More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2925 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_2925  N-6 DNA methylase  100 
 
 		 680 aa  1394    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  39.72 
 
 		 505 aa  305  3.0000000000000004e-81  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  38.45 
 
 		 523 aa  297  4e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  38.25 
 
 		 508 aa  295  1e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  38.12 
 
 		 574 aa  292  2e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  37.8 
 
 		 574 aa  290  4e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  38.26 
 
 		 574 aa  291  4e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  37.42 
 
 		 585 aa  288  2e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  37.25 
 
 		 587 aa  285  1.0000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  35.91 
 
 		 633 aa  281  2e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  35.8 
 
 		 495 aa  276  8e-73  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  37.08 
 
 		 496 aa  267  5.999999999999999e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  35.27 
 
 		 505 aa  266  7e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  34.21 
 
 		 568 aa  265  3e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05613  type I restriction-modification system specificity subunit  36.1 
 
 		 873 aa  264  3e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  34.12 
 
 		 504 aa  264  3e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  36.17 
 
 		 815 aa  261  3e-68  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1211  N-6 DNA methylase  34.53 
 
 		 522 aa  258  3e-67  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  35.88 
 
 		 814 aa  255  2.0000000000000002e-66  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  36.79 
 
 		 498 aa  254  3e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0103  N-6 DNA methylase  32.24 
 
 		 493 aa  253  7e-66  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  34.1 
 
 		 527 aa  251  3e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  34.76 
 
 		 499 aa  251  3e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  34.23 
 
 		 499 aa  248  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  33.93 
 
 		 808 aa  247  6e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0606  type I restriction-modification system subunit M  33.98 
 
 		 523 aa  246  9.999999999999999e-64  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  34.5 
 
 		 498 aa  244  3e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2691  N-6 DNA methylase  33.53 
 
 		 523 aa  244  3.9999999999999997e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  34.85 
 
 		 500 aa  240  6.999999999999999e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0849  N-6 DNA methylase  33.05 
 
 		 492 aa  239  8e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3609  N-6 DNA methylase  32.46 
 
 		 508 aa  238  2e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3427  type I restriction-modification system methylation subunit-like  32.26 
 
 		 504 aa  239  2e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3154  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  32.53 
 
 		 508 aa  239  2e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4820  N-6 DNA methylase  33.91 
 
 		 496 aa  237  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0952  type I restriction-modification system, M subunit  33.4 
 
 		 809 aa  236  8e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000609916 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  33.4 
 
 		 526 aa  236  1.0000000000000001e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2925  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  32.2 
 
 		 708 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3984  N-6 DNA methylase  34.25 
 
 		 505 aa  234  3e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4262  type I restriction-modification system, M subunit  33.01 
 
 		 527 aa  234  4.0000000000000004e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  34.27 
 
 		 814 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3176  N-6 DNA methylase  32.13 
 
 		 503 aa  232  1e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00238415  unclonable  0.0000000000000309055 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  32.86 
 
 		 495 aa  231  2e-59  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  32.51 
 
 		 822 aa  231  3e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2193  type I restriction-modification system, M subunit  34.49 
 
 		 847 aa  231  5e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184981  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  34.64 
 
 		 891 aa  230  5e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4043  N-6 DNA methylase  32.67 
 
 		 824 aa  230  6e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  31.8 
 
 		 816 aa  229  9e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1896  N-6 DNA methylase  33.4 
 
 		 511 aa  228  3e-58  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.836046  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0161  type I restriction-modification system, M subunit  33.27 
 
 		 506 aa  228  3e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  31.35 
 
 		 860 aa  226  1e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  34.06 
 
 		 501 aa  226  1e-57  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2853  N-6 DNA methylase  32.48 
 
 		 810 aa  225  2e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0991376 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  32.87 
 
 		 494 aa  224  4e-57  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  33.13 
 
 		 810 aa  224  4.9999999999999996e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0826  type I restriction-modification system, M subunit  33.54 
 
 		 520 aa  223  9e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.580356  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0964  N-6 DNA methylase  33.54 
 
 		 520 aa  223  9e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.311438  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0369  type I restriction-modification system, M subunit  32.87 
 
