More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_3954 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_3954  type I restriction-modification system, M subunit  100 
 
 		 525 aa  1083    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2725  type I restriction-modification system, M subunit  86.83 
 
 		 525 aa  949    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0753  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  52.37 
 
 		 534 aa  536  1e-151  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0454  type I restriction-modification system, M subunit  48.46 
 
 		 518 aa  463  1e-129  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1895  type I restriction-modification system, M subunit  48.46 
 
 		 518 aa  464  1e-129  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.646372  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0466  type I restriction-modification system, M subunit  48.46 
 
 		 518 aa  463  1e-129  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1860  type I restriction-modification system, M subunit  48.46 
 
 		 518 aa  464  1e-129  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.876278  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2472  type I restriction-modification system, M subunit  47.7 
 
 		 518 aa  451  1e-125  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0275864  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1843  type I restriction-modification system, M subunit  46.03 
 
 		 554 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3354  type I restriction-modification system, M subunit  48.66 
 
 		 528 aa  447  1.0000000000000001e-124  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.501947  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1215  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  49.1 
 
 		 462 aa  415  1e-114  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0925  type I restriction-modification system, M subunit  44.02 
 
 		 535 aa  404  1e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000528021  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0450  type I restriction-modification system, M subunit  43.88 
 
 		 537 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00003054 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4082  type I restriction-modification system, M subunit  43.75 
 
 		 863 aa  396  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0439  Type I restriction-modification system M subunit  43.6 
 
 		 534 aa  395  1e-109  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00153392  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1220  type I restriction-modification system, M subunit  42.18 
 
 		 540 aa  396  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.107175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3672  type I restriction-modification system, M subunit  44.95 
 
 		 910 aa  395  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0750  type I restriction-modification system, M subunit  44.38 
 
 		 544 aa  396  1e-109  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2372  type I restriction-modification system, M subunit  42.37 
 
 		 537 aa  394  1e-108  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.728855  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1915  type I restriction-modification system, M subunit  42.97 
 
 		 853 aa  394  1e-108  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.93858  hitchhiker  0.00587021 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2003  type I restriction-modification system, M subunit  42.37 
 
 		 537 aa  394  1e-108  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1959  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  42.01 
 
 		 855 aa  392  1e-108  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0129  type I restriction-modification system, M subunit  42.86 
 
 		 537 aa  392  1e-108  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4458  type I restriction-modification system, M subunit  42.94 
 
 		 863 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03120  type I restriction system adenine methylase HsdM  43.31 
 
 		 856 aa  390  1e-107  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0118515  hitchhiker  7.147270000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3536  type I restriction-modification system, M subunit  44.12 
 
 		 863 aa  390  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3546  type I restriction-modification system, M subunit  41.97 
 
 		 535 aa  392  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01115  type I restriction-modification system, methyltransferase subunit  43.09 
 
 		 862 aa  387  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3715  type I restriction-modification system, M subunit  41.08 
 
 		 547 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4162  type I restriction-modification system, M subunit  44.08 
 
 		 874 aa  386  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.235487 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1085  type I restriction-modification system, M subunit  41.06 
 
 		 547 aa  382  1e-104  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.103049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2619  type I restriction-modification system, M subunit  36.98 
 
 		 584 aa  362  1e-98  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1545  type I restriction-modification system, M subunit  38.55 
 
 		 522 aa  342  8e-93  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.648114  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  39.7 
 
 		 501 aa  340  4e-92  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  39.08 
 
 		 495 aa  338  1.9999999999999998e-91  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  37.6 
 
 		 494 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0079  type I restriction-modification system, M subunit  38.1 
 
 		 520 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1412  type I restriction-modification system, M subunit  39.46 
 
 		 517 aa  332  1e-89  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.446719  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1850  type I restriction-modification system, M subunit  37.5 
 
 		 489 aa  325  1e-87  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1104  type I restriction-modification system, M subunit  37.5 
 
 		 519 aa  325  2e-87  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2182  type I restriction-modification system, M subunit  36.76 
 
 		 527 aa  319  9e-86  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2274  type I restriction-modification system DNA methylase  36.9 
 
 		 527 aa  318  2e-85  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0821  type I restriction-modification system, M subunit  35.96 
 
 		 515 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2253  type I restriction-modification system, M subunit  36.29 
 
