More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2995 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2995  N-6 DNA methylase  100 
 
 		 707 aa  1453    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00439445  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3192  N-6 DNA methylase  26.54 
 
 		 605 aa  128  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1457  type I restriction-modification system, M subunit, putative  28.57 
 
 		 684 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0324  N-6 DNA methylase  28.36 
 
 		 657 aa  123  9e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00528654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0610  restriction modification system DNA specificity subunit  24.91 
 
 		 730 aa  121  3.9999999999999996e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2095  N-6 DNA methylase  28.37 
 
 		 506 aa  118  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.866989  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3644  type I restriction enzyme R protein N terminus (HSDR_N)/N-6 DNA methylase  27.11 
 
 		 866 aa  118  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.550519  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1454  N-6 DNA methylase  25.66 
 
 		 553 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.330488  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20400  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  24.25 
 
 		 654 aa  116  2.0000000000000002e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0518055 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2725  N-6 DNA methylase  27.8 
 
 		 554 aa  114  8.000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4241  N-6 DNA methylase  28.19 
 
 		 570 aa  112  3e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1130  N-6 DNA methylase  24.85 
 
 		 553 aa  110  9.000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2863  N-6 DNA methylase  26.58 
 
 		 500 aa  110  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1525  type I restriction modification enzyme methylase subunit  27.54 
 
 		 579 aa  108  3e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1026  N-6 DNA methylase  25.56 
 
 		 549 aa  108  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2027  N-6 DNA methylase  28.88 
 
 		 513 aa  107  6e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128967 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0161  N-6 DNA methylase  27.11 
 
 		 508 aa  107  9e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.885199 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  23.37 
 
 		 775 aa  105  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0512  type I restriction modification system M subunit (site-specific DNA-methyltransferase subunit)  28.75 
 
 		 489 aa  105  4e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1036  N-6 DNA methylase  26.51 
 
 		 527 aa  104  6e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00552327  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2876  N-6 DNA methylase  25.42 
 
 		 544 aa  104  6e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5860  type I restriction-modification system, M subunit  25.65 
 
 		 493 aa  103  9e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.822857 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1092  N-6 DNA methylase  26.81 
 
 		 505 aa  103  1e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299691  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0972  N-6 DNA methylase  28.57 
 
 		 911 aa  103  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.91965 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  31.4 
 
 		 834 aa  103  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02073  type I restriction enzyme EcoEI M protein  26.51 
 
 		 489 aa  102  3e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1169  N-6 DNA methylase  26.84 
 
 		 499 aa  101  4e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.337809  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4809  N-6 DNA methylase  26.38 
 
 		 544 aa  101  4e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.136314  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0805  N-6 DNA methylase  26.48 
 
 		 484 aa  101  4e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.614419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4881  type I restriction-modification system M subunit  26.03 
 
 		 489 aa  101  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.900731 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  25.14 
 
 		 846 aa  101  6e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3396  type I restriction enzyme M protein  29.19 
 
 		 481 aa  100  8e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4713  N-6 DNA methylase  26.3 
 
 		 544 aa  100  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0950517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1235  N-6 DNA methylase  24.48 
 
 		 501 aa  99.8  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1133  N-6 DNA methylase  25.79 
 
 		 490 aa  99.8  2e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.813419  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0684  type I restriction-modification system, M subunit  31.33 
 
 		 489 aa  99.4  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0833  N-6 DNA methylase  31.33 
 
 		 489 aa  99.4  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.564652 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6045  type I restriction-modification system subunit M  24.87 
 
 		 489 aa  97.4  8e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0475301  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3200  N-6 DNA methylase  29.17 
 
 		 545 aa  97.1  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1259  N-6 DNA methylase  26.16 
 
 		 490 aa  97.1  1e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.624489  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0786  N-6 DNA methylase  23.45 
 
 		 710 aa  95.9  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.798778  normal  0.467887 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1059  N-6 DNA methylase  28.01 
 
 		 516 aa  96.3  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0921  N-6 DNA methylase  25.81 
 
 		 676 aa  96.3  2e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1501  N-6 DNA methylase  25.74 
 
 		 513 aa  95.5  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4612  N-6 DNA methylase  24.8 
 
 		 489 aa  95.5  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000590691 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0502  N-6 DNA methylase  27.31 
 
 		 493 aa  94.4  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.173184 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1977  N-6 DNA methylase  24.41 
 
 		 500 aa  94.4  6e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.850783  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1282  N-6 DNA methylase  26.46 
 
 		 481 aa  94  8e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1415  N-6 DNA methylase  24.54 
 
