90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_3315 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_1287  putative DNA methylase  53.78 
 
 
932 aa  940    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000167364 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15580  Type II restriction enzyme, methylase subunit  52.34 
 
 
926 aa  926    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000708191  unclonable  6.0148299999999996e-21 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4499  putative DNA methylase  51.85 
 
 
921 aa  922    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.154819  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3315  type II restriction enzyme, methylase subunit  100 
 
 
929 aa  1924    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5334  type II restriction enzyme methylase subunit  54.61 
 
 
926 aa  995    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2530  putative DNA methylase  54.15 
 
 
928 aa  981    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0253553  hitchhiker  0.000494571 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1962  type II restriction enzyme, methylase subunit  53.03 
 
 
918 aa  925    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0531091  normal  0.121709 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0261  type II restriction enzyme, methylase subunit  50.55 
 
 
909 aa  874    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.504808  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1748  putative DNA methylase  56.51 
 
 
928 aa  989    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.431397 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1465  hypothetical protein  36.94 
 
 
914 aa  589  1e-167  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.152551  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0759  hypothetical protein  36.83 
 
 
912 aa  588  1e-166  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.231322  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0028  hypothetical protein  37.3 
 
 
916 aa  563  1.0000000000000001e-159  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3043  hypothetical protein  36.25 
 
 
871 aa  526  1e-148  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.743399  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1309  methylase  33.02 
 
 
933 aa  460  9.999999999999999e-129  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00329115  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0478  hypothetical protein  32.37 
 
 
908 aa  445  1e-123  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1744  DNA methyltransferase  31.83 
 
 
909 aa  434  1e-120  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000656447  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2607  methylase  31.36 
 
 
928 aa  431  1e-119  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.483035  decreased coverage  0.00951903 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5634  methylase  32.68 
 
 
937 aa  406  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7690  putative type II restriction enzyme, methylase subunit  41.49 
 
 
622 aa  401  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.212385 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0176  type II restriction enzyme methylase subunits- like protein  32.32 
 
 
919 aa  370  1e-101  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2250  hypothetical protein  30.78 
 
 
929 aa  367  1e-100  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4906  hypothetical protein  28.7 
 
 
941 aa  352  1e-95  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5513  hypothetical protein  29.82 
 
 
934 aa  343  7e-93  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.032293  normal 
 
 
-
 
NC_009516  PsycPRwf_2393  Type II restriction enzyme methylase subunits-like protein  28.47 
 
 
934 aa  335  2e-90  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.233566  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4502  hypothetical protein  28.55 
 
 
955 aa  300  8e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.264892 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3238  hypothetical protein  23.69 
 
 
1184 aa  133  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0308131  normal  0.512831 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3857  hypothetical protein  24.04 
 
 
973 aa  130  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.663936  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2985  hypothetical protein  27.64 
 
 
1173 aa  130  2.0000000000000002e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0952598  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2902  N6 adenine-specific DNA methyltransferase protein, N12 class  26.56 
 
 
621 aa  122  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00367965 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3686  hypothetical protein  26.71 
 
 
918 aa  122  3e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.619967  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3845  DNA modification methyltransferase-related protein  28.78 
 
 
978 aa  118  5e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0841462  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2740  hypothetical protein  27.61 
 
 
1018 aa  117  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4156  hypothetical protein  27.47 
 
 
1151 aa  113  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1365  hypothetical protein  22.67 
 
 
925 aa  108  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4327  hypothetical protein  25.3 
 
 
1170 aa  108  7e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010374  M446_7058  hypothetical protein  24.78 
 
 
1188 aa  107  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.48722  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1460  Type II restriction enzyme methylase subunits-like  25.73 
 
 
1186 aa  102  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.811371  normal 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4987  hypothetical protein  25.63 
 
 
1154 aa  102  5e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.0015789  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3225  hypothetical protein  24.78 
 
 
869 aa  91.3  8e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1615  hypothetical protein  37.08 
 
 
97 aa  68.6  0.0000000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000631366  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1272  hypothetical protein  21.83 
 
 
1353 aa  62.4  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2592  hypothetical protein  25.25 
 
 
1339 aa  62.4  0.00000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.565404  hitchhiker  0.000489463 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2288  type II restriction enzyme  29.11 
 
 
1160 aa  61.2  0.00000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0349  hypothetical protein  41.76 
 
 
115 aa  58.5  0.0000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0270538  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3219  hypothetical protein  25.52 
 
