More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_3429 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  66.94 
 
 		 500 aa  678    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  66.73 
 
 		 496 aa  687    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  93.12 
 
 		 504 aa  968    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  66.47 
 
 		 498 aa  681    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  100 
 
 		 505 aa  1050    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  67.14 
 
 		 498 aa  690    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  57.92 
 
 		 499 aa  587  1e-166  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  58.07 
 
 		 499 aa  572  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3427  type I restriction-modification system methylation subunit-like  53.06 
 
 		 504 aa  520  1e-146  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2925  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  52.46 
 
 		 708 aa  511  1e-143  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3609  N-6 DNA methylase  54.79 
 
 		 508 aa  503  1e-141  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3154  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  54.59 
 
 		 508 aa  501  1e-141  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3176  N-6 DNA methylase  55.46 
 
 		 503 aa  499  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00238415  unclonable  0.0000000000000309055 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0849  N-6 DNA methylase  55.03 
 
 		 492 aa  494  9.999999999999999e-139  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3984  N-6 DNA methylase  50.21 
 
 		 505 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4820  N-6 DNA methylase  50.54 
 
 		 496 aa  451  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  48.13 
 
 		 633 aa  424  1e-117  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  42.8 
 
 		 495 aa  408  1.0000000000000001e-112  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  43.15 
 
 		 568 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  45.73 
 
 		 587 aa  387  1e-106  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  44.92 
 
 		 574 aa  383  1e-105  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  41.2 
 
 		 495 aa  382  1e-105  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  43.29 
 
 		 574 aa  385  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  42.98 
 
 		 505 aa  380  1e-104  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  44.02 
 
 		 574 aa  379  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  41.6 
 
 		 508 aa  373  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  41.43 
 
 		 523 aa  374  1e-102  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  45.25 
 
 		 585 aa  367  1e-100  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  41.09 
 
 		 494 aa  357  3.9999999999999996e-97  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0161  type I restriction-modification system, M subunit  40.89 
 
 		 506 aa  355  7.999999999999999e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  41.34 
 
 		 526 aa  354  2e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  43.5 
 
 		 808 aa  347  3e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  37.47 
 
 		 501 aa  342  1e-92  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  40.89 
 
 		 499 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1672  N-6 DNA methylase  39.65 
 
 		 516 aa  339  7e-92  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.179457  hitchhiker  0.001187 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2348  type I restriction-modification system, M subunit  40.34 
 
 		 505 aa  338  1.9999999999999998e-91  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.427504  hitchhiker  0.00993981 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  43.95 
 
 		 816 aa  337  2.9999999999999997e-91  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  40.82 
 
 		 822 aa  335  1e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  39.85 
 
 		 527 aa  333  6e-90  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  39.67 
 
 		 815 aa  331  2e-89  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  42.55 
 
 		 860 aa  330  3e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1211  N-6 DNA methylase  38.4 
 
 		 522 aa  329  7e-89  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2550  type I restriction-modification system, M subunit  36.47 
 
 		 527 aa  329  8e-89  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.19461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1896  N-6 DNA methylase  38.63 
 
 		 511 aa  328  2.0000000000000001e-88  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.836046  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  39.66 
 
 		 814 aa  327  3e-88  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1888  type I restriction-modification system, M subunit  37.89 
 
 		 526 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4043  N-6 DNA methylase  41.39 
 
 		 824 aa  314  2.9999999999999996e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1097  N-6 DNA methylase  37.6 
 
 		 513 aa  312  7.999999999999999e-84  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.34986 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0606  type I restriction-modification system subunit M  36.47 
 
 		 523 aa  312  9e-84  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0103  N-6 DNA methylase  38.59 
 
 		 493 aa  312  1e-83  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4262  type I restriction-modification system, M subunit  36.87 
 
 		 527 aa  310  2.9999999999999997e-83  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2691  N-6 DNA methylase  37.08 
 
 		 523 aa  309  9e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05613  type I restriction-modification system specificity subunit  40.09 
 
 		 873 aa  305  2.0000000000000002e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  37.82 
 
 		 891 aa  302  1e-80  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  39.17 
 
 		 908 aa  301  2e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0454  type I restriction-modification system, M subunit  36.99 
 
 		 518 aa  297  4e-79  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0466  type I restriction-modification system, M subunit  36.99 
 
