206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG0544 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG0544  type I restriction-modification system, M subunit, putative  100 
 
 		 648 aa  1343    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3247  N-6 DNA methylase  57.36 
 
 		 748 aa  708    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3600  N-6 DNA methylase  69.15 
 
 		 738 aa  966    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0689  DNA methylase-type I restriction-modification system  60.83 
 
 		 687 aa  836    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0921  N-6 DNA methylase  51.75 
 
 		 676 aa  629  1e-179  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20400  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  27.41 
 
 		 654 aa  219  1e-55  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0518055 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0324  N-6 DNA methylase  28.32 
 
 		 657 aa  218  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00528654  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1457  type I restriction-modification system, M subunit, putative  24.09 
 
 		 684 aa  169  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4188  N-6 DNA methylase  25 
 
 		 540 aa  108  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0823  N-6 DNA methylase  21.92 
 
 		 768 aa  107  5e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0181192  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3192  N-6 DNA methylase  26.56 
 
 		 605 aa  105  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0161  N-6 DNA methylase  24.78 
 
 		 508 aa  98.2  4e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.885199 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2027  N-6 DNA methylase  25.67 
 
 		 513 aa  96.7  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128967 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3200  N-6 DNA methylase  24.29 
 
 		 545 aa  96.3  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4713  N-6 DNA methylase  25.53 
 
 		 544 aa  95.5  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0950517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2725  N-6 DNA methylase  24.31 
 
 		 554 aa  95.1  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03611  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  23.93 
 
 		 548 aa  94.7  5e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2876  N-6 DNA methylase  27.42 
 
 		 544 aa  94.4  6e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4809  N-6 DNA methylase  25.65 
 
 		 544 aa  94.4  6e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.136314  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1501  N-6 DNA methylase  25.43 
 
 		 513 aa  92.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1454  N-6 DNA methylase  24.37 
 
 		 553 aa  92.8  2e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.330488  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1130  N-6 DNA methylase  23.6 
 
 		 553 aa  92.4  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  24.7 
 
 		 775 aa  89.4  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1036  N-6 DNA methylase  24.86 
 
 		 527 aa  89  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00552327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  23.74 
 
 		 1005 aa  89.4  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1092  N-6 DNA methylase  21.61 
 
 		 505 aa  88.6  3e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299691  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4241  N-6 DNA methylase  20.6 
 
 		 570 aa  87.8  5e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1436  N-6 DNA methylase  24.24 
 
 		 517 aa  88.2  5e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1169  N-6 DNA methylase  22.54 
 
 		 499 aa  86.7  0.000000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.337809  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1224  N-6 DNA methylase  25.97 
 
 		 796 aa  86.3  0.000000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.708606 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0199  N-6 DNA methylase  23.65 
 
 		 506 aa  86.3  0.000000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.471881  decreased coverage  0.000223426 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0805  N-6 DNA methylase  23.8 
 
 		 484 aa  85.5  0.000000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.614419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  24.13 
 
 		 834 aa  84.7  0.000000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2095  N-6 DNA methylase  23.41 
 
 		 506 aa  83.2  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.866989  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1145  N-6 DNA methylase  23.65 
 
 		 628 aa  80.5  0.00000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1525  type I restriction modification enzyme methylase subunit  20.74 
 
 		 579 aa  79  0.0000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0512  type I restriction modification system M subunit (site-specific DNA-methyltransferase subunit)  21.68 
 
 		 489 aa  78.6  0.0000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3644  type I restriction enzyme R protein N terminus (HSDR_N)/N-6 DNA methylase  22.56 
 
 		 866 aa  79  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.550519  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  24.61 
 
 		 846 aa  78.2  0.0000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0972  N-6 DNA methylase  23.53 
 
 		 911 aa  73.9  0.000000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.91965 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1724  type I restriction-modification system, M subunit  22.41 
 
 		 494 aa  73.6  0.00000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  23.68 
 
 		 499 aa  73.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1026  N-6 DNA methylase  22.47 
 
 		 549 aa  71.2  0.00000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2418  N-6 DNA methylase  22.9 
 
 		 493 aa  70.1  0.0000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0240611  normal  0.175475 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1059  N-6 DNA methylase  27.01 
 
 		 516 aa  68.2  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0610  restriction modification system DNA specificity subunit  32.73 
 
 		 730 aa  68.2  0.0000000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0898  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  28.1 
 
 		 504 aa  67.8  0.0000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000642099  hitchhiker  0.000000156294 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3541  N-6 DNA methylase  24.76 
 
