97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2953 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009338  Mflv_3203  DNA methylase  47.97 
 
 		 1189 aa  1008    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0308495  normal  0.982662 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4283  hypothetical protein  46.51 
 
 		 1233 aa  1019    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1545  hypothetical protein  47.92 
 
 		 1195 aa  1017    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0985179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0971  putative DNA methylase  47.18 
 
 		 1222 aa  1030    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2728  putative DNA methylase  40.25 
 
 		 1208 aa  775    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05210  hypothetical protein  49.92 
 
 		 1209 aa  1092    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2953  putative DNA methylase  100 
 
 		 1239 aa  2513    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.468848  normal  0.142335 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0114  hypothetical protein  45.17 
 
 		 1231 aa  974    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1202  hypothetical protein  35.77 
 
 		 1282 aa  491  1e-137  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.394642  hitchhiker  0.00171633 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4598  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like  26.83 
 
 		 416 aa  78.2  0.0000000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3285  putative restriction/modification enzyme  24.43 
 
 		 1432 aa  77.8  0.000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1333  protein of unknown function DUF450  24 
 
 		 995 aa  72  0.00000000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.126844  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1501  protein of unknown function DUF450  20.9 
 
 		 974 aa  72  0.00000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000140584  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02930  hypothetical protein  26.74 
 
 		 1131 aa  69.3  0.0000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.264298  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3077  hypothetical protein  23.76 
 
 		 562 aa  68.9  0.0000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000627479 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2540  hypothetical protein  20.86 
 
 		 1612 aa  65.9  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.316751  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02940  hypothetical protein  26.27 
 
 		 1140 aa  65.9  0.000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.45552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1534  hypothetical protein  20.58 
 
 		 1120 aa  65.9  0.000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1895  type IIS restriction enzyme  24.28 
 
 		 612 aa  65.1  0.000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.4814  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0862  type IIS restriction endonuclease, putative  20.05 
 
 		 1132 aa  65.1  0.000000009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00475816 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7831  putative type II DNA modification enzyme  31.9 
 
 		 1358 aa  63.5  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1916  hypothetical protein  35.04 
 
 		 1430 aa  63.2  0.00000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1273  hypothetical protein  24.89 
 
 		 1125 aa  62.4  0.00000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1423  hypothetical protein  20.89 
 
 		 1177 aa  61.6  0.00000009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2731  putative type II DNA modification enzyme  32.43 
 
 		 1338 aa  61.6  0.00000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1892  protein of unknown function DUF450  21.77 
 
 		 1058 aa  60.5  0.0000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1909  hypothetical protein  24.67 
 
 		 557 aa  60.1  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00461375  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3055  protein of unknown function DUF450  20.35 
 
 		 950 aa  60.1  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2385  hypothetical protein  25.11 
 
 		 518 aa  59.3  0.0000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1608  hypothetical protein  24.71 
 
 		 1182 aa  58.9  0.0000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.102768 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3298  putative type II DNA modification enzyme  29.24 
 
 		 1322 aa  57.8  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2592  hypothetical protein  32.03 
 
 		 1339 aa  56.6  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.565404  hitchhiker  0.000489463 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0354  putative type II DNA modification enzyme  29.82 
 
 		 1319 aa  56.2  0.000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.257085  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1469  type I restriction-modification system, M subunit, putative  31.03 
 
 		 1002 aa  55.8  0.000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2493  type IIS restriction enzyme  23.36 
 
 		 1183 aa  55.5  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1525  hypothetical protein  31.58 
 
 		 1459 aa  55.5  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0847093 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1677  hypothetical protein  24.79 
 
 		 1171 aa  55.5  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114545 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0789  hypothetical protein  21.63 
 
 		 1250 aa  55.5  0.000007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011781  BbuZS7_H19  type I restriction enzyme r protein (hsdr_n)  25.23 
 
 		 1278 aa  55.1  0.000009  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.218892  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4847  putative restriction enzyme  38.96 
 
 		 1219 aa  55.1  0.000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000521229  normal  0.767237 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0713  hypothetical protein  21.63 
 
 		 1250 aa  55.1  0.000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.441526  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0299  hypothetical protein  20.36 
 
 		 1154 aa  54.3  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.309485 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2210  type II restriction enzyme, methylase subunit  20.74 
 
 		 836 aa  54.3  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000292861  normal  0.0590871 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0561  hypothetical protein  23.98 
 
 		 1162 aa  54.7  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3731  hypothetical protein  25.31 
 
 		 1174 aa  53.9  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2355  N-6 DNA methylase  33.94 
 
 		 1038 aa  53.9  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4701  hypothetical protein  31.34 
 
 		 795 aa  53.9  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.313867 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0544  hypothetical protein  28.23 
 
 		 1093 aa  53.9  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1062  hypothetical protein  30.57 
 
