More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_20400 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_20400  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  100 
 
 		 654 aa  1364    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0518055 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0324  N-6 DNA methylase  46.52 
 
 		 657 aa  610  1e-173  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00528654  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1457  type I restriction-modification system, M subunit, putative  37.23 
 
 		 684 aa  412  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0689  DNA methylase-type I restriction-modification system  30.72 
 
 		 687 aa  241  2.9999999999999997e-62  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3600  N-6 DNA methylase  28.84 
 
 		 738 aa  238  4e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3247  N-6 DNA methylase  29.18 
 
 		 748 aa  223  8e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0921  N-6 DNA methylase  27.69 
 
 		 676 aa  219  2e-55  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0544  type I restriction-modification system, M subunit, putative  27.5 
 
 		 648 aa  215  1.9999999999999998e-54  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1224  N-6 DNA methylase  26.61 
 
 		 796 aa  188  2e-46  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.708606 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0972  N-6 DNA methylase  25.08 
 
 		 911 aa  156  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.91965 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3192  N-6 DNA methylase  24.48 
 
 		 605 aa  135  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0823  N-6 DNA methylase  23.55 
 
 		 768 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0181192  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3644  type I restriction enzyme R protein N terminus (HSDR_N)/N-6 DNA methylase  26.11 
 
 		 866 aa  127  5e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.550519  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2725  N-6 DNA methylase  27.41 
 
 		 554 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2995  N-6 DNA methylase  24.25 
 
 		 707 aa  116  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00439445  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1092  N-6 DNA methylase  25.21 
 
 		 505 aa  114  5e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299691  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  28.9 
 
 		 1005 aa  113  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3200  N-6 DNA methylase  27.02 
 
 		 545 aa  113  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1169  N-6 DNA methylase  27.69 
 
 		 499 aa  112  3e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.337809  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1454  N-6 DNA methylase  26.23 
 
 		 553 aa  111  5e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.330488  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1130  N-6 DNA methylase  26.23 
 
 		 553 aa  110  6e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1525  type I restriction modification enzyme methylase subunit  24.32 
 
 		 579 aa  110  9.000000000000001e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1036  N-6 DNA methylase  27.33 
 
 		 527 aa  109  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00552327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2027  N-6 DNA methylase  25.86 
 
 		 513 aa  108  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128967 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0512  type I restriction modification system M subunit (site-specific DNA-methyltransferase subunit)  25.78 
 
 		 489 aa  107  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4241  N-6 DNA methylase  25.23 
 
 		 570 aa  105  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1564  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.01 
 
 		 1134 aa  103  1e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  27.06 
 
 		 846 aa  102  2e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0161  N-6 DNA methylase  25.86 
 
 		 508 aa  102  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.885199 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0610  restriction modification system DNA specificity subunit  23.47 
 
 		 730 aa  101  3e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4809  N-6 DNA methylase  24.56 
 
 		 544 aa  100  6e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.136314  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1501  N-6 DNA methylase  24.17 
 
 		 513 aa  100  6e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4713  N-6 DNA methylase  24.56 
 
 		 544 aa  100  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0950517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  25.52 
 
 		 775 aa  100  8e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4188  N-6 DNA methylase  25.61 
 
 		 540 aa  100  9e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  26.62 
 
 		 834 aa  100  1e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1436  N-6 DNA methylase  27.42 
 
 		 517 aa  97.4  7e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0389  N-6 DNA methylase  26.73 
 
 		 818 aa  95.9  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000231606 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2876  N-6 DNA methylase  24.63 
 
 		 544 aa  96.3  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2095  N-6 DNA methylase  24.73 
 
 		 506 aa  93.6  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.866989  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0031  N-6 DNA methylase  25.69 
 
 		 539 aa  92.8  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.775177  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1673  N-6 DNA methylase  24.77 
 
 		 493 aa  91.7  4e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2418  N-6 DNA methylase  25.45 
 
 		 493 aa  91.7  4e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0240611  normal  0.175475 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3269  type I restriction-modification system specificity subunit  25.17 
 
 		 498 aa  91.3  6e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.266741  normal  0.0966647 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2746  type I restriction-modification system, M subunit  23.86 
 
 		 480 aa  90.9  7e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.453882  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1026  N-6 DNA methylase  23.1 
 
 		 549 aa  90.5  8e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0901  N-6 DNA methylase  23.06 
 
 		 478 aa  90.5  9e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.741705  normal  0.972786 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0805  N-6 DNA methylase  22.85 
 