 		 518 aa  297  4e-79  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1895  type I restriction-modification system, M subunit  36.99 
 
 		 518 aa  296  7e-79  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.646372  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1860  type I restriction-modification system, M subunit  36.99 
 
 		 518 aa  296  7e-79  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.876278  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  38.32 
 
 		 799 aa  286  7e-76  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2472  type I restriction-modification system, M subunit  35.82 
 
 		 518 aa  283  6.000000000000001e-75  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0275864  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3354  type I restriction-modification system, M subunit  34.46 
 
 		 528 aa  280  4e-74  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.501947  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1159  N-6 DNA methylase  36.71 
 
 		 516 aa  278  2e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000301602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0952  type I restriction-modification system, M subunit  35.84 
 
 		 809 aa  276  6e-73  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000609916 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0286  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  36.91 
 
 		 497 aa  276  8e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2273  N-6 DNA methylase  35.67 
 
 		 522 aa  274  2.0000000000000002e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.443565  hitchhiker  0.00000125043 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2210  N-6 DNA methylase  35.67 
 
 		 522 aa  274  3e-72  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  35.36 
 
 		 810 aa  273  6e-72  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1843  type I restriction-modification system, M subunit  40.96 
 
 		 554 aa  271  2e-71  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1220  type I restriction-modification system, M subunit  34.55 
 
 		 540 aa  268  2e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.107175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2925  N-6 DNA methylase  35.27 
 
 		 680 aa  266  7e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0369  type I restriction-modification system, M subunit  33.4 
 
 		 871 aa  265  1e-69  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1644  N-6 DNA methylase  36.05 
 
 		 498 aa  264  2e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0826  type I restriction-modification system, M subunit  36.1 
 
 		 520 aa  262  8.999999999999999e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.580356  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0964  N-6 DNA methylase  36.1 
 
 		 520 aa  262  8.999999999999999e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.311438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1779  type I restriction-modification system specificity subunit  36.15 
 
 		 799 aa  262  1e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0450  type I restriction-modification system, M subunit  34.39 
 
 		 537 aa  259  7e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00003054 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0251  type I restriction-modification system, M subunit  35.01 
 
 		 808 aa  259  7e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0306  N-6 DNA methylase  34 
 
 		 547 aa  258  2e-67  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0895835 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0129  type I restriction-modification system, M subunit  32.2 
 
 		 537 aa  258  3e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2672  N-6 DNA methylase  36.66 
 
 		 814 aa  257  4e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.29252  normal  0.213379 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3080  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  32.79 
 
 		 549 aa  257  4e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.801077 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2193  type I restriction-modification system, M subunit  33.27 
 
 		 847 aa  256  8e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184981  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2853  N-6 DNA methylase  34.57 
 
 		 810 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0991376 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0333  N-6 DNA methylase  33.09 
 
 		 547 aa  253  6e-66  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.175232 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0750  type I restriction-modification system, M subunit  34.42 
 
 		 544 aa  252  1e-65  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2372  type I restriction-modification system, M subunit  34.09 
 
 		 537 aa  251  2e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.728855  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2003  type I restriction-modification system, M subunit  34.09 
 
 		 537 aa  251  2e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0427  type I restriction-modification system, M subunit  35.15 
 
 		 827 aa  251  2e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2725  type I restriction-modification system, M subunit  34 
 
 		 525 aa  251  2e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2453  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  33.02 
 
 		 538 aa  250  4e-65  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.53896  normal  0.845275 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3546  type I restriction-modification system, M subunit  34.23 
 
 		 535 aa  249  8e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2908  N-6 DNA methylase  35.01 
 
 		 523 aa  249  8e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0034  N-6 DNA methylase  34.01 
 
 		 544 aa  245  9.999999999999999e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966218 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  33.98 
 
 		 814 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3954  type I restriction-modification system, M subunit  34.47 
 
 		 525 aa  244  3.9999999999999997e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0925  type I restriction-modification system, M subunit  32.33 
 
 		 535 aa  243  3.9999999999999997e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000528021  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7556  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  32.78 
 
 		 544 aa  243  5e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0439  Type I restriction-modification system M subunit  33.01 
 
 		 534 aa  242  1e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00153392  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17670  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  32.22 
 
 		 503 aa  242  1e-62  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>