More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1457 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1457  type I restriction-modification system, M subunit, putative  100 
 
 		 684 aa  1420    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0324  N-6 DNA methylase  37.98 
 
 		 657 aa  444  1e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00528654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20400  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  37.23 
 
 		 654 aa  412  1e-114  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0518055 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0689  DNA methylase-type I restriction-modification system  25.43 
 
 		 687 aa  194  6e-48  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3600  N-6 DNA methylase  24.43 
 
 		 738 aa  191  4e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1224  N-6 DNA methylase  23.3 
 
 		 796 aa  173  7.999999999999999e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.708606 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3247  N-6 DNA methylase  24.66 
 
 		 748 aa  173  1e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0921  N-6 DNA methylase  28.68 
 
 		 676 aa  169  1e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0544  type I restriction-modification system, M subunit, putative  24.09 
 
 		 648 aa  166  1.0000000000000001e-39  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3192  N-6 DNA methylase  27.95 
 
 		 605 aa  145  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3644  type I restriction enzyme R protein N terminus (HSDR_N)/N-6 DNA methylase  26.93 
 
 		 866 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.550519  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0972  N-6 DNA methylase  25.17 
 
 		 911 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.91965 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2995  N-6 DNA methylase  28.57 
 
 		 707 aa  127  8.000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00439445  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1036  N-6 DNA methylase  27.45 
 
 		 527 aa  120  9e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00552327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3200  N-6 DNA methylase  24.76 
 
 		 545 aa  112  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0823  N-6 DNA methylase  24.6 
 
 		 768 aa  106  1e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0181192  n/a   
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5290  N-6 DNA methylase  28.21 
 
 		 668 aa  106  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00180088  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1415  N-6 DNA methylase  26.28 
 
 		 477 aa  105  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0877265  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1096  N-6 DNA methylase  24.68 
 
 		 486 aa  105  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3088  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  25.47 
 
 		 502 aa  105  4e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.143322  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1092  N-6 DNA methylase  25.98 
 
 		 505 aa  104  5e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299691  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1169  N-6 DNA methylase  30.17 
 
 		 499 aa  104  6e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.337809  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3652  N-6 DNA methylase  26.39 
 
 		 489 aa  103  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.729594 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2876  N-6 DNA methylase  26.49 
 
 		 544 aa  102  3e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1145  N-6 DNA methylase  26.76 
 
 		 628 aa  102  3e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4713  N-6 DNA methylase  26.07 
 
 		 544 aa  101  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0950517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4809  N-6 DNA methylase  26.07 
 
 		 544 aa  101  5e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.136314  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4241  N-6 DNA methylase  26.26 
 
 		 570 aa  100  8e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0823  N-6 DNA methylase  28.76 
 
 		 493 aa  98.2  5e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1501  N-6 DNA methylase  26.87 
 
 		 513 aa  97.8  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1130  N-6 DNA methylase  25.16 
 
 		 553 aa  97.4  7e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1454  N-6 DNA methylase  25.16 
 
 		 553 aa  97.1  9e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.330488  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0161  N-6 DNA methylase  27.72 
 
 		 508 aa  97.1  9e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.885199 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4142  N-6 DNA methylase  27.01 
 
 		 503 aa  97.1  9e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1133  N-6 DNA methylase  29.27 
 
 		 490 aa  96.7  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.813419  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2725  N-6 DNA methylase  26.35 
 
 		 554 aa  96.7  1e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3271  putative RNA methylase  24.3 
 
 		 479 aa  95.9  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11081  normal  0.0311183 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2027  N-6 DNA methylase  26.49 
 
 		 513 aa  96.3  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128967 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0031  N-6 DNA methylase  26.75 
 
 		 539 aa  95.1  4e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.775177  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4881  type I restriction-modification system M subunit  27.94 
 
 		 489 aa  95.1  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.900731 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5860  type I restriction-modification system, M subunit  26.84 
 
 		 493 aa  94.7  5e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.822857 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1977  N-6 DNA methylase  28.03 
 
 		 500 aa  94  8e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.850783  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2746  type I restriction-modification system, M subunit  25.13 
 
 		 480 aa  93.6  1e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.453882  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1235  N-6 DNA methylase  28.12 
 
 		 501 aa  93.6  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1310  N-6 DNA methylase  27.98 
 
 		 489 aa  93.2  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0502  N-6 DNA methylase  27.91 
 
 		 493 aa  92.4  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.173184 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  25.26 
 
 		 775 aa  92.8  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0389  N-6 DNA methylase  26.9 
 
 		 818 aa  92.8  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000231606 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04061  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  26.13 
 
 		 703 aa  92.4  3e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02073  type I restriction enzyme EcoEI M protein  29.17 
 
 		 489 aa  92  3e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1282  N-6 DNA methylase  23.43 
 
