More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_4082 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_3672  type I restriction-modification system, M subunit  93.28 
 
 		 910 aa  1668    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4082  type I restriction-modification system, M subunit  100 
 
 		 863 aa  1779    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01115  type I restriction-modification system, methyltransferase subunit  74.51 
 
 		 862 aa  1347    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1915  type I restriction-modification system, M subunit  58.37 
 
 		 853 aa  1047    Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.93858  hitchhiker  0.00587021 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1959  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  55.31 
 
 		 855 aa  968    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03120  type I restriction system adenine methylase HsdM  55.36 
 
 		 856 aa  967    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0118515  hitchhiker  7.147270000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4458  type I restriction-modification system, M subunit  82.04 
 
 		 863 aa  1457    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4162  type I restriction-modification system, M subunit  84.52 
 
 		 874 aa  1507    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.235487 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3536  type I restriction-modification system, M subunit  92.93 
 
 		 863 aa  1663    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3954  type I restriction-modification system, M subunit  43.75 
 
 		 525 aa  397  1e-109  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2725  type I restriction-modification system, M subunit  44.24 
 
 		 525 aa  392  1e-107  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0753  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  40.33 
 
 		 534 aa  369  1e-100  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0952  type I restriction-modification system, M subunit  30.17 
 
 		 809 aa  366  1e-99  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000609916 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1215  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  43.45 
 
 		 462 aa  356  1e-96  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2472  type I restriction-modification system, M subunit  42.69 
 
 		 518 aa  353  5.9999999999999994e-96  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0275864  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0454  type I restriction-modification system, M subunit  40.8 
 
 		 518 aa  352  1e-95  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0466  type I restriction-modification system, M subunit  40.8 
 
 		 518 aa  352  1e-95  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1860  type I restriction-modification system, M subunit  40.99 
 
 		 518 aa  350  5e-95  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.876278  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1895  type I restriction-modification system, M subunit  40.99 
 
 		 518 aa  350  5e-95  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.646372  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0251  type I restriction-modification system, M subunit  30.09 
 
 		 808 aa  346  8e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1843  type I restriction-modification system, M subunit  38.03 
 
 		 554 aa  344  5e-93  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3354  type I restriction-modification system, M subunit  39.53 
 
 		 528 aa  341  2.9999999999999998e-92  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.501947  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2672  N-6 DNA methylase  30.14 
 
 		 814 aa  339  9.999999999999999e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.29252  normal  0.213379 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  29.18 
 
 		 814 aa  339  9.999999999999999e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3546  type I restriction-modification system, M subunit  37.2 
 
 		 535 aa  338  2.9999999999999997e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2853  N-6 DNA methylase  30.15 
 
 		 810 aa  337  5e-91  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0991376 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1779  type I restriction-modification system specificity subunit  30.18 
 
 		 799 aa  335  2e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0427  type I restriction-modification system, M subunit  29.98 
 
 		 827 aa  334  4e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  29.6 
 
 		 810 aa  333  1e-89  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0439  Type I restriction-modification system M subunit  36.53 
 
 		 534 aa  330  7e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00153392  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2193  type I restriction-modification system, M subunit  28.49 
 
 		 847 aa  330  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184981  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1220  type I restriction-modification system, M subunit  36.13 
 
 		 540 aa  329  2.0000000000000001e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.107175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0750  type I restriction-modification system, M subunit  36.09 
 
 		 544 aa  327  7e-88  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0925  type I restriction-modification system, M subunit  36.06 
 
 		 535 aa  325  2e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000528021  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  31.67 
 
 		 799 aa  325  3e-87  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0450  type I restriction-modification system, M subunit  35.43 
 
 		 537 aa  322  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00003054 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1085  type I restriction-modification system, M subunit  35.62 
 
 		 547 aa  321  3.9999999999999996e-86  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.103049  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0369  type I restriction-modification system, M subunit  26.8 
 
 		 871 aa  319  2e-85  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0129  type I restriction-modification system, M subunit  35.12 
 
 		 537 aa  313  1e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3715  type I restriction-modification system, M subunit  35.38 
 
 		 547 aa  309  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2372  type I restriction-modification system, M subunit  34.84 
 
 		 537 aa  310  1.0000000000000001e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.728855  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2003  type I restriction-modification system, M subunit  34.84 
 
 		 537 aa  310  1.0000000000000001e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  29.42 
 
 		 814 aa  298  2e-79  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2274  type I restriction-modification system DNA methylase  34.91 
 
