99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3845 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3845  DNA modification methyltransferase-related protein  100 
 
 		 978 aa  2030    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0841462  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3686  hypothetical protein  27.83 
 
 		 918 aa  268  2.9999999999999995e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.619967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1365  hypothetical protein  28.8 
 
 		 925 aa  251  4e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2740  hypothetical protein  25.29 
 
 		 1018 aa  250  9e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2985  hypothetical protein  25.92 
 
 		 1173 aa  249  1e-64  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0952598  n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4987  hypothetical protein  26.45 
 
 		 1154 aa  236  1.0000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.0015789  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4156  hypothetical protein  25.62 
 
 		 1151 aa  231  7e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3857  hypothetical protein  26.07 
 
 		 973 aa  227  7e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.663936  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1744  DNA methyltransferase  25.79 
 
 		 909 aa  224  8e-57  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000656447  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3238  hypothetical protein  24.71 
 
 		 1184 aa  223  9e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0308131  normal  0.512831 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1460  Type II restriction enzyme methylase subunits-like  26.1 
 
 		 1186 aa  223  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.811371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009516  PsycPRwf_2393  Type II restriction enzyme methylase subunits-like protein  24.84 
 
 		 934 aa  221  3.9999999999999997e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.233566  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4327  hypothetical protein  25.33 
 
 		 1170 aa  212  3e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010374  M446_7058  hypothetical protein  25.03 
 
 		 1188 aa  209  1e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.48722  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0176  type II restriction enzyme methylase subunits- like protein  23.94 
 
 		 919 aa  191  5.999999999999999e-47  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2902  N6 adenine-specific DNA methyltransferase protein, N12 class  27.97 
 
 		 621 aa  191  8e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00367965 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3043  hypothetical protein  25.26 
 
 		 871 aa  190  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.743399  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5634  methylase  29.3 
 
 		 937 aa  187  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4502  hypothetical protein  27.16 
 
 		 955 aa  184  8.000000000000001e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.264892 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1309  methylase  25.95 
 
 		 933 aa  179  2e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00329115  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3225  hypothetical protein  24.11 
 
 		 869 aa  175  3.9999999999999995e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2530  putative DNA methylase  26.71 
 
 		 928 aa  174  6.999999999999999e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0253553  hitchhiker  0.000494571 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0478  hypothetical protein  26.1 
 
 		 908 aa  173  1e-41  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1962  type II restriction enzyme, methylase subunit  25.06 
 
 		 918 aa  172  4e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0531091  normal  0.121709 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1326  hypothetical protein  28.99 
 
 		 1321 aa  171  6e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0759  hypothetical protein  23.22 
 
 		 912 aa  164  8.000000000000001e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.231322  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2607  methylase  27.43 
 
 		 928 aa  162  2e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.483035  decreased coverage  0.00951903 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2538  hypothetical protein  29.3 
 
 		 1243 aa  162  3e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00255392 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0465  hypothetical protein  28.28 
 
 		 1347 aa  159  3e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1272  hypothetical protein  28.16 
 
 		 1353 aa  158  4e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0223  hypothetical protein  28.7 
 
 		 1342 aa  156  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0122903 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2250  hypothetical protein  25.38 
 
 		 929 aa  156  2e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5513  hypothetical protein  24.16 
 
 		 934 aa  155  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.032293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1465  hypothetical protein  30.5 
 
 		 914 aa  154  5.9999999999999996e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.152551  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2544  hypothetical protein  26.87 
 
 		 1346 aa  154  7e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0868504  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1287  putative DNA methylase  26.06 
 
 		 932 aa  152  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000167364 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1748  putative DNA methylase  24.2 
 
 		 928 aa  151  5e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.431397 
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0028  hypothetical protein  23.46 
 
 		 916 aa  151  7e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5334  type II restriction enzyme methylase subunit  24.45 
 
 		 926 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0884  hypothetical protein  28.3 
 
 		 1290 aa  145  4e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1300  hypothetical protein  26.32 
 
 		 1282 aa  142  3e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2728  hypothetical protein  26.99 
 
 		 1440 aa  140  8.999999999999999e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.935327 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2727  hypothetical protein  25.27 
 
 		 1363 aa  140  2e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0332974  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4906  hypothetical protein  23.44 
 
 		 941 aa  139  4e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0812  hypothetical protein  28.29 
 
 		 1339 aa  135  5e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0828  hypothetical protein  28.29 
 
 		 1339 aa  135  5e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.215826  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03250  hypothetical protein  28.04 
 
 		 1347 aa  134  9e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0416  hypothetical protein  27.16 
 
 		 536 aa  134  1.0000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1179  hypothetical protein  27.11 
 
 		 1452 aa  133  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5355  hypothetical protein  25.05 
 
 		 1409 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.614954  normal  0.368867 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4784  hypothetical protein  25.92 
 
 		 1365 aa  129  3e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0358899 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4499  putative DNA methylase  24.45 
 
