85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0176 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0176  type II restriction enzyme methylase subunits- like protein  100 
 
 
919 aa  1909    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1309  methylase  38.58 
 
 
933 aa  602  1e-170  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00329115  n/a   
 
 
-
 
NC_009516  PsycPRwf_2393  Type II restriction enzyme methylase subunits-like protein  38.16 
 
 
934 aa  588  1e-166  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.233566  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0478  hypothetical protein  37.76 
 
 
908 aa  584  1.0000000000000001e-165  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5634  methylase  38.52 
 
 
937 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3043  hypothetical protein  40.22 
 
 
871 aa  570  1e-161  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.743399  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1744  DNA methyltransferase  36.85 
 
 
909 aa  569  1e-160  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000656447  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1465  hypothetical protein  39.28 
 
 
914 aa  553  1e-156  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.152551  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2607  methylase  36.31 
 
 
928 aa  551  1e-155  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.483035  decreased coverage  0.00951903 
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0028  hypothetical protein  37.17 
 
 
916 aa  525  1e-147  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0759  hypothetical protein  36.22 
 
 
912 aa  495  9.999999999999999e-139  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.231322  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2250  hypothetical protein  34.89 
 
 
929 aa  453  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4906  hypothetical protein  31.83 
 
 
941 aa  449  1.0000000000000001e-124  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1287  putative DNA methylase  35.14 
 
 
932 aa  444  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000167364 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2530  putative DNA methylase  34.38 
 
 
928 aa  436  1e-121  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0253553  hitchhiker  0.000494571 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5334  type II restriction enzyme methylase subunit  34.5 
 
 
926 aa  438  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4502  hypothetical protein  33.63 
 
 
955 aa  435  1e-120  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.264892 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15580  Type II restriction enzyme, methylase subunit  34.51 
 
 
926 aa  433  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000708191  unclonable  6.0148299999999996e-21 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1748  putative DNA methylase  33.71 
 
 
928 aa  414  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.431397 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5513  hypothetical protein  32.09 
 
 
934 aa  406  1e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.032293  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1962  type II restriction enzyme, methylase subunit  33.21 
 
 
918 aa  398  1e-109  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0531091  normal  0.121709 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3315  type II restriction enzyme, methylase subunit  32.32 
 
 
929 aa  370  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4499  putative DNA methylase  31.28 
 
 
921 aa  367  1e-100  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.154819  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0261  type II restriction enzyme, methylase subunit  29.92 
 
 
909 aa  369  1e-100  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.504808  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7690  putative type II restriction enzyme, methylase subunit  32.84 
 
 
622 aa  262  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.212385 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3845  DNA modification methyltransferase-related protein  23.94 
 
 
978 aa  191  5e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0841462  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2985  hypothetical protein  24.49 
 
 
1173 aa  165  3e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0952598  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1460  Type II restriction enzyme methylase subunits-like  24.12 
 
 
1186 aa  165  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.811371  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1365  hypothetical protein  26.46 
 
 
925 aa  159  2e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4987  hypothetical protein  23.65 
 
 
1154 aa  155  2.9999999999999998e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.0015789  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3238  hypothetical protein  23.27 
 
 
1184 aa  151  5e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0308131  normal  0.512831 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4156  hypothetical protein  23.12 
 
 
1151 aa  151  5e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2740  hypothetical protein  23.76 
 
 
1018 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010374  M446_7058  hypothetical protein  23.77 
 
 
1188 aa  148  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.48722  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3686  hypothetical protein  23.18 
 
 
918 aa  147  6e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.619967  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3857  hypothetical protein  24.7 
 
 
973 aa  145  4e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.663936  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4327  hypothetical protein  22.22 
 
 
1170 aa  132  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2902  N6 adenine-specific DNA methyltransferase protein, N12 class  24.69 
 
 
621 aa  124  7e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00367965 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3225  hypothetical protein  26.49 
 
 
869 aa  108  3e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1615  hypothetical protein  47.67 
 
 
97 aa  79  0.0000000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000631366  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1501  protein of unknown function DUF450  25.19 
 
 
974 aa  68.6  0.0000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000140584  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1882  hypothetical protein  25.56 
 
 
1422 aa  67.8  0.0000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1333  protein of unknown function DUF450  23.03 
 
