More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP2472 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002976  SERP2472  type I restriction-modification system, M subunit  100 
 
 
518 aa  1067    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0275864  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1895  type I restriction-modification system, M subunit  76.36 
 
 
518 aa  816    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.646372  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0466  type I restriction-modification system, M subunit  76.55 
 
 
518 aa  817    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1860  type I restriction-modification system, M subunit  76.36 
 
 
518 aa  816    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.876278  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0454  type I restriction-modification system, M subunit  76.55 
 
 
518 aa  817    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1843  type I restriction-modification system, M subunit  56.57 
 
 
554 aa  629  1e-179  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3354  type I restriction-modification system, M subunit  58.7 
 
 
528 aa  627  1e-178  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.501947  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3954  type I restriction-modification system, M subunit  47.7 
 
 
525 aa  451  1e-125  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2725  type I restriction-modification system, M subunit  48.84 
 
 
525 aa  448  1.0000000000000001e-124  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0753  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  47.65 
 
 
534 aa  445  1.0000000000000001e-124  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1220  type I restriction-modification system, M subunit  44.73 
 
 
540 aa  424  1e-117  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.107175  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3546  type I restriction-modification system, M subunit  44.22 
 
 
535 aa  416  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831972  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0439  Type I restriction-modification system M subunit  45.54 
 
 
534 aa  417  9.999999999999999e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00153392  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2003  type I restriction-modification system, M subunit  45.14 
 
 
537 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2372  type I restriction-modification system, M subunit  45.14 
 
 
537 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.728855  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0079  type I restriction-modification system, M subunit  43.71 
 
 
520 aa  414  1e-114  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0450  type I restriction-modification system, M subunit  44.06 
 
 
537 aa  409  1e-113  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00003054 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0750  type I restriction-modification system, M subunit  44.73 
 
 
544 aa  409  1e-113  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0129  type I restriction-modification system, M subunit  43.62 
 
 
537 aa  409  1e-113  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1085  type I restriction-modification system, M subunit  43.12 
 
 
547 aa  406  1.0000000000000001e-112  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.103049  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2421  type I restriction-modification system, M subunit  42.42 
 
 
526 aa  402  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.636498  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1412  type I restriction-modification system, M subunit  42.02 
 
 
517 aa  404  1e-111  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.446719  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0925  type I restriction-modification system, M subunit  43.53 
 
 
535 aa  404  1e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000528021  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1499  type I restriction-modification system, M subunit  42.99 
 
 
521 aa  402  1e-111  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.1762  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1545  type I restriction-modification system, M subunit  42.15 
 
 
522 aa  405  1e-111  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.648114  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1953  type I restriction-modification system, M subunit  42.63 
 
 
523 aa  403  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.710513  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0821  type I restriction-modification system, M subunit  41.41 
 
 
515 aa  405  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1215  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  50.44 
 
 
462 aa  399  9.999999999999999e-111  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2253  type I restriction-modification system, M subunit  41.02 
 
 
523 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.475184  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  44.25 
 
 
494 aa  401  9.999999999999999e-111  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3470  type I restriction-modification system, M subunit  41.09 
 
 
523 aa  398  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  44.93 
 
 
495 aa  396  1e-109  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3715  type I restriction-modification system, M subunit  43.69 
 
 
547 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1104  type I restriction-modification system, M subunit  42.17 
 
 
519 aa  397  1e-109  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3056  type I restriction-modification system, M subunit  40.12 
 
 
515 aa  391  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.994596  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2619  type I restriction-modification system, M subunit  41.37 
 
 
584 aa  391  1e-107  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2182  type I restriction-modification system, M subunit  40.65 
 
 
527 aa  385  1e-106  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1850  type I restriction-modification system, M subunit  42.34 
 
 
489 aa  386  1e-106  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2274  type I restriction-modification system DNA methylase  41.06 
 
 
527 aa  384  1e-105  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0505  type I restriction-modification system, M subunit  40.12 
 
 
524 aa  382  1e-104  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  41.7 
 
 
501 aa  378  1e-103  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4393  type I restriction-modification system, M subunit  40.68 
 
 
515 aa  365  1e-99  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4262  type I restriction-modification system, M subunit  40.75 
 
 
527 aa  360  2e-98  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  40.68 
 
 
526 aa  359  8e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4082  type I restriction-modification system, M subunit  42.69 
 
