277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3269 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3269  N-6 DNA methylase  100 
 
 		 630 aa  1304    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000126055  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0430  restriction enzyme, alpha subunit  33.33 
 
 		 656 aa  312  2e-83  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.727595  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20250  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  33.6 
 
 		 650 aa  199  1.0000000000000001e-49  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.174498  normal  0.244948 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0537  N-6 DNA methylase  29.5 
 
 		 669 aa  197  3e-49  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0004  N-6 DNA methylase  34.58 
 
 		 710 aa  153  7e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.702722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1259  N-6 DNA methylase  26.85 
 
 		 490 aa  90.9  6e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.624489  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1169  N-6 DNA methylase  27.04 
 
 		 499 aa  89.4  2e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.337809  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0199  N-6 DNA methylase  22.38 
 
 		 506 aa  86.3  0.000000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.471881  decreased coverage  0.000223426 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4455  N-6 DNA methylase  24.55 
 
 		 492 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.435107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1036  N-6 DNA methylase  25.81 
 
 		 527 aa  82  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00552327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2413  N-6 DNA methylase  23.94 
 
 		 494 aa  81.6  0.00000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.228533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1282  N-6 DNA methylase  25.56 
 
 		 481 aa  81.6  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  25.15 
 
 		 1005 aa  80.5  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05613  type I restriction-modification system specificity subunit  26.03 
 
 		 873 aa  79.3  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  26.18 
 
 		 891 aa  79.3  0.0000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1130  N-6 DNA methylase  24.65 
 
 		 553 aa  79.3  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3772  N-6 DNA methylase  21.79 
 
 		 429 aa  78.6  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3600  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  22.92 
 
 		 530 aa  78.6  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3845  N-6 DNA methylase  21.79 
 
 		 429 aa  78.6  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1415  N-6 DNA methylase  24.92 
 
 		 477 aa  78.2  0.0000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0877265  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4241  N-6 DNA methylase  24.79 
 
 		 570 aa  78.6  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3200  N-6 DNA methylase  25.54 
 
 		 545 aa  77.8  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2725  N-6 DNA methylase  23.85 
 
 		 554 aa  77.8  0.0000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  23.9 
 
 		 814 aa  77.4  0.0000000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0161  N-6 DNA methylase  26.97 
 
 		 508 aa  77.4  0.0000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.885199 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1454  N-6 DNA methylase  25.16 
 
 		 553 aa  77.4  0.0000000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.330488  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1436  N-6 DNA methylase  26.87 
 
 		 517 aa  77.4  0.0000000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4809  N-6 DNA methylase  22.76 
 
 		 544 aa  77.4  0.0000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.136314  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4713  N-6 DNA methylase  22.76 
 
 		 544 aa  77  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0950517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4188  N-6 DNA methylase  24.91 
 
 		 540 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2008  Sec-independent protein translocase protein TatC  26.78 
 
 		 489 aa  76.6  0.000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2498  type I restriction-modification system, M subunit  25.45 
 
 		 488 aa  76.3  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.095428  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2876  N-6 DNA methylase  23.13 
 
 		 544 aa  76.3  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0805  N-6 DNA methylase  23.58 
 
 		 484 aa  75.9  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.614419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1133  N-6 DNA methylase  24.7 
 
 		 490 aa  75.9  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.813419  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  24.26 
 
 		 815 aa  75.9  0.000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0512  type I restriction modification system M subunit (site-specific DNA-methyltransferase subunit)  25.84 
 
 		 489 aa  75.5  0.000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20220  N-6 DNA methylase  29.34 
 
 		 484 aa  75.1  0.000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.644983  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2746  type I restriction-modification system, M subunit  25 
 
 		 480 aa  75.1  0.000000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.453882  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4265  type I restriction-modification system, M subunit  24.58 
 
 		 537 aa  75.1  0.000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0786  N-6 DNA methylase  25.56 
 
 		 710 aa  75.1  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.798778  normal  0.467887 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  26.28 
 
 		 775 aa  73.9  0.000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5277  N-6 DNA methylase  25.53 
 
 		 571 aa  73.2  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4741  type I restriction-modification system, M subunit  25 
 
 		 489 aa  72.8  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1724  type I restriction-modification system, M subunit  24.69 
 
 		 494 aa  72.8  0.00000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  26.56 
 
 		 860 aa  72.8  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3226  N-6 DNA methylase  24.91 
 
 		 481 aa  72.8  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6045  type I restriction-modification system subunit M  27.11 
 
 		 489 aa  72.8  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0475301  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4612  N-6 DNA methylase  26.3 
 
