More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3551 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  100 
 
 		 499 aa  1032    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  69.74 
 
 		 526 aa  739    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0161  type I restriction-modification system, M subunit  69.28 
 
 		 506 aa  722    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  57.31 
 
 		 495 aa  576  1.0000000000000001e-163  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1888  type I restriction-modification system, M subunit  55.53 
 
 		 526 aa  562  1.0000000000000001e-159  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  55.15 
 
 		 501 aa  559  1e-158  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2348  type I restriction-modification system, M subunit  55.86 
 
 		 505 aa  560  1e-158  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.427504  hitchhiker  0.00993981 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  53.13 
 
 		 494 aa  531  1e-149  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2550  type I restriction-modification system, M subunit  53.8 
 
 		 527 aa  527  1e-148  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.19461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4262  type I restriction-modification system, M subunit  47.82 
 
 		 527 aa  451  1e-125  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  45.92 
 
 		 633 aa  403  1e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1127  N-6 DNA methylase  64.14 
 
 		 302 aa  397  1e-109  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  43.55 
 
 		 505 aa  377  1e-103  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  41.05 
 
 		 523 aa  362  7.0000000000000005e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  41.05 
 
 		 508 aa  362  1e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  43.89 
 
 		 574 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  43.06 
 
 		 574 aa  355  8.999999999999999e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  41.15 
 
 		 504 aa  353  4e-96  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  42.42 
 
 		 587 aa  353  4e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2472  type I restriction-modification system, M subunit  40.69 
 
 		 518 aa  350  3e-95  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0275864  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  43.48 
 
 		 574 aa  350  5e-95  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0454  type I restriction-modification system, M subunit  39.46 
 
 		 518 aa  342  8e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0466  type I restriction-modification system, M subunit  39.46 
 
 		 518 aa  342  8e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1895  type I restriction-modification system, M subunit  39.46 
 
 		 518 aa  342  9e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.646372  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1860  type I restriction-modification system, M subunit  39.46 
 
 		 518 aa  342  9e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.876278  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  41.3 
 
 		 799 aa  342  1e-92  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  40.89 
 
 		 505 aa  340  2.9999999999999998e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0952  type I restriction-modification system, M subunit  40.24 
 
 		 809 aa  339  9e-92  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000609916 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  41.13 
 
 		 810 aa  338  9.999999999999999e-92  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  43.2 
 
 		 585 aa  333  6e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  39.13 
 
 		 495 aa  330  4e-89  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3354  type I restriction-modification system, M subunit  38.39 
 
 		 528 aa  328  1.0000000000000001e-88  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.501947  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4043  N-6 DNA methylase  41.31 
 
 		 824 aa  328  2.0000000000000001e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  41.1 
 
 		 814 aa  326  7e-88  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  38.67 
 
 		 499 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2853  N-6 DNA methylase  40.5 
 
 		 810 aa  317  2e-85  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0991376 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0251  type I restriction-modification system, M subunit  39.2 
 
 		 808 aa  317  4e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  39.12 
 
 		 814 aa  317  5e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2193  type I restriction-modification system, M subunit  37.6 
 
 		 847 aa  316  7e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184981  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0369  type I restriction-modification system, M subunit  38.43 
 
 		 871 aa  314  1.9999999999999998e-84  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2672  N-6 DNA methylase  40.04 
 
 		 814 aa  314  1.9999999999999998e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.29252  normal  0.213379 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2003  type I restriction-modification system, M subunit  35.91 
 
 		 537 aa  312  9e-84  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2372  type I restriction-modification system, M subunit  35.91 
 
 		 537 aa  312  9e-84  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.728855  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  40.69 
 
 		 496 aa  312  1e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1779  type I restriction-modification system specificity subunit  39.75 
 
 		 799 aa  311  2e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  40.72 
 
 		 815 aa  310  2.9999999999999997e-83  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1843  type I restriction-modification system, M subunit  43.43 
 
 		 554 aa  310  4e-83  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  39.58 
 
 		 499 aa  309  6.999999999999999e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  40.09 
 
 		 498 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0750  type I restriction-modification system, M subunit  37.38 
 
 		 544 aa  307  4.0000000000000004e-82  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0450  type I restriction-modification system, M subunit  36.76 
 
 		 537 aa  307  4.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00003054 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  39.18 
 
 		 498 aa  304  3.0000000000000004e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1220  type I restriction-modification system, M subunit  37.16 
 
