240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1145 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1145  N-6 DNA methylase  100 
 
 		 628 aa  1286    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5290  N-6 DNA methylase  44.03 
 
 		 668 aa  402  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00180088  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3192  N-6 DNA methylase  30.04 
 
 		 605 aa  156  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1224  N-6 DNA methylase  26.19 
 
 		 796 aa  105  2e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.708606 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1457  type I restriction-modification system, M subunit, putative  26.76 
 
 		 684 aa  102  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0324  N-6 DNA methylase  27.72 
 
 		 657 aa  88.6  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00528654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20400  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  24.5 
 
 		 654 aa  86.7  0.000000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0518055 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0972  N-6 DNA methylase  24.5 
 
 		 911 aa  80.9  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.91965 
 
 
-
 
NC_002950  PG0544  type I restriction-modification system, M subunit, putative  23.72 
 
 		 648 aa  80.5  0.00000000000009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1130  N-6 DNA methylase  25.6 
 
 		 553 aa  78.2  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1454  N-6 DNA methylase  26.09 
 
 		 553 aa  77.8  0.0000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.330488  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3644  type I restriction enzyme R protein N terminus (HSDR_N)/N-6 DNA methylase  23.64 
 
 		 866 aa  78.2  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.550519  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1092  N-6 DNA methylase  23.5 
 
 		 505 aa  75.1  0.000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299691  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2095  N-6 DNA methylase  25.41 
 
 		 506 aa  73.6  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.866989  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2725  N-6 DNA methylase  24.46 
 
 		 554 aa  73.2  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  26.42 
 
 		 523 aa  71.2  0.00000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  26.16 
 
 		 1005 aa  71.2  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  26.42 
 
 		 508 aa  71.2  0.00000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3247  N-6 DNA methylase  22.74 
 
 		 748 aa  70.5  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4188  N-6 DNA methylase  25.41 
 
 		 540 aa  70.5  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1436  N-6 DNA methylase  23.59 
 
 		 517 aa  70.5  0.00000000009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0161  N-6 DNA methylase  23.9 
 
 		 508 aa  70.1  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.885199 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  29.3 
 
 		 775 aa  68.6  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1860  type I restriction-modification system, M subunit  24.33 
 
 		 518 aa  68.6  0.0000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.876278  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1895  type I restriction-modification system, M subunit  24.33 
 
 		 518 aa  68.6  0.0000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.646372  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0823  N-6 DNA methylase  24.92 
 
 		 768 aa  67.8  0.0000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0181192  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3600  N-6 DNA methylase  27.78 
 
 		 738 aa  67.4  0.0000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0466  type I restriction-modification system, M subunit  24.33 
 
 		 518 aa  67.4  0.0000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0454  type I restriction-modification system, M subunit  24.33 
 
 		 518 aa  67.4  0.0000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3354  type I restriction-modification system, M subunit  25.68 
 
 		 528 aa  67  0.0000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.501947  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4241  N-6 DNA methylase  23.11 
 
 		 570 aa  66.2  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2995  N-6 DNA methylase  25.52 
 
 		 707 aa  65.9  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00439445  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0857  N-6 DNA methylase  24.18 
 
 		 495 aa  66.2  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.015495  normal  0.121553 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3200  N-6 DNA methylase  22.73 
 
 		 545 aa  65.5  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0689  DNA methylase-type I restriction-modification system  30.94 
 
 		 687 aa  65.1  0.000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1169  N-6 DNA methylase  21.65 
 
 		 499 aa  65.1  0.000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.337809  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0512  type I restriction modification system M subunit (site-specific DNA-methyltransferase subunit)  20.93 
 
 		 489 aa  64.3  0.000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03611  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  25.14 
 
 		 548 aa  63.5  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  24.66 
 
 		 860 aa  63.5  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1564  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.56 
 
 		 1134 aa  63.5  0.00000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2472  type I restriction-modification system, M subunit  23.5 
 
 		 518 aa  62.4  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0275864  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0901  N-6 DNA methylase  23.73 
 
 		 478 aa  62.8  0.00000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.741705  normal  0.972786 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1724  type I restriction-modification system, M subunit  25.48 
 
 		 494 aa  62.4  0.00000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1133  N-6 DNA methylase  24.52 
 
 		 490 aa  62  0.00000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.813419  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  23.85 
 
 		 1343 aa  61.2  0.00000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  26.11 
 
 		 808 aa  60.8  0.00000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  24.86 
 
 		 822 aa  60.8  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0921  N-6 DNA methylase  31.62 
 
 		 676 aa  60.8  0.00000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4612  N-6 DNA methylase  25.32 
 
 		 489 aa  60.8  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000590691 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1525  type I restriction modification enzyme methylase subunit  22.31 
 
