134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_2939 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_2939  N-6 DNA methylase  100 
 
 		 926 aa  1910    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4241  N-6 DNA methylase  25.66 
 
 		 570 aa  74.3  0.000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2961  N-6 DNA methylase  27.18 
 
 		 530 aa  70.9  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2746  type I restriction-modification system, M subunit  26.71 
 
 		 480 aa  69.7  0.0000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.453882  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4265  type I restriction-modification system, M subunit  29.15 
 
 		 537 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3088  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  31.34 
 
 		 502 aa  70.1  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.143322  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0217  N-6 DNA methylase  24.71 
 
 		 578 aa  68.2  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2889  N-6 DNA methylase  24.71 
 
 		 578 aa  68.2  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3226  N-6 DNA methylase  29 
 
 		 481 aa  67.8  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3672  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  25.08 
 
 		 533 aa  67.4  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0684  type I restriction-modification system, M subunit  27.06 
 
 		 489 aa  66.6  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0833  N-6 DNA methylase  27.06 
 
 		 489 aa  66.6  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.564652 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1254  N-6 DNA methylase  28.17 
 
 		 484 aa  64.7  0.000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0713487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3600  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  26.82 
 
 		 530 aa  64.7  0.000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3534  EcoEI R domain-containing protein  29.19 
 
 		 481 aa  64.7  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0122101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1130  N-6 DNA methylase  24.38 
 
 		 553 aa  63.9  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0031  N-6 DNA methylase  28.36 
 
 		 539 aa  63.9  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.775177  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2095  N-6 DNA methylase  26.23 
 
 		 506 aa  63.9  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.866989  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4612  N-6 DNA methylase  27.93 
 
 		 489 aa  63.9  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000590691 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4741  type I restriction-modification system, M subunit  27.31 
 
 		 489 aa  63.5  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2725  N-6 DNA methylase  23.33 
 
 		 554 aa  63.5  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1501  N-6 DNA methylase  27.94 
 
 		 513 aa  62.4  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1133  N-6 DNA methylase  27.83 
 
 		 490 aa  62.4  0.00000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.813419  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6045  type I restriction-modification system subunit M  28.05 
 
 		 489 aa  62.4  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0475301  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0823  N-6 DNA methylase  26.61 
 
 		 493 aa  62.4  0.00000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02073  type I restriction enzyme EcoEI M protein  28.05 
 
 		 489 aa  62  0.00000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1454  N-6 DNA methylase  24.03 
 
 		 553 aa  61.6  0.00000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.330488  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0807  DNA-methyltransferase, type I restriction-modification enzyme subunit M  25.31 
 
 		 486 aa  60.5  0.0000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.444408  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1525  type I restriction modification enzyme methylase subunit  28.81 
 
 		 579 aa  60.5  0.0000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0369  type I restriction-modification system, M subunit  26.21 
 
 		 871 aa  59.7  0.0000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0353  N-6 DNA methylase  26.58 
 
 		 488 aa  59.3  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2617  N-6 DNA methylase  24.54 
 
 		 673 aa  59.7  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1415  N-6 DNA methylase  28.42 
 
 		 477 aa  59.7  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0877265  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0228  N-6 DNA methylase  26.61 
 
 		 484 aa  59.7  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3271  putative RNA methylase  29.17 
 
 		 479 aa  59.3  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11081  normal  0.0311183 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1577  type I restriction-modification system, M subunit  26.02 
 
 		 484 aa  58.9  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.947149  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4931  type I restriction enzyme EcoKI M protein  24.85 
 
 		 529 aa  58.5  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04215  DNA methylase M  27.76 
 
 		 529 aa  57.8  0.0000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04181  hypothetical protein  27.76 
 
 		 529 aa  57.8  0.0000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3772  N-6 DNA methylase  26.33 
 
 		 429 aa  57.8  0.0000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3845  N-6 DNA methylase  26.33 
 
 		 429 aa  57.8  0.0000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2413  N-6 DNA methylase  25.24 
 
 		 494 aa  57.8  0.0000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.228533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1535  N-6 DNA methylase  25.4 
 
 		 486 aa  57.8  0.0000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3648  N-6 DNA methylase  27.76 
 
 		 529 aa  57.8  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1671  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  26.83 
 
 		 529 aa  57.4  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.552607  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3570  N-6 DNA methylase  31.53 
 
 		 484 aa  57.4  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.054861  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2498  type I restriction-modification system, M subunit  26.13 
 
 		 488 aa  57  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.095428  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2616  N-6 DNA methylase  27.23 
 
 		 492 aa  57  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0464512 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02064  type I restriction enzyme EcoKI M protein  25.71 
 
 		 514 aa  57  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2651  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  25 
 
 		 484 aa  55.8  0.000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0553747  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0613  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  30.63 
 
 		 484 aa  55.8  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2372  type I restriction-modification system, M subunit  23.97 
 