 		 524 aa  67.8  0.0000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1564  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.09 
 
 		 1134 aa  67.4  0.0000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3226  N-6 DNA methylase  24.29 
 
 		 481 aa  66.6  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4455  N-6 DNA methylase  25.97 
 
 		 492 aa  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.435107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5290  N-6 DNA methylase  31.22 
 
 		 668 aa  66.2  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00180088  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1415  N-6 DNA methylase  23.01 
 
 		 477 aa  65.9  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0877265  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1235  N-6 DNA methylase  23.49 
 
 		 501 aa  65.9  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  22.56 
 
 		 822 aa  65.5  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0389  N-6 DNA methylase  21.2 
 
 		 818 aa  64.3  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000231606 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3534  EcoEI R domain-containing protein  23.97 
 
 		 481 aa  64.3  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0122101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  23.85 
 
 		 498 aa  63.9  0.000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  24.08 
 
 		 496 aa  63.9  0.000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4142  N-6 DNA methylase  22.32 
 
 		 503 aa  63.9  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4265  type I restriction-modification system, M subunit  37.5 
 
 		 537 aa  62.8  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2651  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  22.11 
 
 		 484 aa  62  0.00000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0553747  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0807  DNA-methyltransferase, type I restriction-modification enzyme subunit M  22.7 
 
 		 486 aa  62  0.00000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.444408  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0636  N-6 DNA methylase  24.1 
 
 		 545 aa  61.2  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0228  N-6 DNA methylase  23.03 
 
 		 484 aa  60.8  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0031  N-6 DNA methylase  36.36 
 
 		 539 aa  60.5  0.00000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.775177  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1218  N-6 DNA methylase  23.8 
 
 		 544 aa  60.8  0.00000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1096  N-6 DNA methylase  30.3 
 
 		 486 aa  60.1  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1577  type I restriction-modification system, M subunit  22.71 
 
 		 484 aa  60.1  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.947149  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3570  N-6 DNA methylase  22.7 
 
 		 484 aa  60.5  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.054861  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0613  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  23.1 
 
 		 484 aa  59.7  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1634  N-6 DNA methylase  22.55 
 
 		 495 aa  59.7  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.145722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2995  N-6 DNA methylase  32.67 
 
 		 707 aa  58.9  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00439445  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  23.74 
 
 		 568 aa  58.2  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  25.61 
 
 		 499 aa  58.2  0.0000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3181  N-6 DNA methylase  24.06 
 
 		 512 aa  58.2  0.0000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  24.14 
 
 		 523 aa  57.8  0.0000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0841  type I restriction-modification system, M subunit  30.7 
 
 		 484 aa  57.4  0.0000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  24.14 
 
 		 508 aa  57.4  0.0000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02064  type I restriction enzyme EcoKI M protein  28.21 
 
 		 514 aa  57.4  0.0000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1535  N-6 DNA methylase  22.44 
 
 		 486 aa  57.4  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0844  type I restriction enzyme EcoKI M protein  30.7 
 
 		 484 aa  56.6  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.14895e-23 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3396  type I restriction enzyme M protein  34.67 
 
 		 481 aa  56.6  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3672  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  34.09 
 
 		 533 aa  57  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  24.65 
 
 		 505 aa  56.6  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1992  N-6 DNA methylase  22.48 
 
 		 479 aa  56.6  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0409108  normal  0.188366 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2616  N-6 DNA methylase  42.86 
 
 		 492 aa  57  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0464512 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2413  N-6 DNA methylase  36.27 
 
 		 494 aa  57  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.228533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  35.64 
 
 		 499 aa  56.6  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04061  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  22.22 
 
 		 703 aa  55.8  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  22.72 
 
 		 495 aa  56.2  0.000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2961  N-6 DNA methylase  34.09 
 
 		 530 aa  55.8  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  24.69 
 
 		 574 aa  56.2  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3652  N-6 DNA methylase  32.95 
 
 		 489 aa  55.5  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.729594 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2925  N-6 DNA methylase  28.78 
 
 		 680 aa  55.1  0.000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  23.01 
 
 		 500 aa  55.1  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0036  type I restriction enzyme  22.69 
 
 		 510 aa  55.1  0.000004  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.27058  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  21.62 
 
 		 1343 aa  54.7  0.000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0734  N-6 DNA methylase  21.31 
 
 		 534 aa  54.3  0.000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.303269  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0353  N-6 DNA methylase  22.61 
 
 		 488 aa  53.9  0.000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>