 
995 aa  62.4  0.00000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.126844  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2544  hypothetical protein  23.13 
 
 
1346 aa  62.4  0.00000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0868504  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2592  hypothetical protein  24.43 
 
 
1339 aa  62.4  0.00000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.565404  hitchhiker  0.000489463 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1310  N-6 DNA methylase  20.43 
 
 
1041 aa  61.6  0.00000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.881884  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2538  hypothetical protein  29.55 
 
 
1243 aa  61.6  0.00000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00255392 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1272  hypothetical protein  22.17 
 
 
1353 aa  61.6  0.00000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3322  hypothetical protein  23.04 
 
 
1210 aa  58.5  0.0000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.178682  hitchhiker  0.00000120393 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3219  hypothetical protein  23.86 
 
 
1298 aa  58.2  0.0000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4701  hypothetical protein  23.45 
 
 
795 aa  56.6  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.313867 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3203  DNA methylase  27.45 
 
 
1189 aa  56.6  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0308495  normal  0.982662 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2547  type IIS restriction endonuclease, putative  24.62 
 
 
1076 aa  55.1  0.000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00176401  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3285  putative restriction/modification enzyme  28.75 
 
 
1432 aa  54.3  0.00001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1159  hypothetical protein  24.01 
 
 
1036 aa  53.9  0.00001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3351  hypothetical protein  24.08 
 
 
1338 aa  53.9  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.465815  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1956  putative type II DNA modification enzyme  29.55 
 
 
1055 aa  53.1  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129503  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04295  Type II restriction enzyme, methylase subunit  24.91 
 
 
1020 aa  52.8  0.00003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1958  hypothetical protein  29.05 
 
 
1333 aa  52.4  0.00004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1466  putative type II DNA modification enzyme  29.21 
 
 
1219 aa  51.6  0.00007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.233784  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0354  putative type II DNA modification enzyme  26.2 
 
 
1319 aa  51.6  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.257085  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1892  protein of unknown function DUF450  27.85 
 
 
1058 aa  51.2  0.0001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3412  Eco57I restriction endonuclease  24.82 
 
 
1159 aa  50.8  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.904901 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1707  restriction/modification enzyme  23.99 
 
 
1343 aa  50.4  0.0002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.544038  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0460  hypothetical protein  30.12 
 
 
1373 aa  50.4  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.655713  hitchhiker  0.000401814 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1326  hypothetical protein  31.01 
 
 
1321 aa  49.7  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0748  N-6 DNA methylase  19.25 
 
 
504 aa  49.3  0.0003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000203871 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0269  N-6 DNA methylase  24.08 
 
 
519 aa  48.9  0.0004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.264877  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0326  hypothetical protein  23.47 
 
 
1184 aa  48.5  0.0005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.253006  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2210  type II restriction enzyme, methylase subunit  25.26 
 
 
836 aa  47.8  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000292861  normal  0.0590871 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1669  hypothetical protein  21.9 
 
 
1209 aa  47.8  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1239  putative type II DNA modification enzyme  22.38 
 
 
1336 aa  47.8  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0932763  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2038  hypothetical protein  28.09 
 
 
1241 aa  46.6  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.769996  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2953  putative DNA methylase  28.12 
 
 
1239 aa  47  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.468848  normal  0.142335 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2731  putative type II DNA modification enzyme  25.3 
 
 
1338 aa  47  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3668  hypothetical protein  25.41 
 
 
1088 aa  47  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0033  hypothetical protein  24.48 
 
 
1332 aa  47  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0223  hypothetical protein  27.33 
 
 
1342 aa  46.2  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0122903 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3519  N-6 DNA methylase  24.7 
 
 
694 aa  45.8  0.004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_260  hypothetical protein  27.94 
 
 
1359 aa  45.1  0.006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0884  hypothetical protein  19.7 
 
 
1290 aa  45.1  0.006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2163  hypothetical protein  22.69 
 
 
1104 aa  44.7  0.007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2680  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  22.54 
 
 
676 aa  45.1  0.007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.558636  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3298  putative type II DNA modification enzyme  27.11 
 
 
1322 aa  44.7  0.008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3742  hypothetical protein  26.17 
 
 
1575 aa  44.7  0.009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>