More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_2253 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009441  Fjoh_4393  type I restriction-modification system, M subunit  77.67 
 
 
515 aa  828    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1412  type I restriction-modification system, M subunit  73.05 
 
 
517 aa  781    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.446719  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3056  type I restriction-modification system, M subunit  79.42 
 
 
515 aa  845    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.994596  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3470  type I restriction-modification system, M subunit  81.49 
 
 
523 aa  868    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2253  type I restriction-modification system, M subunit  100 
 
 
523 aa  1078    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.475184  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0821  type I restriction-modification system, M subunit  82.72 
 
 
515 aa  871    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1953  type I restriction-modification system, M subunit  81.84 
 
 
523 aa  855    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.710513  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1545  type I restriction-modification system, M subunit  57.7 
 
 
522 aa  617  1e-175  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.648114  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0079  type I restriction-modification system, M subunit  57 
 
 
520 aa  597  1e-169  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1499  type I restriction-modification system, M subunit  56.07 
 
 
521 aa  588  1e-167  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.1762  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1104  type I restriction-modification system, M subunit  55.9 
 
 
519 aa  579  1e-164  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0505  type I restriction-modification system, M subunit  54.21 
 
 
524 aa  577  1.0000000000000001e-163  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2182  type I restriction-modification system, M subunit  55 
 
 
527 aa  574  1.0000000000000001e-162  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2274  type I restriction-modification system DNA methylase  54.62 
 
 
527 aa  569  1e-161  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2421  type I restriction-modification system, M subunit  53.97 
 
 
526 aa  564  1.0000000000000001e-159  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.636498  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1850  type I restriction-modification system, M subunit  55.06 
 
 
489 aa  539  9.999999999999999e-153  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0454  type I restriction-modification system, M subunit  42.19 
 
 
518 aa  405  1e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0466  type I restriction-modification system, M subunit  42.19 
 
 
518 aa  405  1e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2472  type I restriction-modification system, M subunit  41.02 
 
 
518 aa  400  9.999999999999999e-111  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0275864  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1895  type I restriction-modification system, M subunit  41.8 
 
 
518 aa  400  9.999999999999999e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.646372  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1860  type I restriction-modification system, M subunit  41.8 
 
 
518 aa  400  9.999999999999999e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.876278  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3354  type I restriction-modification system, M subunit  38.25 
 
 
528 aa  368  1e-100  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.501947  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1843  type I restriction-modification system, M subunit  36.75 
 
 
554 aa  349  5e-95  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1085  type I restriction-modification system, M subunit  36.72 
 
 
547 aa  319  6e-86  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.103049  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3954  type I restriction-modification system, M subunit  36.29 
 
 
525 aa  315  9.999999999999999e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2725  type I restriction-modification system, M subunit  37.02 
 
 
525 aa  315  1.9999999999999998e-84  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0753  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  36.24 
 
 
534 aa  314  2.9999999999999996e-84  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3546  type I restriction-modification system, M subunit  35.62 
 
 
535 aa  311  1e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831972  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0450  type I restriction-modification system, M subunit  36.79 
 
 
537 aa  311  2e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00003054 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0925  type I restriction-modification system, M subunit  36.17 
 
 
535 aa  304  2.0000000000000002e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000528021  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1220  type I restriction-modification system, M subunit  34.81 
 
 
540 aa  304  3.0000000000000004e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.107175  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2372  type I restriction-modification system, M subunit  35.98 
 
 
537 aa  303  4.0000000000000003e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.728855  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2003  type I restriction-modification system, M subunit  35.98 
 
 
537 aa  303  4.0000000000000003e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0129  type I restriction-modification system, M subunit  36.31 
 
 
537 aa  300  3e-80  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0439  Type I restriction-modification system M subunit  35.85 
 
 
534 aa  296  6e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00153392  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1215  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  37.55 
 
 
462 aa  284  2.0000000000000002e-75  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0750  type I restriction-modification system, M subunit  34.23 
 
 
544 aa  283  5.000000000000001e-75  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01115  type I restriction-modification system, methyltransferase subunit  35.57 
 
 
862 aa  276  4e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3715  type I restriction-modification system, M subunit  34.02 
 
 
547 aa  276  8e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2619  type I restriction-modification system, M subunit  32.31 
 
 
584 aa  275  2.0000000000000002e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  35.36 
 
 
495 aa  270  4e-71  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4082  type I restriction-modification system, M subunit  33.73 
 
