More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1953 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009052  Sbal_0821  type I restriction-modification system, M subunit  90.93 
 
 		 515 aa  959    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1412  type I restriction-modification system, M subunit  72.92 
 
 		 517 aa  773    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.446719  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4393  type I restriction-modification system, M subunit  76.35 
 
 		 515 aa  807    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3056  type I restriction-modification system, M subunit  77.59 
 
 		 515 aa  823    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.994596  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3470  type I restriction-modification system, M subunit  96.37 
 
 		 523 aa  1033    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2253  type I restriction-modification system, M subunit  81.49 
 
 		 523 aa  871    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.475184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1953  type I restriction-modification system, M subunit  100 
 
 		 523 aa  1068    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.710513  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1545  type I restriction-modification system, M subunit  57.23 
 
 		 522 aa  618  1e-176  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.648114  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2182  type I restriction-modification system, M subunit  55.58 
 
 		 527 aa  589  1e-167  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2421  type I restriction-modification system, M subunit  55.49 
 
 		 526 aa  590  1e-167  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.636498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0079  type I restriction-modification system, M subunit  55.09 
 
 		 520 aa  591  1e-167  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1499  type I restriction-modification system, M subunit  55.56 
 
 		 521 aa  582  1.0000000000000001e-165  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.1762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2274  type I restriction-modification system DNA methylase  55.38 
 
 		 527 aa  584  1.0000000000000001e-165  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1104  type I restriction-modification system, M subunit  55.17 
 
 		 519 aa  580  1e-164  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0505  type I restriction-modification system, M subunit  53.8 
 
 		 524 aa  570  1e-161  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1850  type I restriction-modification system, M subunit  54.51 
 
 		 489 aa  540  9.999999999999999e-153  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2472  type I restriction-modification system, M subunit  41.81 
 
 		 518 aa  407  1.0000000000000001e-112  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0275864  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0466  type I restriction-modification system, M subunit  41.51 
 
 		 518 aa  397  1e-109  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0454  type I restriction-modification system, M subunit  41.51 
 
 		 518 aa  397  1e-109  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1860  type I restriction-modification system, M subunit  41.31 
 
 		 518 aa  394  1e-108  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.876278  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1895  type I restriction-modification system, M subunit  41.31 
 
 		 518 aa  394  1e-108  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.646372  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3354  type I restriction-modification system, M subunit  37.92 
 
 		 528 aa  370  1e-101  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.501947  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1843  type I restriction-modification system, M subunit  36.91 
 
 		 554 aa  354  2.9999999999999997e-96  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2725  type I restriction-modification system, M subunit  36.58 
 
 		 525 aa  315  9.999999999999999e-85  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3954  type I restriction-modification system, M subunit  37.57 
 
 		 525 aa  312  7.999999999999999e-84  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1085  type I restriction-modification system, M subunit  35.6 
 
 		 547 aa  308  1.0000000000000001e-82  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.103049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0753  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  34.94 
 
 		 534 aa  302  1e-80  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3546  type I restriction-modification system, M subunit  35.16 
 
 		 535 aa  300  6e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2372  type I restriction-modification system, M subunit  37.24 
 
 		 537 aa  299  7e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.728855  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2003  type I restriction-modification system, M subunit  37.24 
 
 		 537 aa  299  7e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0129  type I restriction-modification system, M subunit  35.06 
 
 		 537 aa  299  9e-80  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0439  Type I restriction-modification system M subunit  35.28 
 
 		 534 aa  295  1e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00153392  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0925  type I restriction-modification system, M subunit  35.44 
 
 		 535 aa  292  1e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000528021  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0450  type I restriction-modification system, M subunit  35.26 
 
 		 537 aa  290  5.0000000000000004e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00003054 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1220  type I restriction-modification system, M subunit  35.13 
 
 		 540 aa  288  2e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.107175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0750  type I restriction-modification system, M subunit  36.47 
 
 		 544 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2619  type I restriction-modification system, M subunit  33.79 
 
 		 584 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1215  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  38.72 
 
 		 462 aa  280  6e-74  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4082  type I restriction-modification system, M subunit  34 
 
 		 863 aa  278  2e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3672  type I restriction-modification system, M subunit  34.22 
 
 		 910 aa  276  8e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01115  type I restriction-modification system, methyltransferase subunit  35.05 
 
 		 862 aa  271  2e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  34.31 
 
 		 495 aa  270  4e-71  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3715  type I restriction-modification system, M subunit  34.59 
 