 		 921 aa  127  9e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.154819  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15580  Type II restriction enzyme, methylase subunit  27.35 
 
 		 926 aa  126  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000708191  unclonable  6.0148299999999996e-21 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3678  hypothetical protein  25.32 
 
 		 1461 aa  120  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0261  type II restriction enzyme, methylase subunit  28.95 
 
 		 909 aa  118  5e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.504808  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3315  type II restriction enzyme, methylase subunit  28.78 
 
 		 929 aa  118  5e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2323  hypothetical protein  24.94 
 
 		 1366 aa  112  4.0000000000000004e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.771882  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3847  hypothetical protein  22.96 
 
 		 1441 aa  103  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0166021 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2201  hypothetical protein  23.96 
 
 		 512 aa  85.5  0.000000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00286901  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1501  protein of unknown function DUF450  20.83 
 
 		 974 aa  82  0.00000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000140584  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1333  protein of unknown function DUF450  24.8 
 
 		 995 aa  79  0.0000000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.126844  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2899  N6 adenine-specific DNA methyltransferase protein, N12 class  29.57 
 
 		 333 aa  75.9  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0231414 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1426  RNA-binding region RNP-1  25 
 
 		 430 aa  73.2  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1892  protein of unknown function DUF450  21.25 
 
 		 1058 aa  64.7  0.000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2592  hypothetical protein  26.57 
 
 		 1339 aa  64.7  0.000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.565404  hitchhiker  0.000489463 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3055  protein of unknown function DUF450  23.42 
 
 		 950 aa  63.9  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0354  putative type II DNA modification enzyme  27.8 
 
 		 1319 aa  63.5  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.257085  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7690  putative type II restriction enzyme, methylase subunit  24.27 
 
 		 622 aa  59.7  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.212385 
 
 
-
 
NC_002950  PG1469  type I restriction-modification system, M subunit, putative  25.81 
 
 		 1002 aa  58.9  0.0000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1882  hypothetical protein  26.96 
 
 		 1422 aa  58.5  0.0000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1525  hypothetical protein  29.27 
 
 		 1459 aa  58.2  0.0000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0847093 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1159  hypothetical protein  23.53 
 
 		 1036 aa  57.8  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1948  DNA modification methylase  23.44 
 
 		 1089 aa  55.8  0.000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.89671  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1310  N-6 DNA methylase  25.34 
 
 		 1041 aa  55.1  0.000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.881884  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0460  hypothetical protein  27.81 
 
 		 1373 aa  54.7  0.000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.655713  hitchhiker  0.000401814 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3351  hypothetical protein  24.89 
 
 		 1338 aa  53.9  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.465815  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4725  hypothetical protein  22.76 
 
 		 1022 aa  53.1  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4598  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like  24.09 
 
 		 416 aa  52.4  0.00004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0272  putative type II DNA modification enzyme  23.81 
 
 		 1322 aa  52.4  0.00005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3285  putative restriction/modification enzyme  30.88 
 
 		 1432 aa  52  0.00006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3219  hypothetical protein  24.05 
 
 		 1298 aa  50.8  0.0001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2649  protein of unknown function DUF559  25.6 
 
 		 1712 aa  50.8  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2017  putative type II DNA modification enzyme  24.07 
 
 		 1354 aa  50.1  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610928 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0182  hypothetical protein  23 
 
 		 1039 aa  50.4  0.0002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1545  putative type II DNA modification enzyme  24.47 
 
 		 1318 aa  49.7  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3141  N-6 DNA methylase  22.52 
 
 		 746 aa  48.9  0.0005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1239  putative type II DNA modification enzyme  23.81 
 
 		 1336 aa  48.5  0.0006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0932763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1707  restriction/modification enzyme  23.85 
 
 		 1343 aa  47.4  0.001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.544038  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0441  hypothetical protein  23.3 
 
 		 1426 aa  47.4  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.141765 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2670  putative type II DNA modification enzyme  23.67 
 
 		 1306 aa  47.8  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.554607  normal  0.580872 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4701  hypothetical protein  26.04 
 
 		 795 aa  47.4  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.313867 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1958  hypothetical protein  25.16 
 
 		 1333 aa  47  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0326  hypothetical protein  25.57 
 
 		 1184 aa  46.6  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.253006  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3412  Eco57I restriction endonuclease  22.96 
 
 		 1159 aa  45.4  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.904901 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0993  Eco57I restriction endonuclease  23.29 
 
 		 595 aa  45.1  0.006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.544878  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2547  type IIS restriction endonuclease, putative  24.45 
 
 		 1076 aa  45.1  0.006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00176401  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1457  type I restriction-modification system, M subunit, putative  24.07 
 
 		 684 aa  45.1  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1534  hypothetical protein  30.29 
 
 		 1120 aa  45.1  0.007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1956  putative type II DNA modification enzyme  33.33 
 
 		 1055 aa  44.3  0.01  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129503  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>