 		 484 aa  89  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.614419  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1724  type I restriction-modification system, M subunit  23.31 
 
 		 494 aa  89  3e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3652  N-6 DNA methylase  24.77 
 
 		 489 aa  88.6  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.729594 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0898  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  24.85 
 
 		 504 aa  88.6  3e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000642099  hitchhiker  0.000000156294 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0199  N-6 DNA methylase  25.3 
 
 		 506 aa  88.6  3e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.471881  decreased coverage  0.000223426 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3517  N-6 DNA methylase  23.5 
 
 		 486 aa  88.2  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1201  N-6 DNA methylase  23.29 
 
 		 499 aa  87.8  6e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.721125  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0857  N-6 DNA methylase  23.21 
 
 		 495 aa  87.4  7e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.015495  normal  0.121553 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  26.59 
 
 		 633 aa  87.4  8e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5290  N-6 DNA methylase  24.42 
 
 		 668 aa  87.4  8e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00180088  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0084  N-6 DNA methylase  23.15 
 
 		 495 aa  86.7  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1145  N-6 DNA methylase  24.5 
 
 		 628 aa  86.7  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2087  N-6 DNA methylase  25.72 
 
 		 509 aa  86.3  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000122296 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3396  type I restriction enzyme M protein  22.75 
 
 		 481 aa  85.5  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3181  N-6 DNA methylase  23.12 
 
 		 512 aa  85.1  0.000000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2413  N-6 DNA methylase  24.83 
 
 		 494 aa  84.7  0.000000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.228533  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0103  N-6 DNA methylase  24.86 
 
 		 493 aa  84.7  0.000000000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1031  N-6 DNA methylase  21.63 
 
 		 477 aa  83.2  0.00000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.11238  normal  0.336468 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02073  type I restriction enzyme EcoEI M protein  25.09 
 
 		 489 aa  82.4  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1096  N-6 DNA methylase  23.54 
 
 		 486 aa  82.8  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  21.59 
 
 		 822 aa  82  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3772  N-6 DNA methylase  24.76 
 
 		 429 aa  81.6  0.00000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1259  N-6 DNA methylase  24.54 
 
 		 490 aa  81.6  0.00000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.624489  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3845  N-6 DNA methylase  24.76 
 
 		 429 aa  81.6  0.00000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3541  N-6 DNA methylase  23.41 
 
 		 524 aa  81.3  0.00000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4612  N-6 DNA methylase  25.17 
 
 		 489 aa  80.9  0.00000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000590691 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1133  N-6 DNA methylase  24.91 
 
 		 490 aa  80.5  0.00000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.813419  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1059  N-6 DNA methylase  25.16 
 
 		 516 aa  80.5  0.00000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04061  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  25.45 
 
 		 703 aa  80.5  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02064  type I restriction enzyme EcoKI M protein  23.72 
 
 		 514 aa  80.1  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0844  type I restriction enzyme EcoKI M protein  22.76 
 
 		 484 aa  80.1  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.14895e-23 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6045  type I restriction-modification system subunit M  23.87 
 
 		 489 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0475301  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0823  N-6 DNA methylase  25.76 
 
 		 493 aa  79.7  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  22.66 
 
 		 808 aa  79.3  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  24.67 
 
 		 499 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4741  type I restriction-modification system, M subunit  24.07 
 
 		 489 aa  78.2  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3088  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  25.61 
 
 		 502 aa  78.2  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.143322  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2095  N-6 DNA methylase  21.18 
 
 		 481 aa  78.2  0.0000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3648  N-6 DNA methylase  23.23 
 
 		 529 aa  78.2  0.0000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  24.75 
 
 		 499 aa  78.2  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  23.23 
 
 		 498 aa  78.2  0.0000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4455  N-6 DNA methylase  23.13 
 
 		 492 aa  78.2  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.435107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  23.74 
 
 		 523 aa  77.4  0.0000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0841  type I restriction-modification system, M subunit  22.3 
 
 		 484 aa  76.6  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  23.74 
 
 		 508 aa  77  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1671  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  23.52 
 
 		 529 aa  76.6  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.552607  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  23.36 
 
 		 1343 aa  76.3  0.000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4142  N-6 DNA methylase  22.7 
 
 		 503 aa  75.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  23.8 
 
 		 496 aa  76.3  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4265  type I restriction-modification system, M subunit  23.36 
 
 		 537 aa  75.1  0.000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3672  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  23.36 
 
 		 533 aa  75.5  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03611  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  23.55 
 
 		 548 aa  75.5  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  22.52 
 
 		 500 aa  74.7  0.000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>