 		 477 aa  93.6  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0877265  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1436  N-6 DNA methylase  24.39 
 
 		 517 aa  93.6  1e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0689  DNA methylase-type I restriction-modification system  25.63 
 
 		 687 aa  92.8  2e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2087  N-6 DNA methylase  30.37 
 
 		 509 aa  93.2  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000122296 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4741  type I restriction-modification system, M subunit  25.13 
 
 		 489 aa  92  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3088  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  25.98 
 
 		 502 aa  92.4  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.143322  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03611  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  25.72 
 
 		 548 aa  92.4  3e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3181  N-6 DNA methylase  26.32 
 
 		 512 aa  91.7  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2498  type I restriction-modification system, M subunit  30.58 
 
 		 488 aa  91.7  4e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.095428  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0353  N-6 DNA methylase  30.58 
 
 		 488 aa  91.7  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0199  N-6 DNA methylase  27.3 
 
 		 506 aa  91.7  4e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.471881  decreased coverage  0.000223426 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1254  N-6 DNA methylase  24.08 
 
 		 484 aa  91.3  5e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0713487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0734  N-6 DNA methylase  25.64 
 
 		 534 aa  91.3  5e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.303269  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3011  N-6 DNA methylase  29.96 
 
 		 563 aa  90.5  9e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.467528  normal  0.22274 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0901  N-6 DNA methylase  25.45 
 
 		 478 aa  90.1  1e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.741705  normal  0.972786 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3541  N-6 DNA methylase  28.4 
 
 		 524 aa  90.1  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0823  N-6 DNA methylase  28.15 
 
 		 493 aa  90.1  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4188  N-6 DNA methylase  26.71 
 
 		 540 aa  89.4  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3226  N-6 DNA methylase  24.81 
 
 		 481 aa  89.4  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0898  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  25.64 
 
 		 504 aa  89.4  2e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000642099  hitchhiker  0.000000156294 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5277  N-6 DNA methylase  27.15 
 
 		 571 aa  89.7  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4455  N-6 DNA methylase  24.06 
 
 		 492 aa  89.7  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.435107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2008  Sec-independent protein translocase protein TatC  23.25 
 
 		 489 aa  88.6  3e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4142  N-6 DNA methylase  29.88 
 
 		 503 aa  88.6  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3271  putative RNA methylase  24.87 
 
 		 479 aa  88.6  4e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11081  normal  0.0311183 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04061  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  31.36 
 
 		 703 aa  87.8  6e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  28.57 
 
 		 814 aa  87.4  8e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  25.32 
 
 		 1005 aa  86.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2616  N-6 DNA methylase  25.2 
 
 		 492 aa  87  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0464512 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2746  type I restriction-modification system, M subunit  31.12 
 
 		 480 aa  85.9  0.000000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.453882  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2617  N-6 DNA methylase  23.76 
 
 		 673 aa  86.3  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  26.78 
 
 		 499 aa  86.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1724  type I restriction-modification system, M subunit  27.34 
 
 		 494 aa  85.5  0.000000000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3534  EcoEI R domain-containing protein  23.79 
 
 		 481 aa  85.1  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0122101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2095  N-6 DNA methylase  25.14 
 
 		 481 aa  85.1  0.000000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05613  type I restriction-modification system specificity subunit  28.74 
 
 		 873 aa  84.3  0.000000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  29.03 
 
 		 585 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0269  N-6 DNA methylase  27.49 
 
 		 519 aa  83.6  0.00000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.264877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  29.34 
 
 		 574 aa  82.4  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2961  N-6 DNA methylase  26.77 
 
 		 530 aa  82.8  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0844  type I restriction enzyme EcoKI M protein  24.52 
 
 		 484 aa  81.6  0.00000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.14895e-23 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  26.5 
 
 		 505 aa  81.6  0.00000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  28.88 
 
 		 499 aa  81.3  0.00000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1016  N-6 DNA methylase  29.17 
 
 		 485 aa  80.5  0.00000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20220  N-6 DNA methylase  23.76 
 
 		 484 aa  80.1  0.0000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.644983  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1673  N-6 DNA methylase  23.39 
 
 		 493 aa  79.7  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1222  N-6 DNA methylase  28.39 
 
 		 519 aa  79.7  0.0000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  29.41 
 
 		 587 aa  79.7  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1310  N-6 DNA methylase  27.54 
 
 		 489 aa  79.7  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1535  N-6 DNA methylase  26.79 
 
 		 486 aa  79.7  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2413  N-6 DNA methylase  23.97 
 
 		 494 aa  79.7  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.228533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  27.78 
 
 		 498 aa  79  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>