More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3247 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG0544  type I restriction-modification system, M subunit, putative  57.36 
 
 		 648 aa  696    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0689  DNA methylase-type I restriction-modification system  58.33 
 
 		 687 aa  719    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3600  N-6 DNA methylase  51.19 
 
 		 738 aa  768    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3247  N-6 DNA methylase  100 
 
 		 748 aa  1558    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0921  N-6 DNA methylase  46.93 
 
 		 676 aa  564  1.0000000000000001e-159  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20400  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  29.18 
 
 		 654 aa  223  9e-57  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0518055 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0324  N-6 DNA methylase  28.52 
 
 		 657 aa  221  3.9999999999999997e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00528654  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1457  type I restriction-modification system, M subunit, putative  24.66 
 
 		 684 aa  173  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3192  N-6 DNA methylase  27.56 
 
 		 605 aa  127  8.000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1224  N-6 DNA methylase  23.41 
 
 		 796 aa  123  9.999999999999999e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.708606 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0823  N-6 DNA methylase  23.82 
 
 		 768 aa  117  6e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0181192  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1169  N-6 DNA methylase  25.64 
 
 		 499 aa  108  2e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.337809  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1130  N-6 DNA methylase  26.96 
 
 		 553 aa  106  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2725  N-6 DNA methylase  26.37 
 
 		 554 aa  105  3e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0972  N-6 DNA methylase  23.31 
 
 		 911 aa  104  5e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.91965 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3200  N-6 DNA methylase  25.93 
 
 		 545 aa  103  9e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0805  N-6 DNA methylase  24.58 
 
 		 484 aa  103  1e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.614419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1454  N-6 DNA methylase  26.28 
 
 		 553 aa  103  1e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.330488  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2027  N-6 DNA methylase  27.53 
 
 		 513 aa  102  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128967 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1036  N-6 DNA methylase  26.02 
 
 		 527 aa  102  3e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00552327  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4241  N-6 DNA methylase  25 
 
 		 570 aa  102  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  28.71 
 
 		 775 aa  101  5e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03611  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  27.12 
 
 		 548 aa  100  7e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1092  N-6 DNA methylase  26.05 
 
 		 505 aa  100  1e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299691  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0161  N-6 DNA methylase  24.83 
 
 		 508 aa  100  1e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.885199 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  27.21 
 
 		 846 aa  98.2  5e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1525  type I restriction modification enzyme methylase subunit  24.22 
 
 		 579 aa  97.4  9e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1436  N-6 DNA methylase  27.68 
 
 		 517 aa  97.1  1e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  26.06 
 
 		 834 aa  97.1  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1501  N-6 DNA methylase  24.15 
 
 		 513 aa  96.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3644  type I restriction enzyme R protein N terminus (HSDR_N)/N-6 DNA methylase  26.48 
 
 		 866 aa  95.9  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.550519  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4713  N-6 DNA methylase  26.56 
 
 		 544 aa  94.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0950517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4809  N-6 DNA methylase  26.47 
 
 		 544 aa  94.4  7e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.136314  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2876  N-6 DNA methylase  28.1 
 
 		 544 aa  94.4  8e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1282  N-6 DNA methylase  25.07 
 
 		 481 aa  93.6  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0199  N-6 DNA methylase  27.05 
 
 		 506 aa  93.6  1e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.471881  decreased coverage  0.000223426 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0512  type I restriction modification system M subunit (site-specific DNA-methyltransferase subunit)  25 
 
 		 489 aa  93.2  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0610  restriction modification system DNA specificity subunit  21.01 
 
 		 730 aa  91.7  4e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2095  N-6 DNA methylase  25.77 
 
 		 506 aa  90.9  7e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.866989  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1026  N-6 DNA methylase  23.95 
 
 		 549 aa  90.9  7e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3541  N-6 DNA methylase  26.24 
 
 		 524 aa  90.9  8e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4188  N-6 DNA methylase  24.14 
 
 		 540 aa  89.7  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3088  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  25.99 
 
 		 502 aa  87.4  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.143322  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  23.91 
 
 		 498 aa  86.7  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1133  N-6 DNA methylase  25.93 
 
 		 490 aa  85.9  0.000000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.813419  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1059  N-6 DNA methylase  24.93 
 
 		 516 aa  85.5  0.000000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0898  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  25.73 
 
 		 504 aa  85.5  0.000000000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000642099  hitchhiker  0.000000156294 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2616  N-6 DNA methylase  26.3 
 
 		 492 aa  85.1  0.000000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0464512 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  23.97 
 
 		 496 aa  84.3  0.000000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0389  N-6 DNA methylase  29.25 
 