 		 1231 aa  53.9  0.00002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000818904  hitchhiker  0.00000512763 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3315  type II restriction enzyme, methylase subunit  31.64 
 
 		 929 aa  53.1  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2397  hypothetical protein  27.8 
 
 		 792 aa  53.5  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1159  hypothetical protein  22.31 
 
 		 1036 aa  52.8  0.00004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0441  hypothetical protein  22.34 
 
 		 1426 aa  52.8  0.00004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.141765 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1819  hypothetical protein  37.14 
 
 		 1154 aa  52  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0470618 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1299  Eco57I restriction endonuclease  38.16 
 
 		 1144 aa  52.4  0.00006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0387167  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1310  N-6 DNA methylase  23.94 
 
 		 1041 aa  52  0.00006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.881884  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1603  Eco57I restriction endonuclease  23.08 
 
 		 1170 aa  52.4  0.00006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.741912  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3351  hypothetical protein  26.32 
 
 		 1338 aa  52.4  0.00006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.465815  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2985  hypothetical protein  28.68 
 
 		 1173 aa  51.6  0.00008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0952598  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1713  adenine-specific DNA methyltransferase  22.4 
 
 		 478 aa  51.6  0.00009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0736948  n/a   
 
 
-
 
NC_011783  BbuZS7_E01  putative type I restriction/modofication enzyme  22.97 
 
 		 1277 aa  51.2  0.0001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3519  N-6 DNA methylase  26.64 
 
 		 694 aa  51.6  0.0001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3141  N-6 DNA methylase  23.65 
 
 		 746 aa  50.8  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2163  hypothetical protein  31.19 
 
 		 1104 aa  50.8  0.0002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3080  hypothetical protein  34.91 
 
 		 1425 aa  50.4  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1156  hypothetical protein  36.62 
 
 		 1324 aa  50.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1709  hypothetical protein  37.14 
 
 		 1154 aa  49.3  0.0004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.18586  normal  0.0585819 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04295  Type II restriction enzyme, methylase subunit  19.41 
 
 		 1020 aa  49.7  0.0004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1174  N-6 DNA methylase  24.81 
 
 		 493 aa  49.7  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0879909  normal  0.322631 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2038  hypothetical protein  41.03 
 
 		 1241 aa  49.7  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.769996  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1326  hypothetical protein  27.81 
 
 		 1321 aa  49.3  0.0005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0601  hypothetical protein  40.3 
 
 		 1497 aa  48.9  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.548482  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1235  hypothetical protein  40.3 
 
 		 1484 aa  48.9  0.0006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.616183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1882  hypothetical protein  29.56 
 
 		 1422 aa  48.5  0.0007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1326  hypothetical protein  34.29 
 
 		 1141 aa  48.5  0.0008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.770705  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0724  putative type II DNA modification enzyme  25.22 
 
 		 1321 aa  48.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2756  hypothetical protein  34.29 
 
 		 1162 aa  48.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.206504  normal  0.110579 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4725  hypothetical protein  29.14 
 
 		 1022 aa  48.1  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_260  hypothetical protein  35.96 
 
 		 1359 aa  47.4  0.002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4361  N-6 DNA methylase  29.14 
 
 		 908 aa  47.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1958  hypothetical protein  29.03 
 
 		 1333 aa  47.4  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1669  hypothetical protein  20.35 
 
 		 1209 aa  47  0.002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2208  hypothetical protein  29.85 
 
 		 1218 aa  47  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00220427  normal  0.956264 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4770  putative type II DNA modification enzyme  26.7 
 
 		 1331 aa  46.6  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.773591  normal  0.43682 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0261  type II restriction enzyme, methylase subunit  26.19 
 
 		 909 aa  46.6  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.504808  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0176  type II restriction enzyme methylase subunits- like protein  28.12 
 
 		 919 aa  47  0.003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0272  putative type II DNA modification enzyme  31.85 
 
 		 1322 aa  46.6  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0339  putative restriction enzyme  23.55 
 
 		 1205 aa  46.6  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00710778  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1287  putative DNA methylase  35.06 
 
 		 932 aa  46.2  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000167364 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2547  type IIS restriction endonuclease, putative  19.69 
 
 		 1076 aa  46.2  0.004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00176401  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1545  putative type II DNA modification enzyme  29.57 
 
 		 1318 aa  45.8  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2939  N-6 DNA methylase  23.32 
 
 		 926 aa  45.8  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0994  hypothetical protein  42.42 
 
 		 309 aa  45.8  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2027  N-6 DNA methylase  24.39 
 
 		 513 aa  45.1  0.008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128967 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1421  putative type II DNA modification enzyme  30 
 
 		 1355 aa  44.7  0.01  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0121  putative DNA methylase  21.7 
 
 		 1022 aa  44.7  0.01  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5860  type I restriction-modification system, M subunit  27.56 
 
 		 493 aa  44.7  0.01  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.822857 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>