 		 481 aa  91.7  4e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0857  N-6 DNA methylase  25.74 
 
 		 495 aa  91.7  4e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.015495  normal  0.121553 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2863  N-6 DNA methylase  28.24 
 
 		 500 aa  91.7  5e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2616  N-6 DNA methylase  27.02 
 
 		 492 aa  90.9  6e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0464512 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4612  N-6 DNA methylase  29.17 
 
 		 489 aa  90.5  8e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000590691 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1525  type I restriction modification enzyme methylase subunit  24.68 
 
 		 579 aa  90.5  9e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3541  N-6 DNA methylase  26.01 
 
 		 524 aa  90.1  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3226  N-6 DNA methylase  24.93 
 
 		 481 aa  89  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0610  restriction modification system DNA specificity subunit  22.17 
 
 		 730 aa  89.7  2e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0833  N-6 DNA methylase  27.54 
 
 		 489 aa  89  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.564652 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3517  N-6 DNA methylase  27.54 
 
 		 486 aa  89  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1259  N-6 DNA methylase  24.19 
 
 		 490 aa  89  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.624489  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0684  type I restriction-modification system, M subunit  27.54 
 
 		 489 aa  89  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0805  N-6 DNA methylase  26.52 
 
 		 484 aa  88.6  3e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.614419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0807  DNA-methyltransferase, type I restriction-modification enzyme subunit M  26.2 
 
 		 486 aa  88.6  4e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.444408  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  26.8 
 
 		 846 aa  88.2  4e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02064  type I restriction enzyme EcoKI M protein  25.54 
 
 		 514 aa  87.8  5e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4741  type I restriction-modification system, M subunit  27.56 
 
 		 489 aa  87.8  7e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3534  EcoEI R domain-containing protein  24.53 
 
 		 481 aa  87.4  9e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0122101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1254  N-6 DNA methylase  25.15 
 
 		 484 aa  86.7  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0713487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0353  N-6 DNA methylase  28.17 
 
 		 488 aa  86.7  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3396  type I restriction enzyme M protein  24.79 
 
 		 481 aa  85.9  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  26.69 
 
 		 1005 aa  86.3  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1724  type I restriction-modification system, M subunit  26.4 
 
 		 494 aa  86.3  0.000000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3269  type I restriction-modification system specificity subunit  25.31 
 
 		 498 aa  85.9  0.000000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.266741  normal  0.0966647 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1535  N-6 DNA methylase  25.77 
 
 		 486 aa  85.9  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3672  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  27.24 
 
 		 533 aa  85.9  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1436  N-6 DNA methylase  26.09 
 
 		 517 aa  86.3  0.000000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  27.11 
 
 		 834 aa  86.3  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6045  type I restriction-modification system subunit M  27.09 
 
 		 489 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0475301  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1992  N-6 DNA methylase  24.14 
 
 		 479 aa  85.1  0.000000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0409108  normal  0.188366 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0901  N-6 DNA methylase  25.37 
 
 		 478 aa  85.5  0.000000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.741705  normal  0.972786 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2095  N-6 DNA methylase  24.76 
 
 		 481 aa  85.1  0.000000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20220  N-6 DNA methylase  25.51 
 
 		 484 aa  84.7  0.000000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.644983  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3648  N-6 DNA methylase  23.15 
 
 		 529 aa  84.3  0.000000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1016  N-6 DNA methylase  25.78 
 
 		 485 aa  84.3  0.000000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2498  type I restriction-modification system, M subunit  27.02 
 
 		 488 aa  84.3  0.000000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.095428  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03611  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  26.79 
 
 		 548 aa  84.3  0.000000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2418  N-6 DNA methylase  27.36 
 
 		 493 aa  84.3  0.000000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0240611  normal  0.175475 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5277  N-6 DNA methylase  27.82 
 
 		 571 aa  84  0.000000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3600  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  23.57 
 
 		 530 aa  83.6  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2095  N-6 DNA methylase  26.91 
 
 		 506 aa  83.6  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.866989  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04215  DNA methylase M  24.48 
 
 		 529 aa  82  0.00000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04181  hypothetical protein  24.48 
 
 		 529 aa  82  0.00000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1564  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.46 
 
 		 1134 aa  81.6  0.00000000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0786  N-6 DNA methylase  26.37 
 
 		 710 aa  81.6  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.798778  normal  0.467887 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4931  type I restriction enzyme EcoKI M protein  24.93 
 
 		 529 aa  82  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0269  N-6 DNA methylase  24.47 
 
 		 519 aa  81.6  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.264877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1491  N-6 DNA methylase  24.56 
 
 		 495 aa  81.3  0.00000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.118965  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4188  N-6 DNA methylase  24.29 
 
 		 540 aa  81.3  0.00000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>