 		 579 aa  60.5  0.00000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6045  type I restriction-modification system subunit M  25.8 
 
 		 489 aa  60.5  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0475301  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4741  type I restriction-modification system, M subunit  25.08 
 
 		 489 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2478  N-6 DNA methylase  24.23 
 
 		 881 aa  60.1  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2925  N-6 DNA methylase  25.84 
 
 		 680 aa  59.7  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1036  N-6 DNA methylase  23.32 
 
 		 527 aa  58.9  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00552327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2095  N-6 DNA methylase  23.17 
 
 		 481 aa  59.7  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1843  type I restriction-modification system, M subunit  25.47 
 
 		 554 aa  59.3  0.0000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  23.97 
 
 		 633 aa  58.5  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4142  N-6 DNA methylase  23.84 
 
 		 503 aa  58.9  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  22.97 
 
 		 816 aa  58.5  0.0000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  27.9 
 
 		 834 aa  58.2  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4455  N-6 DNA methylase  22.68 
 
 		 492 aa  57.8  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.435107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0805  N-6 DNA methylase  23.42 
 
 		 484 aa  58.2  0.0000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.614419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0199  N-6 DNA methylase  21.15 
 
 		 506 aa  57.8  0.0000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.471881  decreased coverage  0.000223426 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  27.16 
 
 		 846 aa  57.8  0.0000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02073  type I restriction enzyme EcoEI M protein  24.76 
 
 		 489 aa  57.8  0.0000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0610  restriction modification system DNA specificity subunit  23.1 
 
 		 730 aa  57.8  0.0000007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2027  N-6 DNA methylase  25.22 
 
 		 513 aa  57.4  0.0000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128967 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1031  N-6 DNA methylase  22.74 
 
 		 477 aa  57.4  0.0000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.11238  normal  0.336468 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4713  N-6 DNA methylase  24.32 
 
 		 544 aa  57.4  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0950517  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0925  type I restriction-modification system, M subunit  22.74 
 
 		 535 aa  57  0.0000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000528021  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0869  N-6 DNA methylase  21.53 
 
 		 510 aa  56.6  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3269  type I restriction-modification system specificity subunit  29.57 
 
 		 498 aa  56.6  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.266741  normal  0.0966647 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  23.85 
 
 		 526 aa  56.6  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0084  N-6 DNA methylase  23.94 
 
 		 495 aa  57  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4809  N-6 DNA methylase  24.32 
 
 		 544 aa  57  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.136314  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1201  N-6 DNA methylase  23.81 
 
 		 499 aa  56.2  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.721125  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0450  type I restriction-modification system, M subunit  23.53 
 
 		 537 aa  56.2  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00003054 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2003  type I restriction-modification system, M subunit  23.8 
 
 		 537 aa  56.2  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0750  type I restriction-modification system, M subunit  24.32 
 
 		 544 aa  56.2  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2372  type I restriction-modification system, M subunit  23.8 
 
 		 537 aa  56.2  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.728855  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2087  N-6 DNA methylase  30.19 
 
 		 509 aa  56.2  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000122296 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  24.05 
 
 		 585 aa  55.8  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3672  type I restriction-modification system, M subunit  24.24 
 
 		 910 aa  55.5  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1085  type I restriction-modification system, M subunit  23.71 
 
 		 547 aa  55.5  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.103049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3269  N-6 DNA methylase  30.22 
 
 		 630 aa  55.5  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000126055  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4162  type I restriction-modification system, M subunit  23.78 
 
 		 874 aa  55.5  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.235487 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4265  type I restriction-modification system, M subunit  23.82 
 
 		 537 aa  55.1  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  23.21 
 
 		 527 aa  55.1  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1491  N-6 DNA methylase  27.03 
 
 		 495 aa  55.1  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.118965  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4082  type I restriction-modification system, M subunit  23.94 
 
 		 863 aa  55.1  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  29.78 
 
 		 496 aa  54.7  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0161  type I restriction-modification system, M subunit  24.87 
 
 		 506 aa  54.3  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1359  N-6 DNA methylase  23.94 
 
 		 529 aa  54.7  0.000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.315285 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  22.89 
 
 		 568 aa  54.3  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5860  type I restriction-modification system, M subunit  23.91 
 
 		 493 aa  54.3  0.000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.822857 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0606  type I restriction-modification system subunit M  25.89 
 
 		 523 aa  54.3  0.000007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3226  N-6 DNA methylase  23 
 
 		 481 aa  54.3  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2550  type I restriction-modification system, M subunit  23.45 
 
 		 527 aa  53.9  0.000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.19461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  22.75 
 
 		 495 aa  53.9  0.000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>