 		 523 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.475184  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0505  type I restriction-modification system, M subunit  37.38 
 
 		 524 aa  314  2.9999999999999996e-84  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2421  type I restriction-modification system, M subunit  36.92 
 
 		 526 aa  313  3.9999999999999997e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.636498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0161  type I restriction-modification system, M subunit  37.97 
 
 		 506 aa  313  4.999999999999999e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1953  type I restriction-modification system, M subunit  37.57 
 
 		 523 aa  313  5.999999999999999e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.710513  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1499  type I restriction-modification system, M subunit  36.22 
 
 		 521 aa  312  1e-83  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.1762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3056  type I restriction-modification system, M subunit  36.59 
 
 		 515 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.994596  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3470  type I restriction-modification system, M subunit  35.5 
 
 		 523 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4262  type I restriction-modification system, M subunit  35.77 
 
 		 527 aa  305  1.0000000000000001e-81  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4393  type I restriction-modification system, M subunit  36.59 
 
 		 515 aa  305  2.0000000000000002e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  37.76 
 
 		 526 aa  304  3.0000000000000004e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  37.81 
 
 		 499 aa  299  1e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1888  type I restriction-modification system, M subunit  35.5 
 
 		 526 aa  296  5e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  35.95 
 
 		 633 aa  294  3e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2348  type I restriction-modification system, M subunit  33.83 
 
 		 505 aa  285  1.0000000000000001e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.427504  hitchhiker  0.00993981 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2193  type I restriction-modification system, M subunit  36 
 
 		 847 aa  282  9e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184981  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  36.56 
 
 		 505 aa  281  2e-74  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  36.11 
 
 		 814 aa  280  5e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  34.26 
 
 		 523 aa  278  2e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0369  type I restriction-modification system, M subunit  37.89 
 
 		 871 aa  277  3e-73  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  35.79 
 
 		 810 aa  277  3e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  34.08 
 
 		 508 aa  276  9e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0952  type I restriction-modification system, M subunit  35.5 
 
 		 809 aa  275  1.0000000000000001e-72  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000609916 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  35.51 
 
 		 574 aa  274  3e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  36.47 
 
 		 574 aa  273  7e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2853  N-6 DNA methylase  36.22 
 
 		 810 aa  271  2.9999999999999997e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0991376 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  35.25 
 
 		 495 aa  270  4e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  36.57 
 
 		 799 aa  269  8e-71  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0427  type I restriction-modification system, M subunit  35.61 
 
 		 827 aa  268  2e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  33.1 
 
 		 815 aa  267  4e-70  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  35.15 
 
 		 574 aa  266  5e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2550  type I restriction-modification system, M subunit  33.64 
 
 		 527 aa  264  3e-69  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.19461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  34.82 
 
 		 587 aa  263  4.999999999999999e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  34.97 
 
 		 814 aa  261  1e-68  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0251  type I restriction-modification system, M subunit  44.75 
 
 		 808 aa  260  4e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  33.27 
 
 		 822 aa  256  7e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2672  N-6 DNA methylase  36.12 
 
 		 814 aa  254  3e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.29252  normal  0.213379 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  33.45 
 
 		 568 aa  250  5e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  33.2 
 
 		 808 aa  249  9e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  34.46 
 
 		 908 aa  248  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  35.73 
 
 		 504 aa  247  3e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  34.04 
 
 		 891 aa  246  6.999999999999999e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1779  type I restriction-modification system specificity subunit  44.2 
 
 		 799 aa  244  3e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  34.47 
 
 		 505 aa  244  3.9999999999999997e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0606  type I restriction-modification system subunit M  32.84 
 
 		 523 aa  241  2e-62  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  33.46 
 
 		 499 aa  238  1e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  34.89 
 
 		 816 aa  238  1e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  34.84 
 
 		 585 aa  238  2e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4043  N-6 DNA methylase  34.47 
 
 		 824 aa  236  6e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05613  type I restriction-modification system specificity subunit  40.17 
 
 		 873 aa  234  2.0000000000000002e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  32.23 
 
 		 498 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  33.6 
 
 		 499 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  32.4 
 
 		 498 aa  230  5e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  32.31 
 
 		 500 aa  228  2e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  31.75 
 
 		 496 aa  225  1e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  38.6 
 
 		 860 aa  216  8e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  29.94 
 
 		 527 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>