More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_2550 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA1888  type I restriction-modification system, M subunit  71.89 
 
 		 526 aa  789    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2550  type I restriction-modification system, M subunit  100 
 
 		 527 aa  1088    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.19461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2348  type I restriction-modification system, M subunit  65.65 
 
 		 505 aa  714    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.427504  hitchhiker  0.00993981 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  56.41 
 
 		 494 aa  585  1e-166  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  52.96 
 
 		 495 aa  567  1e-160  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  53.42 
 
 		 526 aa  546  1e-154  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  53.8 
 
 		 499 aa  543  1e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  51.24 
 
 		 501 aa  545  1e-153  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0161  type I restriction-modification system, M subunit  51.41 
 
 		 506 aa  530  1e-149  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4262  type I restriction-modification system, M subunit  46.86 
 
 		 527 aa  470  1.0000000000000001e-131  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  43.71 
 
 		 633 aa  409  1e-113  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  38.25 
 
 		 508 aa  363  6e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  42.38 
 
 		 505 aa  362  8e-99  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  38.25 
 
 		 523 aa  362  1e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  40.31 
 
 		 574 aa  354  2e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  38.95 
 
 		 587 aa  353  2.9999999999999997e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  39.14 
 
 		 574 aa  348  1e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  39.92 
 
 		 574 aa  345  1e-93  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  38.49 
 
 		 504 aa  341  2e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  38.13 
 
 		 505 aa  337  3.9999999999999995e-91  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3354  type I restriction-modification system, M subunit  39.56 
 
 		 528 aa  336  5.999999999999999e-91  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.501947  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  37.74 
 
 		 495 aa  333  4e-90  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2472  type I restriction-modification system, M subunit  38.12 
 
 		 518 aa  330  4e-89  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0275864  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1895  type I restriction-modification system, M subunit  36.96 
 
 		 518 aa  330  4e-89  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.646372  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1860  type I restriction-modification system, M subunit  36.96 
 
 		 518 aa  330  4e-89  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.876278  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  39.22 
 
 		 585 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0466  type I restriction-modification system, M subunit  36.96 
 
 		 518 aa  328  1.0000000000000001e-88  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0454  type I restriction-modification system, M subunit  36.96 
 
 		 518 aa  328  1.0000000000000001e-88  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  37.08 
 
 		 814 aa  318  1e-85  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  36.93 
 
 		 498 aa  318  1e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0952  type I restriction-modification system, M subunit  35.7 
 
 		 809 aa  316  8e-85  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000609916 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0251  type I restriction-modification system, M subunit  36.83 
 
 		 808 aa  315  9.999999999999999e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1843  type I restriction-modification system, M subunit  46.08 
 
 		 554 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1159  N-6 DNA methylase  66.12 
 
 		 238 aa  314  2.9999999999999996e-84  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  36.7 
 
 		 815 aa  311  1e-83  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  35.46 
 
 		 810 aa  310  2.9999999999999997e-83  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  36.45 
 
 		 499 aa  310  5e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  37.58 
 
 		 496 aa  309  6.999999999999999e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  37.15 
 
 		 499 aa  306  4.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2193  type I restriction-modification system, M subunit  35.25 
 
 		 847 aa  307  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184981  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  35.59 
 
 		 500 aa  306  7e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  35.73 
 
 		 498 aa  305  9.000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2372  type I restriction-modification system, M subunit  36.01 
 
 		 537 aa  301  2e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.728855  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2003  type I restriction-modification system, M subunit  36.01 
 
 		 537 aa  301  2e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2853  N-6 DNA methylase  34.58 
 
 		 810 aa  299  6e-80  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0991376 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2672  N-6 DNA methylase  35.71 
 
 		 814 aa  299  7e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.29252  normal  0.213379 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  32.39 
 
 		 568 aa  298  1e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3546  type I restriction-modification system, M subunit  35.09 
 
 		 535 aa  298  2e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  35.57 
 
 		 799 aa  296  4e-79  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1127  N-6 DNA methylase  49.68 
 
 		 302 aa  296  5e-79  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0427  type I restriction-modification system, M subunit  35.25 
 
 		 827 aa  295  1e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0849  N-6 DNA methylase  35.23 
 
 		 492 aa  295  2e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4043  N-6 DNA methylase  37.2 
 
 		 824 aa  291  2e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1215  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  43.03 
 