 		 547 aa  270  4e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3536  type I restriction-modification system, M subunit  33.81 
 
 		 863 aa  268  1e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1915  type I restriction-modification system, M subunit  35.97 
 
 		 853 aa  268  2e-70  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.93858  hitchhiker  0.00587021 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4458  type I restriction-modification system, M subunit  34.35 
 
 		 863 aa  264  3e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1959  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  34.26 
 
 		 855 aa  261  2e-68  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4162  type I restriction-modification system, M subunit  32.28 
 
 		 874 aa  256  7e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.235487 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  32.36 
 
 		 501 aa  256  9e-67  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  32.1 
 
 		 494 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03120  type I restriction system adenine methylase HsdM  33.53 
 
 		 856 aa  249  9e-65  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0118515  hitchhiker  7.147270000000001e-18 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  33.78 
 
 		 499 aa  243  7.999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4262  type I restriction-modification system, M subunit  32.53 
 
 		 527 aa  243  7.999999999999999e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  32.36 
 
 		 633 aa  241  2e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  32.93 
 
 		 505 aa  238  2e-61  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0161  type I restriction-modification system, M subunit  32.26 
 
 		 506 aa  236  9e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  32.23 
 
 		 526 aa  234  4.0000000000000004e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0952  type I restriction-modification system, M subunit  31.79 
 
 		 809 aa  233  4.0000000000000004e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000609916 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  32.26 
 
 		 498 aa  229  1e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1888  type I restriction-modification system, M subunit  30.63 
 
 		 526 aa  228  2e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  32.44 
 
 		 799 aa  228  2e-58  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  31.81 
 
 		 504 aa  228  2e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1779  type I restriction-modification system specificity subunit  32.75 
 
 		 799 aa  228  3e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  31.5 
 
 		 860 aa  226  1e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2193  type I restriction-modification system, M subunit  30.97 
 
 		 847 aa  225  1e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184981  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  30.62 
 
 		 808 aa  224  2e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0427  type I restriction-modification system, M subunit  33.53 
 
 		 827 aa  224  3e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  31.81 
 
 		 500 aa  223  9e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  31.25 
 
 		 574 aa  222  9.999999999999999e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  30.54 
 
 		 574 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  33.47 
 
 		 498 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2853  N-6 DNA methylase  32.37 
 
 		 810 aa  221  3e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0991376 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  31.6 
 
 		 574 aa  220  5e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2348  type I restriction-modification system, M subunit  29.43 
 
 		 505 aa  220  6e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.427504  hitchhiker  0.00993981 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0251  type I restriction-modification system, M subunit  33.02 
 
 		 808 aa  219  1e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  29.68 
 
 		 495 aa  217  4e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  30.71 
 
 		 814 aa  216  5e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2550  type I restriction-modification system, M subunit  31.65 
 
 		 527 aa  217  5e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.19461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  31.49 
 
 		 505 aa  216  5.9999999999999996e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  30.8 
 
 		 496 aa  216  5.9999999999999996e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  29 
 
 		 523 aa  216  9e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  28.81 
 
 		 508 aa  214  2.9999999999999995e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  31.27 
 
 		 810 aa  214  3.9999999999999995e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2672  N-6 DNA methylase  31.62 
 
 		 814 aa  212  1e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.29252  normal  0.213379 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  30.52 
 
 		 814 aa  211  2e-53  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  29.79 
 
 		 499 aa  209  8e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1672  N-6 DNA methylase  29.03 
 
 		 516 aa  206  8e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.179457  hitchhiker  0.001187 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  30.48 
 
 		 499 aa  206  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  28.91 
 
 		 815 aa  204  2e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  30.26 
 
 		 587 aa  204  2e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  30.1 
 
 		 891 aa  205  2e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  30.3 
 
 		 908 aa  204  3e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0849  N-6 DNA methylase  31.39 
 
 		 492 aa  201  3e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4820  N-6 DNA methylase  30.72 
 
 		 496 aa  199  7e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0369  type I restriction-modification system, M subunit  36.31 
 
 		 871 aa  199  1.0000000000000001e-49  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  30.23 
 
 		 585 aa  196  7e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  28.73 
 
 		 816 aa  196  7e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  28.55 
 
 		 568 aa  195  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  29.61 
 
 		 822 aa  196  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0606  type I restriction-modification system subunit M  28.15 
 
 		 523 aa  194  3e-48  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>