 
863 aa  270  4e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1915  type I restriction-modification system, M subunit  34.85 
 
 
853 aa  269  8.999999999999999e-71  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.93858  hitchhiker  0.00587021 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3672  type I restriction-modification system, M subunit  33.4 
 
 
910 aa  268  2e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  32.38 
 
 
494 aa  267  4e-70  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3536  type I restriction-modification system, M subunit  33.33 
 
 
863 aa  263  8e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1959  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  34.21 
 
 
855 aa  259  9e-68  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4458  type I restriction-modification system, M subunit  33.27 
 
 
863 aa  258  2e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03120  type I restriction system adenine methylase HsdM  33.8 
 
 
856 aa  253  8.000000000000001e-66  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0118515  hitchhiker  7.147270000000001e-18 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  32.56 
 
 
501 aa  251  2e-65  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4162  type I restriction-modification system, M subunit  32.4 
 
 
874 aa  250  5e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.235487 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  33.47 
 
 
505 aa  246  6.999999999999999e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  32.82 
 
 
799 aa  243  7.999999999999999e-63  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2348  type I restriction-modification system, M subunit  30.68 
 
 
505 aa  240  5.999999999999999e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.427504  hitchhiker  0.00993981 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4262  type I restriction-modification system, M subunit  31.8 
 
 
527 aa  239  1e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  31.41 
 
 
633 aa  238  2e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0161  type I restriction-modification system, M subunit  31.38 
 
 
506 aa  237  4e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  31.59 
 
 
808 aa  236  1.0000000000000001e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0427  type I restriction-modification system, M subunit  33.47 
 
 
827 aa  233  7.000000000000001e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  30.23 
 
 
526 aa  233  9e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0952  type I restriction-modification system, M subunit  31.37 
 
 
809 aa  231  2e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.0000609916 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  31.39 
 
 
499 aa  230  6e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  32.63 
 
 
498 aa  226  1e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1779  type I restriction-modification system specificity subunit  31.3 
 
 
799 aa  224  2e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0251  type I restriction-modification system, M subunit  32.34 
 
 
808 aa  224  2e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  31.91 
 
 
504 aa  223  7e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1888  type I restriction-modification system, M subunit  29.41 
 
 
526 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2193  type I restriction-modification system, M subunit  29.6 
 
 
847 aa  221  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184981  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2550  type I restriction-modification system, M subunit  31.47 
 
 
527 aa  220  6e-56  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.19461  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  31.01 
 
 
814 aa  219  1e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  30.86 
 
 
495 aa  218  2e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2853  N-6 DNA methylase  30.93 
 
 
810 aa  218  2e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0991376 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  31.21 
 
 
574 aa  216  8e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  30.96 
 
 
574 aa  216  9.999999999999999e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0369  type I restriction-modification system, M subunit  30.08 
 
 
871 aa  215  1.9999999999999998e-54  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  28.82 
 
 
523 aa  215  1.9999999999999998e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  31.02 
 
 
810 aa  215  1.9999999999999998e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  29.5 
 
 
860 aa  214  2.9999999999999995e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  30.71 
 
 
500 aa  213  4.9999999999999996e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  29.73 
 
 
496 aa  213  7.999999999999999e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  28.63 
 
 
508 aa  213  9e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  30.16 
 
 
574 aa  212  1e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  29.48 
 
 
587 aa  211  2e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  30.37 
 
 
499 aa  210  4e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1672  N-6 DNA methylase  29.89 
 
 
516 aa  210  5e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.179457  hitchhiker  0.001187 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  31.23 
 
 
505 aa  209  7e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  32.23 
 
 
498 aa  206  6e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  29.47 
 
 
814 aa  206  1e-51  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  30.98 
 
 
499 aa  205  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  29.86 
 
 
908 aa  204  5e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  30 
 
 
822 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2672  N-6 DNA methylase  30.37 
 
 
814 aa  200  5e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.29252  normal  0.213379 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  30.8 
 
 
816 aa  200  6e-50  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  28.77 
 
 
815 aa  198  2.0000000000000003e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  26.57 
 
 
568 aa  196  6e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  30.72 
 
 
585 aa  196  8.000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0849  N-6 DNA methylase  30.38 
 
 
492 aa  196  1e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  30.65 
 
 
891 aa  194  2e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1211  N-6 DNA methylase  29.94 
 
 
522 aa  194  5e-48  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  29.58 
 
 
527 aa  191  2e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>