62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4499 on replicon NC_007960
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_0261  type II restriction enzyme, methylase subunit  62.34 
 
 		 909 aa  1161    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.504808  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15580  Type II restriction enzyme, methylase subunit  62.7 
 
 		 926 aa  1191    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000708191  unclonable  6.0148299999999996e-21 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5334  type II restriction enzyme methylase subunit  64.36 
 
 		 926 aa  1204    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4499  putative DNA methylase  100 
 
 		 921 aa  1909    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.154819  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1287  putative DNA methylase  60.02 
 
 		 932 aa  1107    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000167364 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3315  type II restriction enzyme, methylase subunit  51.85 
 
 		 929 aa  922    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1748  putative DNA methylase  60.45 
 
 		 928 aa  1133    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.431397 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1962  type II restriction enzyme, methylase subunit  58.44 
 
 		 918 aa  1086    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0531091  normal  0.121709 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2530  putative DNA methylase  63.85 
 
 		 928 aa  1202    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0253553  hitchhiker  0.000494571 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0759  hypothetical protein  37.42 
 
 		 912 aa  625  1e-177  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.231322  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1465  hypothetical protein  35.11 
 
 		 914 aa  554  1e-156  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.152551  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7690  putative type II restriction enzyme, methylase subunit  52.44 
 
 		 622 aa  550  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.212385 
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0028  hypothetical protein  35.19 
 
 		 916 aa  539  9.999999999999999e-153  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3043  hypothetical protein  34.41 
 
 		 871 aa  522  1e-147  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.743399  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0478  hypothetical protein  31.96 
 
 		 908 aa  464  1e-129  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1309  methylase  32.06 
 
 		 933 aa  449  1.0000000000000001e-124  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00329115  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5634  methylase  33.18 
 
 		 937 aa  436  1e-121  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1744  DNA methyltransferase  31.35 
 
 		 909 aa  419  9.999999999999999e-116  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000656447  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4906  hypothetical protein  31.65 
 
 		 941 aa  402  9.999999999999999e-111  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2607  methylase  32.17 
 
 		 928 aa  397  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.483035  decreased coverage  0.00951903 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2250  hypothetical protein  31.67 
 
 		 929 aa  396  1e-109  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5513  hypothetical protein  31.28 
 
 		 934 aa  392  1e-107  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.032293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009516  PsycPRwf_2393  Type II restriction enzyme methylase subunits-like protein  31.27 
 
 		 934 aa  382  1e-104  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.233566  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0176  type II restriction enzyme methylase subunits- like protein  31.28 
 
 		 919 aa  367  1e-100  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4502  hypothetical protein  30.48 
 
 		 955 aa  359  9.999999999999999e-98  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.264892 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3845  DNA modification methyltransferase-related protein  24.45 
 
 		 978 aa  127  8.000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0841462  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3238  hypothetical protein  24.19 
 
 		 1184 aa  122  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0308131  normal  0.512831 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4156  hypothetical protein  22.77 
 
 		 1151 aa  114  6e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3686  hypothetical protein  25.15 
 
 		 918 aa  112  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.619967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2902  N6 adenine-specific DNA methyltransferase protein, N12 class  26.85 
 
 		 621 aa  110  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00367965 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1365  hypothetical protein  22.94 
 
 		 925 aa  107  9e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2985  hypothetical protein  24.76 
 
 		 1173 aa  103  1e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0952598  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3857  hypothetical protein  26.45 
 
 		 973 aa  101  8e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.663936  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0349  hypothetical protein  56.84 
 
 		 115 aa  98.2  6e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0270538  n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4987  hypothetical protein  23.84 
 
 		 1154 aa  90.9  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.0015789  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2740  hypothetical protein  24.53 
 
 		 1018 aa  90.5  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1460  Type II restriction enzyme methylase subunits-like  23.56 
 
 		 1186 aa  84.7  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.811371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010374  M446_7058  hypothetical protein  23.26 
 
 		 1188 aa  80.9  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.48722  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4327  hypothetical protein  23.19 
 
 		 1170 aa  78.2  0.0000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3225  hypothetical protein  31.53 
 
 		 869 aa  70.9  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2323  hypothetical protein  22.2 
 
 		 1366 aa  63.5  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.771882  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1300  hypothetical protein  23.06 
 
 		 1282 aa  63.2  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1272  hypothetical protein  22.3 
 
 		 1353 aa  63.5  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1326  hypothetical protein  24.03 
 
 		 1321 aa  62.4  0.00000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2544  hypothetical protein  21.93 
 
 		 1346 aa  61.2  0.00000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0868504  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1615  hypothetical protein  34.48 
 
 		 97 aa  60.8  0.0000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000631366  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3519  N-6 DNA methylase  21.63 
 
 		 694 aa  58.5  0.0000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0416  hypothetical protein  19.53 
 
 		 536 aa  53.5  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5355  hypothetical protein  22.67 
 
 		 1409 aa  52.8  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.614954  normal  0.368867 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0748  N-6 DNA methylase  23.83 
 
 		 504 aa  52  0.00005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000203871 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3847  hypothetical protein  24.49 
 
 		 1441 aa  50.8  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0166021 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3219  hypothetical protein  25.44 
 
 		 1298 aa  50.1  0.0002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0465  hypothetical protein  22.22 
 
 		 1347 aa  48.9  0.0005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0223  hypothetical protein  21.47 
 
 		 1342 aa  48.5  0.0006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0122903 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1333  protein of unknown function DUF450  27.57 
 
 		 995 aa  48.5  0.0006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.126844  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0884  hypothetical protein  22.22 
 
 		 1290 aa  48.1  0.0007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2538  hypothetical protein  21.85 
 
 		 1243 aa  47.8  0.0009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00255392 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1031  N-6 DNA methylase  24.02 
 
 		 477 aa  47.8  0.0009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.11238  normal  0.336468 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2163  hypothetical protein  22.57 
 
 		 1104 aa  46.6  0.002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0182  hypothetical protein  24.27 
 
 		 1039 aa  45.8  0.004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2592  hypothetical protein  23.55 
 
 		 1339 aa  45.4  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.565404  hitchhiker  0.000489463 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4784  hypothetical protein  23.67 
 
 		 1365 aa  44.7  0.008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0358899 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>