 		 540 aa  301  2e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.107175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05613  type I restriction-modification system specificity subunit  41.65 
 
 		 873 aa  301  2e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0753  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  37.19 
 
 		 534 aa  300  4e-80  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0439  Type I restriction-modification system M subunit  37.2 
 
 		 534 aa  299  1e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00153392  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3954  type I restriction-modification system, M subunit  37.81 
 
 		 525 aa  299  1e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0427  type I restriction-modification system, M subunit  38.54 
 
 		 827 aa  298  1e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  35.8 
 
 		 568 aa  296  4e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2725  type I restriction-modification system, M subunit  36.67 
 
 		 525 aa  296  4e-79  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  39.83 
 
 		 908 aa  296  4e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  38.49 
 
 		 500 aa  296  5e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0925  type I restriction-modification system, M subunit  36.16 
 
 		 535 aa  296  6e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000528021  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0129  type I restriction-modification system, M subunit  35.83 
 
 		 537 aa  296  7e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3546  type I restriction-modification system, M subunit  34.94 
 
 		 535 aa  296  8e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1085  type I restriction-modification system, M subunit  36.36 
 
 		 547 aa  292  8e-78  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.103049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  38.23 
 
 		 891 aa  290  5.0000000000000004e-77  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1215  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  44.23 
 
 		 462 aa  290  5.0000000000000004e-77  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  38.81 
 
 		 808 aa  289  9e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3609  N-6 DNA methylase  39.14 
 
 		 508 aa  288  2e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0606  type I restriction-modification system subunit M  35.88 
 
 		 523 aa  288  2e-76  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0849  N-6 DNA methylase  38.66 
 
 		 492 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  37.83 
 
 		 822 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3427  type I restriction-modification system methylation subunit-like  35.9 
 
 		 504 aa  278  2e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2925  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  37.31 
 
 		 708 aa  277  3e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3176  N-6 DNA methylase  38.12 
 
 		 503 aa  277  3e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00238415  unclonable  0.0000000000000309055 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3154  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  38.36 
 
 		 508 aa  276  4e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3715  type I restriction-modification system, M subunit  34.72 
 
 		 547 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1915  type I restriction-modification system, M subunit  36.45 
 
 		 853 aa  272  1e-71  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.93858  hitchhiker  0.00587021 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  37.53 
 
 		 816 aa  272  1e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1672  N-6 DNA methylase  36.8 
 
 		 516 aa  270  2.9999999999999997e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.179457  hitchhiker  0.001187 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0079  type I restriction-modification system, M subunit  34.56 
 
 		 520 aa  267  4e-70  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1097  N-6 DNA methylase  37.05 
 
 		 513 aa  266  8e-70  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.34986 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4458  type I restriction-modification system, M subunit  36.71 
 
 		 863 aa  265  1e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1545  type I restriction-modification system, M subunit  33.59 
 
 		 522 aa  265  2e-69  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.648114  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1211  N-6 DNA methylase  33.9 
 
 		 522 aa  263  4e-69  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2619  type I restriction-modification system, M subunit  39.28 
 
 		 584 aa  263  4.999999999999999e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3984  N-6 DNA methylase  34.23 
 
 		 505 aa  262  1e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03120  type I restriction system adenine methylase HsdM  35.2 
 
 		 856 aa  262  1e-68  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0118515  hitchhiker  7.147270000000001e-18 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  35.69 
 
 		 527 aa  262  1e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  36.21 
 
 		 860 aa  259  6e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01115  type I restriction-modification system, methyltransferase subunit  35.77 
 
 		 862 aa  259  7e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4082  type I restriction-modification system, M subunit  35.07 
 
 		 863 aa  258  1e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0505  type I restriction-modification system, M subunit  34.03 
 
 		 524 aa  258  1e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4820  N-6 DNA methylase  33.14 
 
 		 496 aa  258  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1959  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  34.74 
 
 		 855 aa  257  4e-67  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4162  type I restriction-modification system, M subunit  34.02 
 
 		 874 aa  257  4e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.235487 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3536  type I restriction-modification system, M subunit  34.3 
 
 		 863 aa  256  8e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0103  N-6 DNA methylase  34.71 
 
 		 493 aa  256  9e-67  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3672  type I restriction-modification system, M subunit  33.65 
 
 		 910 aa  254  2.0000000000000002e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>