More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0865 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE0369  type I restriction-modification system, M subunit  47.33 
 
 		 871 aa  755    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  51.34 
 
 		 799 aa  778    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2672  N-6 DNA methylase  59.24 
 
 		 814 aa  939    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.29252  normal  0.213379 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  56.85 
 
 		 810 aa  910    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0251  type I restriction-modification system, M subunit  53.36 
 
 		 808 aa  840    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0427  type I restriction-modification system, M subunit  55.62 
 
 		 827 aa  889    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0952  type I restriction-modification system, M subunit  64.84 
 
 		 809 aa  1070    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000609916 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  100 
 
 		 814 aa  1682    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2853  N-6 DNA methylase  55.26 
 
 		 810 aa  860    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0991376 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1779  type I restriction-modification system specificity subunit  56.15 
 
 		 799 aa  863    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2193  type I restriction-modification system, M subunit  69.01 
 
 		 847 aa  1184    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184981  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  44.09 
 
 		 495 aa  378  1e-103  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  43.56 
 
 		 501 aa  362  2e-98  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1959  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  31.81 
 
 		 855 aa  355  2.9999999999999997e-96  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3536  type I restriction-modification system, M subunit  30.44 
 
 		 863 aa  351  3e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01115  type I restriction-modification system, methyltransferase subunit  30.89 
 
 		 862 aa  351  4e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3672  type I restriction-modification system, M subunit  28.87 
 
 		 910 aa  347  5e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03120  type I restriction system adenine methylase HsdM  32.07 
 
 		 856 aa  347  7e-94  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0118515  hitchhiker  7.147270000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  40.34 
 
 		 494 aa  343  1e-92  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4043  N-6 DNA methylase  34.65 
 
 		 824 aa  341  4e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  37.04 
 
 		 908 aa  338  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4082  type I restriction-modification system, M subunit  29.56 
 
 		 863 aa  337  3.9999999999999995e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4458  type I restriction-modification system, M subunit  30.21 
 
 		 863 aa  336  1e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1915  type I restriction-modification system, M subunit  29.73 
 
 		 853 aa  333  1e-89  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.93858  hitchhiker  0.00587021 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  38.96 
 
 		 587 aa  332  2e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2348  type I restriction-modification system, M subunit  39.17 
 
 		 505 aa  332  2e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.427504  hitchhiker  0.00993981 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4162  type I restriction-modification system, M subunit  29.35 
 
 		 874 aa  330  6e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.235487 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  36.21 
 
 		 574 aa  329  1.0000000000000001e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  39.08 
 
 		 574 aa  325  2e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05613  type I restriction-modification system specificity subunit  33.28 
 
 		 873 aa  325  3e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4262  type I restriction-modification system, M subunit  37.23 
 
 		 527 aa  324  5e-87  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  37.9 
 
 		 574 aa  323  6e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  35.85 
 
 		 814 aa  320  7.999999999999999e-86  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0161  type I restriction-modification system, M subunit  38.96 
 
 		 506 aa  320  9e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  37.42 
 
 		 505 aa  319  1e-85  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  33.75 
 
 		 815 aa  318  2e-85  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  39.12 
 
 		 499 aa  317  5e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  38.24 
 
 		 526 aa  313  1e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  36.98 
 
 		 523 aa  306  1.0000000000000001e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  36.98 
 
 		 508 aa  305  2.0000000000000002e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  35.77 
 
 		 633 aa  301  2e-80  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  36.05 
 
 		 495 aa  298  3e-79  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  36.78 
 
 		 585 aa  297  5e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  33.23 
 
 		 891 aa  295  3e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1888  type I restriction-modification system, M subunit  35.53 
 
 		 526 aa  293  9e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  31.78 
 
 		 808 aa  292  2e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2472  type I restriction-modification system, M subunit  38.04 
 
 		 518 aa  285  3.0000000000000004e-75  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0275864  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2550  type I restriction-modification system, M subunit  35.16 
 
 		 527 aa  285  3.0000000000000004e-75  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.19461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1895  type I restriction-modification system, M subunit  36.64 
 
 		 518 aa  282  2e-74  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.646372  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0466  type I restriction-modification system, M subunit  36.64 
 
 		 518 aa  282  2e-74  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0454  type I restriction-modification system, M subunit  36.64 
 
 		 518 aa  282  2e-74  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1860  type I restriction-modification system, M subunit  36.64 
 