 
1298 aa  55.5  0.000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02930  hypothetical protein  39.74 
 
 
1131 aa  54.3  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.264298  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02940  hypothetical protein  39.74 
 
 
1140 aa  53.9  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.45552  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0339  putative restriction enzyme  35.71 
 
 
1205 aa  53.9  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00710778  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0223  hypothetical protein  23.82 
 
 
1342 aa  53.9  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0122903 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3351  hypothetical protein  25.41 
 
 
1338 aa  53.5  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.465815  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2953  putative DNA methylase  31.64 
 
 
1239 aa  53.1  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.468848  normal  0.142335 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0295  type II restriction enzyme  38.89 
 
 
1167 aa  53.1  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3519  N-6 DNA methylase  20.75 
 
 
694 aa  52.8  0.00003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5027  type II restriction enzyme  35.35 
 
 
1180 aa  51.2  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.776061  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2493  type IIS restriction enzyme  38.46 
 
 
1183 aa  51.2  0.00008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0465  hypothetical protein  27.62 
 
 
1347 aa  50.8  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1310  N-6 DNA methylase  21.01 
 
 
1041 aa  50.8  0.0001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.881884  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3203  DNA methylase  28.3 
 
 
1189 aa  50.8  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0308495  normal  0.982662 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1273  hypothetical protein  40.3 
 
 
1125 aa  49.7  0.0002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1672  N-6 DNA methylase  23.29 
 
 
516 aa  50.1  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.179457  hitchhiker  0.001187 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0460  hypothetical protein  30.71 
 
 
1373 aa  50.1  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.655713  hitchhiker  0.000401814 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1895  type IIS restriction enzyme  37.18 
 
 
612 aa  49.7  0.0003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.4814  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1333  protein of unknown function DUF450  28.49 
 
 
995 aa  49.7  0.0003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.126844  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2038  hypothetical protein  34.15 
 
 
1241 aa  48.9  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.769996  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1882  hypothetical protein  25.77 
 
 
1422 aa  48.9  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1892  protein of unknown function DUF450  24.04 
 
 
1058 aa  49.3  0.0004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1326  hypothetical protein  31.51 
 
 
1141 aa  48.5  0.0006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.770705  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2208  hypothetical protein  30.34 
 
 
1218 aa  48.1  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00220427  normal  0.956264 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3322  hypothetical protein  21.94 
 
 
1210 aa  47.4  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.178682  hitchhiker  0.00000120393 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0416  hypothetical protein  20.6 
 
 
536 aa  47.8  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0994  hypothetical protein  40 
 
 
309 aa  47.8  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1501  protein of unknown function DUF450  27.27 
 
 
974 aa  47.8  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000140584  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2731  putative type II DNA modification enzyme  32.8 
 
 
1338 aa  47.4  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05210  hypothetical protein  28.89 
 
 
1209 aa  47  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2727  hypothetical protein  26.11 
 
 
1363 aa  47  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0332974  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0748  N-6 DNA methylase  23.57 
 
 
504 aa  47  0.002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000203871 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0561  hypothetical protein  34.52 
 
 
1162 aa  45.8  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1608  hypothetical protein  36.59 
 
 
1182 aa  45.8  0.003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.102768 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1299  Eco57I restriction endonuclease  34.18 
 
 
1144 aa  46.2  0.003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0387167  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1469  type I restriction-modification system, M subunit, putative  22.19 
 
 
1002 aa  45.8  0.004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4847  putative restriction enzyme  35.21 
 
 
1219 aa  45.8  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000521229  normal  0.767237 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1916  hypothetical protein  37.31 
 
 
1430 aa  45.4  0.004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1956  putative type II DNA modification enzyme  32.79 
 
 
1055 aa  45.4  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129503  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2756  hypothetical protein  28.17 
 
 
1162 aa  45.4  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.206504  normal  0.110579 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1958  hypothetical protein  31.13 
 
 
1333 aa  45.4  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0392  N-6 DNA methylase  26.39 
 
 
967 aa  45.1  0.006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1156  hypothetical protein  36.23 
 
 
1324 aa  45.1  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04061  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  28.4 
 
 
703 aa  45.1  0.006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0971  putative DNA methylase  25.97 
 
 
1222 aa  44.7  0.008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1545  hypothetical protein  32 
 
 
1195 aa  44.7  0.009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0985179  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>