 
863 aa  354  2e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  40.69 
 
 
499 aa  350  3e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3672  type I restriction-modification system, M subunit  41.88 
 
 
910 aa  349  7e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3536  type I restriction-modification system, M subunit  42.48 
 
 
863 aa  348  9e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1888  type I restriction-modification system, M subunit  40.19 
 
 
526 aa  347  4e-94  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2348  type I restriction-modification system, M subunit  40.07 
 
 
505 aa  346  5e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.427504  hitchhiker  0.00993981 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1959  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  41.72 
 
 
855 aa  345  8.999999999999999e-94  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0161  type I restriction-modification system, M subunit  40.26 
 
 
506 aa  345  1e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4458  type I restriction-modification system, M subunit  41.28 
 
 
863 aa  343  4e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4162  type I restriction-modification system, M subunit  41.4 
 
 
874 aa  343  4e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.235487 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1915  type I restriction-modification system, M subunit  40.59 
 
 
853 aa  341  2e-92  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.93858  hitchhiker  0.00587021 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01115  type I restriction-modification system, methyltransferase subunit  40.71 
 
 
862 aa  337  2.9999999999999997e-91  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03120  type I restriction system adenine methylase HsdM  40.4 
 
 
856 aa  325  1e-87  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0118515  hitchhiker  7.147270000000001e-18 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  37.93 
 
 
633 aa  318  2e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2550  type I restriction-modification system, M subunit  38.12 
 
 
527 aa  313  4.999999999999999e-84  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.19461  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  37.27 
 
 
505 aa  303  4.0000000000000003e-81  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  35.15 
 
 
523 aa  303  4.0000000000000003e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  34.96 
 
 
508 aa  301  2e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  37.48 
 
 
495 aa  293  4e-78  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0427  type I restriction-modification system, M subunit  37.85 
 
 
827 aa  288  1e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  37.4 
 
 
814 aa  285  1.0000000000000001e-75  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  38.04 
 
 
814 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0251  type I restriction-modification system, M subunit  38.83 
 
 
808 aa  283  4.0000000000000003e-75  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  35.82 
 
 
505 aa  283  6.000000000000001e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  38.43 
 
 
799 aa  283  7.000000000000001e-75  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0952  type I restriction-modification system, M subunit  37.32 
 
 
809 aa  283  7.000000000000001e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.0000609916 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  34.77 
 
 
504 aa  282  8.000000000000001e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  33.94 
 
 
568 aa  280  3e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2853  N-6 DNA methylase  36.66 
 
 
810 aa  280  4e-74  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0991376 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  35.92 
 
 
499 aa  279  1e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2193  type I restriction-modification system, M subunit  35.84 
 
 
847 aa  278  2e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184981  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  37.09 
 
 
810 aa  276  4e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  36.71 
 
 
574 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  36.67 
 
 
815 aa  274  3e-72  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  35.56 
 
 
498 aa  272  1e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  38.34 
 
 
574 aa  272  1e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  36.38 
 
 
808 aa  271  2e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  37.65 
 
 
574 aa  271  2e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  34.72 
 
 
822 aa  271  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  35.47 
 
 
908 aa  270  4e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  37.23 
 
 
587 aa  270  4e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  35.85 
 
 
499 aa  270  5.9999999999999995e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0369  type I restriction-modification system, M subunit  35.46 
 
 
871 aa  268  1e-70  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  36.88 
 
 
498 aa  265  1e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  35.5 
 
 
500 aa  265  2e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1779  type I restriction-modification system specificity subunit  36.16 
 
 
799 aa  265  2e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  37.01 
 
 
891 aa  263  6e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4043  N-6 DNA methylase  36.51 
 
 
824 aa  261  3e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2672  N-6 DNA methylase  36.95 
 
 
814 aa  260  5.0000000000000005e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.29252  normal  0.213379 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0606  type I restriction-modification system subunit M  33.39 
 
 
523 aa  256  8e-67  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05613  type I restriction-modification system specificity subunit  35.69 
 
 
873 aa  253  8.000000000000001e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  35.68 
 
 
860 aa  251  2e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  35.73 
 
 
816 aa  251  2e-65  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  35.58 
 
 
585 aa  247  3e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  33.89 
 
 
496 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1672  N-6 DNA methylase  33.58 
 
 
516 aa  244  3e-63  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.179457  hitchhiker  0.001187 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>