 		 489 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000590691 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2616  N-6 DNA methylase  24.92 
 
 		 492 aa  72.8  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0464512 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02073  type I restriction enzyme EcoEI M protein  26.47 
 
 		 489 aa  72  0.00000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2027  N-6 DNA methylase  22.35 
 
 		 513 aa  71.6  0.00000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128967 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0353  N-6 DNA methylase  25.83 
 
 		 488 aa  71.2  0.00000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3534  EcoEI R domain-containing protein  23.7 
 
 		 481 aa  70.9  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0122101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1096  N-6 DNA methylase  23.14 
 
 		 486 aa  70.5  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  26.38 
 
 		 846 aa  70.1  0.0000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3269  type I restriction-modification system specificity subunit  22.92 
 
 		 498 aa  68.9  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.266741  normal  0.0966647 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2095  N-6 DNA methylase  24.81 
 
 		 506 aa  69.7  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.866989  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0898  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  25.77 
 
 		 504 aa  69.3  0.0000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000642099  hitchhiker  0.000000156294 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0857  N-6 DNA methylase  23.4 
 
 		 495 aa  69.3  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.015495  normal  0.121553 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1501  N-6 DNA methylase  26.19 
 
 		 513 aa  68.6  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3192  N-6 DNA methylase  26.3 
 
 		 605 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3541  N-6 DNA methylase  26.75 
 
 		 524 aa  68.9  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0823  N-6 DNA methylase  27.67 
 
 		 493 aa  68.6  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4262  type I restriction-modification system, M subunit  24.5 
 
 		 527 aa  67.8  0.0000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  24.66 
 
 		 816 aa  68.2  0.0000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1310  N-6 DNA methylase  23.86 
 
 		 489 aa  68.2  0.0000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0031  N-6 DNA methylase  24.08 
 
 		 539 aa  68.2  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.775177  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1092  N-6 DNA methylase  22.44 
 
 		 505 aa  68.2  0.0000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299691  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  22.96 
 
 		 501 aa  67.8  0.0000000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1254  N-6 DNA methylase  23.62 
 
 		 484 aa  67.4  0.0000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0713487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3517  N-6 DNA methylase  23.36 
 
 		 486 aa  67.4  0.0000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3088  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  24.79 
 
 		 502 aa  67.4  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.143322  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2087  N-6 DNA methylase  24.03 
 
 		 509 aa  67.4  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000122296 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3672  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  23.47 
 
 		 533 aa  67.4  0.0000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  24.05 
 
 		 504 aa  67.4  0.0000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3652  N-6 DNA methylase  22.75 
 
 		 489 aa  67.4  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.729594 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0161  type I restriction-modification system, M subunit  24.62 
 
 		 506 aa  67.4  0.0000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  24.06 
 
 		 526 aa  66.6  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3271  putative RNA methylase  25.79 
 
 		 479 aa  67  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11081  normal  0.0311183 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  24.54 
 
 		 495 aa  66.6  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04215  DNA methylase M  22.63 
 
 		 529 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4931  type I restriction enzyme EcoKI M protein  23.41 
 
 		 529 aa  65.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4760  type I restriction-modification system DNA methylase  22.35 
 
 		 659 aa  65.9  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.362482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1026  N-6 DNA methylase  23.38 
 
 		 549 aa  65.9  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0734  N-6 DNA methylase  22.66 
 
 		 534 aa  65.9  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.303269  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5860  type I restriction-modification system, M subunit  25.64 
 
 		 493 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.822857 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04181  hypothetical protein  22.63 
 
 		 529 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  23.37 
 
 		 505 aa  65.5  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  22.95 
 
 		 498 aa  65.5  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  22.98 
 
 		 834 aa  65.1  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1525  type I restriction modification enzyme methylase subunit  23.17 
 
 		 579 aa  64.7  0.000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5275  N-6 DNA methylase  23.14 
 
 		 623 aa  64.3  0.000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0684  type I restriction-modification system, M subunit  26.61 
 
 		 489 aa  64.3  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02064  type I restriction enzyme EcoKI M protein  23.75 
 
 		 514 aa  64.7  0.000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0833  N-6 DNA methylase  26.61 
 
 		 489 aa  64.3  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.564652 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0736  N-6 DNA methylase  23.61 
 
 		 725 aa  63.9  0.000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0698793  normal  0.0155301 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  24.62 
 
 		 808 aa  63.9  0.000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  24.66 
 
 		 505 aa  63.2  0.00000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2095  N-6 DNA methylase  24.62 
 
 		 481 aa  63.5  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>