 		 462 aa  290  3e-77  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0606  type I restriction-modification system subunit M  33.7 
 
 		 523 aa  290  4e-77  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  35.19 
 
 		 814 aa  289  7e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2725  type I restriction-modification system, M subunit  35.38 
 
 		 525 aa  289  8e-77  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  37.57 
 
 		 891 aa  289  9e-77  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1220  type I restriction-modification system, M subunit  34.12 
 
 		 540 aa  286  5.999999999999999e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.107175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0750  type I restriction-modification system, M subunit  34.96 
 
 		 544 aa  286  5.999999999999999e-76  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3609  N-6 DNA methylase  35.98 
 
 		 508 aa  283  5.000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1779  type I restriction-modification system specificity subunit  33.47 
 
 		 799 aa  283  7.000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0439  Type I restriction-modification system M subunit  34.98 
 
 		 534 aa  282  8.000000000000001e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00153392  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  35.92 
 
 		 908 aa  282  1e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  36.4 
 
 		 808 aa  281  2e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0450  type I restriction-modification system, M subunit  34.24 
 
 		 537 aa  280  4e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00003054 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0103  N-6 DNA methylase  35.26 
 
 		 493 aa  280  4e-74  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0129  type I restriction-modification system, M subunit  34.07 
 
 		 537 aa  278  1e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  35.95 
 
 		 860 aa  278  2e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0925  type I restriction-modification system, M subunit  33.33 
 
 		 535 aa  277  3e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000528021  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3154  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  34.83 
 
 		 508 aa  277  4e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0369  type I restriction-modification system, M subunit  33.14 
 
 		 871 aa  276  5e-73  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3954  type I restriction-modification system, M subunit  33.64 
 
 		 525 aa  276  6e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  35.45 
 
 		 822 aa  276  7e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1085  type I restriction-modification system, M subunit  33.4 
 
 		 547 aa  275  1.0000000000000001e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.103049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05613  type I restriction-modification system specificity subunit  37.35 
 
 		 873 aa  275  2.0000000000000002e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3176  N-6 DNA methylase  35.51 
 
 		 503 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00238415  unclonable  0.0000000000000309055 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  35.87 
 
 		 816 aa  272  1e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2925  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  33.08 
 
 		 708 aa  270  4e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3427  type I restriction-modification system methylation subunit-like  33.74 
 
 		 504 aa  268  2e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0753  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  34.01 
 
 		 534 aa  267  4e-70  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1097  N-6 DNA methylase  34.87 
 
 		 513 aa  265  2e-69  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.34986 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0079  type I restriction-modification system, M subunit  32.85 
 
 		 520 aa  264  2e-69  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3715  type I restriction-modification system, M subunit  33.16 
 
 		 547 aa  259  1e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3984  N-6 DNA methylase  31.87 
 
 		 505 aa  259  1e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4820  N-6 DNA methylase  30.8 
 
 		 496 aa  256  7e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1896  N-6 DNA methylase  33.27 
 
 		 511 aa  255  1.0000000000000001e-66  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.836046  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1211  N-6 DNA methylase  32.67 
 
 		 522 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1672  N-6 DNA methylase  33.72 
 
 		 516 aa  255  2.0000000000000002e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.179457  hitchhiker  0.001187 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7556  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  32.06 
 
 		 544 aa  254  3e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  32.63 
 
 		 527 aa  250  5e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1545  type I restriction-modification system, M subunit  31.68 
 
 		 522 aa  249  1e-64  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.648114  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2691  N-6 DNA methylase  31.68 
 
 		 523 aa  246  6e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2421  type I restriction-modification system, M subunit  31.81 
 
 		 526 aa  245  1.9999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.636498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01115  type I restriction-modification system, methyltransferase subunit  32.25 
 
 		 862 aa  245  1.9999999999999999e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1412  type I restriction-modification system, M subunit  31.26 
 
 		 517 aa  244  3e-63  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.446719  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2210  N-6 DNA methylase  31.43 
 
 		 522 aa  243  3.9999999999999997e-63  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2273  N-6 DNA methylase  31.63 
 
 		 522 aa  243  7.999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.443565  hitchhiker  0.00000125043 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1159  N-6 DNA methylase  31.87 
 
 		 516 aa  241  2.9999999999999997e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000301602  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2619  type I restriction-modification system, M subunit  39.02 
 
 		 584 aa  241  2.9999999999999997e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>