 		 527 aa  293  8e-78  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0079  type I restriction-modification system, M subunit  35.86 
 
 		 520 aa  292  2e-77  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2421  type I restriction-modification system, M subunit  35.25 
 
 		 526 aa  291  4e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.636498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2182  type I restriction-modification system, M subunit  34.71 
 
 		 527 aa  291  5.0000000000000004e-77  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2619  type I restriction-modification system, M subunit  33.27 
 
 		 584 aa  291  5.0000000000000004e-77  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1104  type I restriction-modification system, M subunit  35.06 
 
 		 519 aa  289  1e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  28.21 
 
 		 815 aa  289  2e-76  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  28.61 
 
 		 891 aa  287  5e-76  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  35.27 
 
 		 501 aa  284  5.000000000000001e-75  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1545  type I restriction-modification system, M subunit  34.26 
 
 		 522 aa  284  6.000000000000001e-75  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.648114  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  35.66 
 
 		 494 aa  282  2e-74  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  37.04 
 
 		 526 aa  280  7e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0505  type I restriction-modification system, M subunit  33.47 
 
 		 524 aa  278  3e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  35.77 
 
 		 495 aa  278  3e-73  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  29.22 
 
 		 816 aa  278  3e-73  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1953  type I restriction-modification system, M subunit  34 
 
 		 523 aa  277  5e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.710513  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  33.39 
 
 		 574 aa  278  5e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0161  type I restriction-modification system, M subunit  36.56 
 
 		 506 aa  276  1.0000000000000001e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3470  type I restriction-modification system, M subunit  34.41 
 
 		 523 aa  275  3e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05613  type I restriction-modification system specificity subunit  28.26 
 
 		 873 aa  271  2.9999999999999997e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1412  type I restriction-modification system, M subunit  33 
 
 		 517 aa  271  2.9999999999999997e-71  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.446719  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  32.63 
 
 		 574 aa  271  4e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  29.16 
 
 		 908 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2253  type I restriction-modification system, M subunit  33.73 
 
 		 523 aa  270  7e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.475184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  35.14 
 
 		 505 aa  270  1e-70  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  33.72 
 
 		 574 aa  269  2e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0821  type I restriction-modification system, M subunit  34.34 
 
 		 515 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4262  type I restriction-modification system, M subunit  35.16 
 
 		 527 aa  267  5.999999999999999e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  33.72 
 
 		 587 aa  266  2e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3056  type I restriction-modification system, M subunit  33.13 
 
 		 515 aa  264  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.994596  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1499  type I restriction-modification system, M subunit  33.4 
 
 		 521 aa  264  6e-69  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.1762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  26.1 
 
 		 822 aa  259  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  35.08 
 
 		 499 aa  258  3e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1850  type I restriction-modification system, M subunit  33.61 
 
 		 489 aa  258  4e-67  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  33.87 
 
 		 585 aa  256  9e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4393  type I restriction-modification system, M subunit  32.72 
 
 		 515 aa  251  6e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1888  type I restriction-modification system, M subunit  32.02 
 
 		 526 aa  248  4e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4043  N-6 DNA methylase  30.74 
 
 		 824 aa  247  6e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  28.68 
 
 		 808 aa  247  6e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2348  type I restriction-modification system, M subunit  32.34 
 
 		 505 aa  244  3.9999999999999997e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.427504  hitchhiker  0.00993981 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  32.05 
 
 		 860 aa  242  2.9999999999999997e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  31.86 
 
 		 633 aa  241  4e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  31.95 
 
 		 508 aa  240  8e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  32.02 
 
 		 523 aa  237  6e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  32.71 
 
 		 504 aa  226  2e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2550  type I restriction-modification system, M subunit  30.43 
 
 		 527 aa  224  4.9999999999999996e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.19461  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  30.35 
 
 		 568 aa  223  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  29.9 
 
 		 495 aa  222  1.9999999999999999e-56  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  32.22 
 
 		 505 aa  221  3.9999999999999997e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  33.54 
 
 		 499 aa  221  5e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  33.74 
 
 		 499 aa  217  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1896  N-6 DNA methylase  31.58 
 
 		 511 aa  210  1e-52  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.836046  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  31.52 
 
 		 498 aa  208  4e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  31.11 
 
 		 498 aa  203  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0606  type I restriction-modification system subunit M  30.96 
 
 		 523 aa  202  1.9999999999999998e-50  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3984  N-6 DNA methylase  30.91 
 
 		 505 aa  202  3e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4820  N-6 DNA methylase  30.26 
 
 		 496 aa  201  7e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>