 		 518 aa  282  2e-74  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.876278  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3954  type I restriction-modification system, M subunit  36.11 
 
 		 525 aa  280  6e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2372  type I restriction-modification system, M subunit  36.94 
 
 		 537 aa  278  4e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.728855  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2003  type I restriction-modification system, M subunit  36.94 
 
 		 537 aa  278  4e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3354  type I restriction-modification system, M subunit  36.36 
 
 		 528 aa  275  2.0000000000000002e-72  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.501947  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2725  type I restriction-modification system, M subunit  35.22 
 
 		 525 aa  274  6e-72  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0750  type I restriction-modification system, M subunit  36.72 
 
 		 544 aa  271  5e-71  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  34.71 
 
 		 499 aa  269  2e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  35.39 
 
 		 499 aa  266  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  34.31 
 
 		 568 aa  265  4e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0439  Type I restriction-modification system M subunit  35.25 
 
 		 534 aa  264  4.999999999999999e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00153392  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1843  type I restriction-modification system, M subunit  41.25 
 
 		 554 aa  263  6.999999999999999e-69  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1220  type I restriction-modification system, M subunit  35.33 
 
 		 540 aa  263  8.999999999999999e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.107175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0450  type I restriction-modification system, M subunit  35.55 
 
 		 537 aa  263  1e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00003054 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  33.01 
 
 		 822 aa  262  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  30.11 
 
 		 816 aa  261  3e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1085  type I restriction-modification system, M subunit  36.74 
 
 		 547 aa  260  7e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.103049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  34.93 
 
 		 498 aa  257  6e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1215  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  42.12 
 
 		 462 aa  255  3e-66  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3546  type I restriction-modification system, M subunit  34.5 
 
 		 535 aa  254  6e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3609  N-6 DNA methylase  33.98 
 
 		 508 aa  253  8.000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3984  N-6 DNA methylase  32.99 
 
 		 505 aa  250  6e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4820  N-6 DNA methylase  33.12 
 
 		 496 aa  247  6e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0753  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  33.67 
 
 		 534 aa  247  6.999999999999999e-64  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0129  type I restriction-modification system, M subunit  34.58 
 
 		 537 aa  247  8e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  34.1 
 
 		 500 aa  246  9e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0079  type I restriction-modification system, M subunit  33.33 
 
 		 520 aa  246  1.9999999999999999e-63  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  33.89 
 
 		 498 aa  245  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  34.05 
 
 		 496 aa  245  3e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  32 
 
 		 860 aa  244  5e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  33.98 
 
 		 505 aa  244  7e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2691  N-6 DNA methylase  33.8 
 
 		 523 aa  243  7.999999999999999e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3154  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  32.9 
 
 		 508 aa  243  9e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0606  type I restriction-modification system subunit M  32.14 
 
 		 523 aa  243  1e-62  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  33 
 
 		 527 aa  243  1e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3176  N-6 DNA methylase  32.54 
 
 		 503 aa  242  2e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00238415  unclonable  0.0000000000000309055 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  33.05 
 
 		 504 aa  242  2e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0849  N-6 DNA methylase  32.18 
 
 		 492 aa  242  2.9999999999999997e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0103  N-6 DNA methylase  32.99 
 
 		 493 aa  241  4e-62  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1896  N-6 DNA methylase  32.99 
 
 		 511 aa  238  4e-61  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.836046  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3715  type I restriction-modification system, M subunit  35.52 
 
 		 547 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2925  N-6 DNA methylase  34.27 
 
 		 680 aa  235  2.0000000000000002e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1104  type I restriction-modification system, M subunit  32.28 
 
 		 519 aa  235  2.0000000000000002e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0925  type I restriction-modification system, M subunit  41.55 
 
 		 535 aa  234  5e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000528021  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2182  type I restriction-modification system, M subunit  33.59 
 
 		 527 aa  234  7.000000000000001e-60  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1211  N-6 DNA methylase  32.08 
 
 		 522 aa  234  7.000000000000001e-60  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1545  type I restriction-modification system, M subunit  32.54 
 
 		 522 aa  232  2e-59  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.648114  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2421  type I restriction-modification system, M subunit  32.62 
 
 		 526 aa  231  3e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.636498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2274  type I restriction-modification system DNA methylase  32.82 
 
 		 527 aa  231  5e-59  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>