 		 537 aa  56.2  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.728855  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1634  N-6 DNA methylase  31.53 
 
 		 495 aa  56.2  0.000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.145722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0450  type I restriction-modification system, M subunit  26.34 
 
 		 537 aa  56.2  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00003054 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2003  type I restriction-modification system, M subunit  23.97 
 
 		 537 aa  56.2  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3541  N-6 DNA methylase  26.09 
 
 		 524 aa  55.8  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0805  N-6 DNA methylase  29.06 
 
 		 484 aa  55.5  0.000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.614419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04061  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  25.7 
 
 		 703 aa  55.5  0.000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1016  N-6 DNA methylase  27.49 
 
 		 485 aa  55.5  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1436  N-6 DNA methylase  23.04 
 
 		 517 aa  55.1  0.000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0925  type I restriction-modification system, M subunit  26.83 
 
 		 535 aa  55.5  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000528021  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1174  N-6 DNA methylase  26.89 
 
 		 493 aa  55.1  0.000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0879909  normal  0.322631 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  24.03 
 
 		 814 aa  54.3  0.000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1031  N-6 DNA methylase  23.48 
 
 		 477 aa  54.7  0.000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.11238  normal  0.336468 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0792  hypothetical protein  23.65 
 
 		 573 aa  54.3  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1310  N-6 DNA methylase  20.24 
 
 		 1041 aa  54.3  0.00001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.881884  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1220  type I restriction-modification system, M subunit  27.8 
 
 		 540 aa  53.1  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.107175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0129  type I restriction-modification system, M subunit  26.02 
 
 		 537 aa  53.9  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1096  N-6 DNA methylase  23.62 
 
 		 486 aa  53.5  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1036  N-6 DNA methylase  24.8 
 
 		 527 aa  53.5  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00552327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0901  N-6 DNA methylase  24.4 
 
 		 478 aa  52.8  0.00003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.741705  normal  0.972786 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0161  N-6 DNA methylase  25.6 
 
 		 508 aa  52.8  0.00003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.885199 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2619  type I restriction-modification system, M subunit  26.83 
 
 		 584 aa  52.8  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2193  type I restriction-modification system, M subunit  23.51 
 
 		 847 aa  52.8  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184981  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2876  N-6 DNA methylase  23.9 
 
 		 544 aa  52.4  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1201  N-6 DNA methylase  26.7 
 
 		 499 aa  52.4  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.721125  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20220  N-6 DNA methylase  21.9 
 
 		 484 aa  52.4  0.00004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.644983  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1959  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  25 
 
 		 855 aa  52  0.00006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0750  type I restriction-modification system, M subunit  25.37 
 
 		 544 aa  51.6  0.00006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3269  type I restriction-modification system specificity subunit  26.75 
 
 		 498 aa  51.6  0.00007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.266741  normal  0.0966647 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  25.19 
 
 		 799 aa  51.6  0.00007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1393  restriction and modification enzyme CjeI  20.97 
 
 		 1285 aa  51.2  0.00008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0898  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  23.79 
 
 		 504 aa  51.2  0.00009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000642099  hitchhiker  0.000000156294 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3517  N-6 DNA methylase  22.68 
 
 		 486 aa  51.2  0.00009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2863  N-6 DNA methylase  26.79 
 
 		 500 aa  50.4  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2027  N-6 DNA methylase  24.23 
 
 		 513 aa  50.8  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128967 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1977  N-6 DNA methylase  25.1 
 
 		 500 aa  50.8  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.850783  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4809  N-6 DNA methylase  22.49 
 
 		 544 aa  50.8  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.136314  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2418  N-6 DNA methylase  26.69 
 
 		 493 aa  50.1  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0240611  normal  0.175475 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1779  type I restriction-modification system specificity subunit  23.53 
 
 		 799 aa  50.4  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4713  N-6 DNA methylase  22.49 
 
 		 544 aa  50.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0950517  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3396  type I restriction enzyme M protein  27.49 
 
 		 481 aa  49.3  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0841  type I restriction-modification system, M subunit  23.18 
 
 		 484 aa  49.3  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1424  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  25.52 
 
 		 1194 aa  49.7  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2008  Sec-independent protein translocase protein TatC  24.17 
 
 		 489 aa  49.3  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2778  N-6 DNA methylase  21.72 
 
 		 405 aa  48.9  0.0004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  3.63238e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0844  type I restriction enzyme EcoKI M protein  23.18 
 
 		 484 aa  48.5  0.0005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.14895e-23 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4598  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like  22.39 
 
 		 416 aa  48.5  0.0006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4455  N-6 DNA methylase  27.52 
 
 		 492 aa  48.5  0.0006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.435107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2995  N-6 DNA methylase  22.98 
 
 		 707 aa  48.5  0.0006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00439445  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>