 		 871 aa  221  5e-56  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  33.67 
 
 		 799 aa  220  7.999999999999999e-56  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0251  type I restriction-modification system, M subunit  34.2 
 
 		 808 aa  219  1e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  33.46 
 
 		 908 aa  219  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1672  N-6 DNA methylase  32.05 
 
 		 516 aa  217  5e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.179457  hitchhiker  0.001187 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0306  N-6 DNA methylase  32.02 
 
 		 547 aa  214  2.9999999999999995e-54  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0895835 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2672  N-6 DNA methylase  33.06 
 
 		 814 aa  213  7.999999999999999e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.29252  normal  0.213379 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  31.3 
 
 		 499 aa  210  6e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0427  type I restriction-modification system, M subunit  33.4 
 
 		 827 aa  209  1e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2273  N-6 DNA methylase  32.6 
 
 		 522 aa  208  2e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.443565  hitchhiker  0.00000125043 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2210  N-6 DNA methylase  32.6 
 
 		 522 aa  207  6e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1159  N-6 DNA methylase  31.21 
 
 		 516 aa  205  2e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000301602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1779  type I restriction-modification system specificity subunit  33.4 
 
 		 799 aa  205  3e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1097  N-6 DNA methylase  30.92 
 
 		 513 aa  204  4e-51  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.34986 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0333  N-6 DNA methylase  30.66 
 
 		 547 aa  199  1.0000000000000001e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.175232 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3758  N-6 DNA methylase  29.82 
 
 		 511 aa  197  5.000000000000001e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.921564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2348  type I restriction-modification system, M subunit  31.49 
 
 		 505 aa  196  1e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.427504  hitchhiker  0.00993981 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2550  type I restriction-modification system, M subunit  29.87 
 
 		 527 aa  190  5.999999999999999e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.19461  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1888  type I restriction-modification system, M subunit  30.74 
 
 		 526 aa  190  7e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2908  N-6 DNA methylase  28.69 
 
 		 523 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0019  N-6 DNA methylase  28.34 
 
 		 501 aa  186  2.0000000000000003e-45  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00151011 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2017  N-6 DNA methylase  28.77 
 
 		 517 aa  183  8.000000000000001e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.54323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1177  XRE family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 519 aa  183  9.000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.602323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2743  type I restriction system adenine methylase  29.58 
 
 		 518 aa  183  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2789  N-6 DNA methylase  28.71 
 
 		 532 aa  183  1e-44  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.206405 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0286  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  29.28 
 
 		 497 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3108  N-6 DNA methylase  30.95 
 
 		 610 aa  181  2.9999999999999997e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1644  N-6 DNA methylase  29.04 
 
 		 498 aa  181  4e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0039  N-6 DNA methylase  28.17 
 
 		 501 aa  181  4.999999999999999e-44  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.250679  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0869  N-6 DNA methylase  28.63 
 
 		 510 aa  179  1e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3080  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  26.64 
 
 		 549 aa  179  1e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.801077 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0224  Type I restriction-modification system, M subunit  27.35 
 
 		 519 aa  179  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7556  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  27.92 
 
 		 544 aa  179  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3006  N-6 DNA methylase  28.2 
 
 		 520 aa  177  4e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.809429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4006  N-6 DNA methylase  29.02 
 
 		 514 aa  177  4e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2453  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  26.61 
 
 		 538 aa  177  4e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.53896  normal  0.845275 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1858  N-6 DNA methylase  27.58 
 
 		 540 aa  177  8e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0036  type I restriction enzyme  28.45 
 
 		 510 aa  176  9.999999999999999e-43  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.27058  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2418  N-6 DNA methylase  27.01 
 
 		 525 aa  175  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.572428  normal  0.0719197 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2793  type I restriction-modification system, M subunit  27.01 
 
 		 525 aa  175  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1086  type I restriction-modification system, M subunit  27.22 
 
 		 576 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2248  N-6 DNA methylase  27.56 
 
 		 521 aa  174  3.9999999999999995e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0522014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0988  N-6 DNA methylase  28.32 
 
 		 527 aa  174  5e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3128  N-6 DNA methylase  28.74 
 
 		 518 aa  173  6.999999999999999e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.465456  decreased coverage  0.00982418 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>