75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3857 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009972  Haur_1365  hypothetical protein  43.48 
 
 		 925 aa  769    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3857  hypothetical protein  100 
 
 		 973 aa  1992    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.663936  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3686  hypothetical protein  49.48 
 
 		 918 aa  905    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.619967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2902  N6 adenine-specific DNA methyltransferase protein, N12 class  42.12 
 
 		 621 aa  475  1e-132  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00367965 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4987  hypothetical protein  31.68 
 
 		 1154 aa  409  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.0015789  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4156  hypothetical protein  31.36 
 
 		 1151 aa  400  9.999999999999999e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2985  hypothetical protein  29.03 
 
 		 1173 aa  393  1e-108  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0952598  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4327  hypothetical protein  32.22 
 
 		 1170 aa  390  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2740  hypothetical protein  30.44 
 
 		 1018 aa  379  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3238  hypothetical protein  29.87 
 
 		 1184 aa  368  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0308131  normal  0.512831 
 
 
-
 
NC_010374  M446_7058  hypothetical protein  28.49 
 
 		 1188 aa  358  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.48722  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1460  Type II restriction enzyme methylase subunits-like  30.34 
 
 		 1186 aa  356  1e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.811371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3225  hypothetical protein  29.29 
 
 		 869 aa  259  1e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3845  DNA modification methyltransferase-related protein  26.68 
 
 		 978 aa  246  9.999999999999999e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0841462  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2899  N6 adenine-specific DNA methyltransferase protein, N12 class  43.29 
 
 		 333 aa  226  2e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0231414 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0176  type II restriction enzyme methylase subunits- like protein  24.81 
 
 		 919 aa  158  6e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009516  PsycPRwf_2393  Type II restriction enzyme methylase subunits-like protein  23.38 
 
 		 934 aa  157  9e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.233566  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1744  DNA methyltransferase  22.21 
 
 		 909 aa  155  2.9999999999999998e-36  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000656447  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3043  hypothetical protein  22.81 
 
 		 871 aa  154  5.9999999999999996e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.743399  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5634  methylase  26.7 
 
 		 937 aa  151  7e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0478  hypothetical protein  25.73 
 
 		 908 aa  145  3e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0759  hypothetical protein  22.49 
 
 		 912 aa  141  7e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.231322  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1426  RNA-binding region RNP-1  29.71 
 
 		 430 aa  141  7e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2607  methylase  27.55 
 
 		 928 aa  140  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.483035  decreased coverage  0.00951903 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3315  type II restriction enzyme, methylase subunit  24.31 
 
 		 929 aa  138  5e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1962  type II restriction enzyme, methylase subunit  25.47 
 
 		 918 aa  130  9.000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0531091  normal  0.121709 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2727  hypothetical protein  30.2 
 
 		 1363 aa  129  4.0000000000000003e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0332974  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0028  hypothetical protein  26.05 
 
 		 916 aa  128  4.0000000000000003e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1309  methylase  24.96 
 
 		 933 aa  128  6e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00329115  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15580  Type II restriction enzyme, methylase subunit  24.45 
 
 		 926 aa  127  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000708191  unclonable  6.0148299999999996e-21 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03250  hypothetical protein  30.81 
 
 		 1347 aa  126  2e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4502  hypothetical protein  24.26 
 
 		 955 aa  125  3e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.264892 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1465  hypothetical protein  25.29 
 
 		 914 aa  125  3e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.152551  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1287  putative DNA methylase  25.93 
 
 		 932 aa  119  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000167364 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5334  type II restriction enzyme methylase subunit  23.76 
 
 		 926 aa  118  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2544  hypothetical protein  27.17 
 
 		 1346 aa  116  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0868504  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0465  hypothetical protein  26.6 
 
 		 1347 aa  113  1.0000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2250  hypothetical protein  22.95 
 
 		 929 aa  113  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5513  hypothetical protein  23.58 
 
 		 934 aa  113  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.032293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1326  hypothetical protein  29.06 
 
 		 1321 aa  111  7.000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0261  type II restriction enzyme, methylase subunit  27.45 
 
 		 909 aa  110  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.504808  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1748  putative DNA methylase  24.37 
 
 		 928 aa  110  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.431397 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3678  hypothetical protein  29.78 
 
 		 1461 aa  109  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2530  putative DNA methylase  24.71 
 
 		 928 aa  106  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0253553  hitchhiker  0.000494571 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0812  hypothetical protein  25.82 
 
 		 1339 aa  104  8e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0828  hypothetical protein  25.82 
 
 		 1339 aa  104  8e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.215826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5355  hypothetical protein  27.33 
 
 		 1409 aa  102  4e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.614954  normal  0.368867 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0223  hypothetical protein  26.36 
 
 		 1342 aa  102  5e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0122903 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0416  hypothetical protein  29.26 
 
 		 536 aa  101  6e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3847  hypothetical protein  26.42 
 
 		 1441 aa  101  7e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0166021 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4499  putative DNA methylase  26.45 
 
 		 921 aa  100  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.154819  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2728  hypothetical protein  25.5 
 
 		 1440 aa  100  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.935327 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2538  hypothetical protein  29.54 
 
 		 1243 aa  94.4  9e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00255392 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4784  hypothetical protein  26.18 
 
 		 1365 aa  94.4  1e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0358899 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1179  hypothetical protein  26.78 
 
 		 1452 aa  91.3  8e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2323  hypothetical protein  25.5 
 
 		 1366 aa  86.3  0.000000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.771882  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4906  hypothetical protein  25.36 
 
 		 941 aa  85.5  0.000000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1300  hypothetical protein  24.74 
 
 		 1282 aa  82.4  0.00000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1272  hypothetical protein  24.65 
 
 		 1353 aa  79  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0884  hypothetical protein  25.71 
 
 		 1290 aa  77  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2486  hypothetical protein  37.38 
 
 		 123 aa  77.4  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.658764  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3224  hypothetical protein  31.25 
 
 		 332 aa  63.5  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0409267  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1501  protein of unknown function DUF450  23.91 
 
 		 974 aa  63.2  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000140584  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1310  N-6 DNA methylase  22.22 
 
 		 1041 aa  59.3  0.0000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.881884  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2201  hypothetical protein  23.58 
 
 		 512 aa  54.3  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00286901  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2731  putative type II DNA modification enzyme  35.9 
 
 		 1338 aa  47.8  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0748  N-6 DNA methylase  23.08 
 
 		 504 aa  47  0.002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000203871 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3322  hypothetical protein  23.33 
 
 		 1210 aa  47  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.178682  hitchhiker  0.00000120393 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2670  putative type II DNA modification enzyme  26.89 
 
 		 1306 aa  45.8  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.554607  normal  0.580872 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1326  hypothetical protein  40.32 
 
 		 1141 aa  45.4  0.005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.770705  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3285  putative restriction/modification enzyme  23.71 
 
 		 1432 aa  45.4  0.005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2397  hypothetical protein  25.88 
 
 		 792 aa  45.4  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0354  putative type II DNA modification enzyme  27.69 
 
 		 1319 aa  45.1  0.006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.257085  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3219  hypothetical protein  23.05 
 
 		 1298 aa  45.1  0.006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3298  putative type II DNA modification enzyme  29.49 
 
 		 1322 aa  44.7  0.008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>