  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2889  N-6 DNA methylase  26.39 
 
 		 578 aa  52.8  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2355  N-6 DNA methylase  29.01 
 
 		 1038 aa  53.1  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0217  N-6 DNA methylase  26.39 
 
 		 578 aa  52.8  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2740  hypothetical protein  27.56 
 
 		 1018 aa  52.4  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3055  protein of unknown function DUF450  29.94 
 
 		 950 aa  52.8  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2617  N-6 DNA methylase  32.77 
 
 		 673 aa  52.4  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4156  hypothetical protein  23.17 
 
 		 1151 aa  52  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3600  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  33.07 
 
 		 530 aa  51.6  0.00008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02064  type I restriction enzyme EcoKI M protein  30.48 
 
 		 514 aa  51.2  0.00009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0121  putative DNA methylase  29.92 
 
 		 1022 aa  50.8  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2592  hypothetical protein  37.17 
 
 		 1339 aa  51.2  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.565404  hitchhiker  0.000489463 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1882  hypothetical protein  35.04 
 
 		 1422 aa  51.2  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2670  putative type II DNA modification enzyme  34.19 
 
 		 1306 aa  50.8  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.554607  normal  0.580872 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2017  putative type II DNA modification enzyme  26.7 
 
 		 1354 aa  51.2  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610928 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2985  hypothetical protein  25.34 
 
 		 1173 aa  50.4  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0952598  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3298  putative type II DNA modification enzyme  34.19 
 
 		 1322 aa  50.8  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0354  putative type II DNA modification enzyme  30.92 
 
 		 1319 aa  50.4  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.257085  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0324  N-6 DNA methylase  26.67 
 
 		 657 aa  50.1  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00528654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1977  N-6 DNA methylase  32.76 
 
 		 500 aa  50.1  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.850783  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05210  hypothetical protein  29.61 
 
 		 1209 aa  49.7  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1224  N-6 DNA methylase  32.94 
 
 		 796 aa  48.9  0.0005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.708606 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1235  N-6 DNA methylase  34.78 
 
 		 501 aa  48.5  0.0007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0724  putative type II DNA modification enzyme  30.26 
 
 		 1321 aa  48.1  0.0008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1992  N-6 DNA methylase  34.09 
 
 		 479 aa  48.1  0.0008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0409108  normal  0.188366 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4741  type I restriction-modification system, M subunit  27.61 
 
 		 489 aa  48.1  0.0009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2953  putative DNA methylase  29.14 
 
 		 1239 aa  48.1  0.0009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.468848  normal  0.142335 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1958  hypothetical protein  27.15 
 
 		 1333 aa  47.8  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7831  putative type II DNA modification enzyme  27.81 
 
 		 1358 aa  47.4  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3247  N-6 DNA methylase  27.59 
 
 		 748 aa  47.4  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3043  hypothetical protein  24.88 
 
 		 871 aa  47.8  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.743399  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0031  N-6 DNA methylase  25 
 
 		 539 aa  47  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.775177  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1892  protein of unknown function DUF450  23.2 
 
 		 1058 aa  46.6  0.002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6570  hypothetical protein  30.52 
 
 		 926 aa  47  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2902  N6 adenine-specific DNA methyltransferase protein, N12 class  24.54 
 
 		 621 aa  47  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00367965 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4265  type I restriction-modification system, M subunit  25.25 
 
 		 537 aa  46.6  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3517  N-6 DNA methylase  27.56 
 
 		 486 aa  47  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2727  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  33.65 
 
 		 257 aa  46.6  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000895401  hitchhiker  0.000125626 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1457  type I restriction-modification system, M subunit, putative  34.33 
 
 		 684 aa  46.2  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1211  N-6 DNA methylase  25.89 
 
 		 522 aa  46.2  0.003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4770  putative type II DNA modification enzyme  34.15 
 
 		 1331 aa  46.6  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.773591  normal  0.43682 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  26.67 
 
 		 527 aa  46.2  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2488  putative RNA methylase  36.36 
 
 		 604 aa  46.2  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0460  hypothetical protein  33.03 
 
 		 1373 aa  46.6  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.655713  hitchhiker  0.000401814 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0792  hypothetical protein  26.89 
 
 		 573 aa  46.2  0.003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011783  BbuZS7_E01  putative type I restriction/modofication enzyme  38.46 
 
 		 1277 aa  45.8  0.004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2691  N-6 DNA methylase  30.33 
 
 		 523 aa  45.8  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0502  N-6 DNA methylase  32.61 
 
 		 493 aa  45.8  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.173184 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1465  hypothetical protein  24.66 
 
 		 914 aa  45.8  0.004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.152551  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1415  N-6 DNA methylase  30 
 
 		 477 aa  45.8  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0877265  n/a   
 
 
-
 
NC_011781  BbuZS7_H19  type I restriction enzyme r protein (hsdr_n)  38.46 
 
 		 1278 aa  45.4  0.005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.218892  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2961  N-6 DNA methylase  25.83 
 
 		 530 aa  45.8  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1466  putative type II DNA modification enzyme  30 
 
 		 1219 aa  45.4  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.233784  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4701  hypothetical protein  31.85 
 
 		 795 aa  45.4  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.313867 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0884  hypothetical protein  32.46 
 
 		 1290 aa  45.4  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1300  hypothetical protein  33.33 
 
 		 1282 aa  45.4  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  28.81 
 
 		 494 aa  45.4  0.006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  33.71 
 
 		 834 aa  45.1  0.007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1365  hypothetical protein  24.43 
 
 		 925 aa  45.1  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3225  hypothetical protein  25.47 
 
 		 869 aa  45.1  0.007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1326  hypothetical protein  22.77 
 
 		 1321 aa  44.7  0.008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0844  type I restriction enzyme EcoKI M protein  26.92 
 
 		 484 aa  45.1  0.008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.14895e-23 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02073  type I restriction enzyme EcoEI M protein  33.33 
 
 		 489 aa  44.7  0.008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1948  DNA modification methylase  22.1 
 
 		 1089 aa  44.7  0.009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.89671  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0584  hypothetical protein  23.33 
 
 		 826 aa  44.7  0.009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4910  N-6 DNA methylase  28.33 
 
 		 584 aa  44.7  0.01  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.268375  normal  0.686666 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2538  hypothetical protein  35.4 
 
 		 1243 aa  44.3  0.01  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00255392 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>