 		 818 aa  84.3  0.000000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000231606 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0502  N-6 DNA methylase  24.44 
 
 		 493 aa  84  0.000000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.173184 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  24.11 
 
 		 499 aa  83.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4265  type I restriction-modification system, M subunit  27.44 
 
 		 537 aa  83.2  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  23.51 
 
 		 498 aa  83.2  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1415  N-6 DNA methylase  24.04 
 
 		 477 aa  82.4  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0877265  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0734  N-6 DNA methylase  25.94 
 
 		 534 aa  82  0.00000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.303269  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5860  type I restriction-modification system, M subunit  25.37 
 
 		 493 aa  80.9  0.00000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.822857 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0031  N-6 DNA methylase  26.71 
 
 		 539 aa  80.9  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.775177  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4455  N-6 DNA methylase  24.34 
 
 		 492 aa  80.9  0.00000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.435107  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  25.08 
 
 		 1005 aa  80.9  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3011  N-6 DNA methylase  26.19 
 
 		 563 aa  80.1  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.467528  normal  0.22274 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2418  N-6 DNA methylase  25.35 
 
 		 493 aa  80.1  0.0000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0240611  normal  0.175475 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0353  N-6 DNA methylase  27.54 
 
 		 488 aa  80.5  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5277  N-6 DNA methylase  23.8 
 
 		 571 aa  79.7  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0833  N-6 DNA methylase  26.55 
 
 		 489 aa  79.7  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.564652 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0684  type I restriction-modification system, M subunit  26.55 
 
 		 489 aa  79.7  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0807  DNA-methyltransferase, type I restriction-modification enzyme subunit M  24.1 
 
 		 486 aa  79.3  0.0000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.444408  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  24.2 
 
 		 808 aa  79  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0901  N-6 DNA methylase  26.18 
 
 		 478 aa  79  0.0000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.741705  normal  0.972786 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1259  N-6 DNA methylase  23.44 
 
 		 490 aa  79  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.624489  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1977  N-6 DNA methylase  24 
 
 		 500 aa  79  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.850783  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3226  N-6 DNA methylase  24.01 
 
 		 481 aa  78.6  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3271  putative RNA methylase  27.16 
 
 		 479 aa  78.2  0.0000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11081  normal  0.0311183 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2498  type I restriction-modification system, M subunit  26.06 
 
 		 488 aa  78.2  0.0000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.095428  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1843  type I restriction-modification system, M subunit  25.4 
 
 		 554 aa  78.2  0.0000000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02064  type I restriction enzyme EcoKI M protein  25.97 
 
 		 514 aa  78.2  0.0000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3672  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  26.14 
 
 		 533 aa  78.2  0.0000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3181  N-6 DNA methylase  23.15 
 
 		 512 aa  77.8  0.0000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  25.4 
 
 		 908 aa  77.8  0.0000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1310  N-6 DNA methylase  26.67 
 
 		 489 aa  77  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1031  N-6 DNA methylase  25.26 
 
 		 477 aa  76.6  0.000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.11238  normal  0.336468 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1235  N-6 DNA methylase  24.47 
 
 		 501 aa  77  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20220  N-6 DNA methylase  26.94 
 
 		 484 aa  77  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.644983  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3534  EcoEI R domain-containing protein  23.68 
 
 		 481 aa  77  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0122101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4142  N-6 DNA methylase  26.03 
 
 		 503 aa  77.4  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3396  type I restriction enzyme M protein  22.74 
 
 		 481 aa  76.6  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4881  type I restriction-modification system M subunit  23.25 
 
 		 489 aa  75.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.900731 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1724  type I restriction-modification system, M subunit  23.47 
 
 		 494 aa  75.5  0.000000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2003  type I restriction-modification system, M subunit  24.26 
 
 		 537 aa  75.9  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2372  type I restriction-modification system, M subunit  24.26 
 
 		 537 aa  75.9  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.728855  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2095  N-6 DNA methylase  26.37 
 
 		 481 aa  75.5  0.000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1016  N-6 DNA methylase  27.04 
 
 		 485 aa  75.9  0.000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0613  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  25.86 
 
 		 484 aa  75.1  0.000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04061  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  24.32 
 
 		 703 aa  74.3  0.000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3652  N-6 DNA methylase  25 
 
 		 489 aa  74.3  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.729594 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  25.14 
 
 		 499 aa  74.3  0.000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  24.92 
 
 		 822 aa  73.9  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1535  N-6 DNA methylase  27.65 
 
 		 486 aa  73.9  0.000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0823  N-6 DNA methylase  25.84 
 
 		 493 aa  73.9  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  25.34 
 
 		 499 aa  73.9  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>