85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3238 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011662  Tmz1t_2740  hypothetical protein  48.23 
 
 		 1018 aa  947    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010374  M446_7058  hypothetical protein  43.77 
 
 		 1188 aa  906    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.48722  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2985  hypothetical protein  46 
 
 		 1173 aa  1033    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0952598  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3238  hypothetical protein  100 
 
 		 1184 aa  2423    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0308131  normal  0.512831 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4156  hypothetical protein  42.62 
 
 		 1151 aa  882    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4987  hypothetical protein  41.91 
 
 		 1154 aa  841    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.0015789  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3225  hypothetical protein  42.84 
 
 		 869 aa  668    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4327  hypothetical protein  42.36 
 
 		 1170 aa  852    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1460  Type II restriction enzyme methylase subunits-like  73.42 
 
 		 1186 aa  1703    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.811371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3686  hypothetical protein  30.94 
 
 		 918 aa  397  1e-109  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.619967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1365  hypothetical protein  30.18 
 
 		 925 aa  374  1e-102  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3857  hypothetical protein  30.58 
 
 		 973 aa  336  1e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.663936  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1426  RNA-binding region RNP-1  38.62 
 
 		 430 aa  279  2e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2902  N6 adenine-specific DNA methyltransferase protein, N12 class  29.81 
 
 		 621 aa  260  1e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00367965 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3224  hypothetical protein  51.25 
 
 		 332 aa  252  3e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0409267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3845  DNA modification methyltransferase-related protein  24.71 
 
 		 978 aa  224  9e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0841462  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3043  hypothetical protein  27.36 
 
 		 871 aa  181  7e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.743399  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0478  hypothetical protein  23.62 
 
 		 908 aa  174  5.999999999999999e-42  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1744  DNA methyltransferase  24.67 
 
 		 909 aa  166  3e-39  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000656447  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2607  methylase  25.55 
 
 		 928 aa  162  3e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.483035  decreased coverage  0.00951903 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1309  methylase  23.28 
 
 		 933 aa  160  2e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00329115  n/a   
 
 
-
 
NC_009516  PsycPRwf_2393  Type II restriction enzyme methylase subunits-like protein  22.86 
 
 		 934 aa  156  2e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.233566  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4502  hypothetical protein  25.16 
 
 		 955 aa  156  2e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.264892 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0176  type II restriction enzyme methylase subunits- like protein  23.27 
 
 		 919 aa  153  2e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2250  hypothetical protein  23.41 
 
 		 929 aa  152  4e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0759  hypothetical protein  23.58 
 
 		 912 aa  151  6e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.231322  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5513  hypothetical protein  23.69 
 
 		 934 aa  139  4e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.032293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5634  methylase  26.81 
 
 		 937 aa  138  5e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1300  hypothetical protein  26.2 
 
 		 1282 aa  137  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1465  hypothetical protein  22.95 
 
 		 914 aa  136  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.152551  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1272  hypothetical protein  27.37 
 
 		 1353 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3315  type II restriction enzyme, methylase subunit  23.69 
 
 		 929 aa  132  3e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2899  N6 adenine-specific DNA methyltransferase protein, N12 class  32.53 
 
 		 333 aa  131  7.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0231414 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2530  putative DNA methylase  23.73 
 
 		 928 aa  124  9e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0253553  hitchhiker  0.000494571 
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0028  hypothetical protein  27 
 
 		 916 aa  123  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1748  putative DNA methylase  23.67 
 
 		 928 aa  123  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.431397 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0884  hypothetical protein  25.54 
 
 		 1290 aa  122  3e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2544  hypothetical protein  27.16 
 
 		 1346 aa  122  3e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0868504  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1962  type II restriction enzyme, methylase subunit  21.55 
 
 		 918 aa  121  6e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0531091  normal  0.121709 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4499  putative DNA methylase  23.89 
 
 		 921 aa  121  7e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.154819  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2727  hypothetical protein  24.65 
 
 		 1363 aa  118  6e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0332974  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2323  hypothetical protein  29.24 
 
 		 1366 aa  118  6e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.771882  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1287  putative DNA methylase  23.77 
 
 		 932 aa  117  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000167364 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0223  hypothetical protein  27.29 
 
 		 1342 aa  116  3e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0122903 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15580  Type II restriction enzyme, methylase subunit  22.8 
 
 		 926 aa  113  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000708191  unclonable  6.0148299999999996e-21 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03250  hypothetical protein  27.91 
 
 		 1347 aa  112  5e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4784  hypothetical protein  27.16 
 
 		 1365 aa  112  5e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0358899 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0416  hypothetical protein  27.72 
 
 		 536 aa  111  9.000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4906  hypothetical protein  22.08 
 
 		 941 aa  108  7e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5355  hypothetical protein  25.11 
 
 		 1409 aa  105  4e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.614954  normal  0.368867 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2728  hypothetical protein  27.16 
 
 		 1440 aa  104  1e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.935327 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5334  type II restriction enzyme methylase subunit  24.76 
 
 		 926 aa  98.2  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0261  type II restriction enzyme, methylase subunit  24.65 
 
 		 909 aa  97.8  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.504808  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1326  hypothetical protein  25.35 
 
 		 1321 aa  92.4  5e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1501  protein of unknown function DUF450  23.34 
 
 		 974 aa  91.3  1e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000140584  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0465  hypothetical protein  26.44 
 
 		 1347 aa  90.5  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3847  hypothetical protein  23.6 
 
 		 1441 aa  86.7  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0166021 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0812  hypothetical protein  25.24 
 
 		 1339 aa  86.7  0.000000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0828  hypothetical protein  25.24 
 
 		 1339 aa  86.7  0.000000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.215826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2538  hypothetical protein  23.8 
 
 		 1243 aa  84.3  0.00000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00255392 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1179  hypothetical protein  23.5 
 
 		 1452 aa  64.3  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3678  hypothetical protein  24.96 
 
 		 1461 aa  63.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3285  putative restriction/modification enzyme  28.3 
 
 		 1432 aa  62  0.00000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4725  hypothetical protein  26.26 
 
 		 1022 aa  61.6  0.00000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3351  hypothetical protein  32.61 
 
 		 1338 aa  58.2  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.465815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1310  N-6 DNA methylase  22.6 
 
 		 1041 aa  57.8  0.000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.881884  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2592  hypothetical protein  32.41 
 
 		 1339 aa  57  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.565404  hitchhiker  0.000489463 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4770  putative type II DNA modification enzyme  27.45 
 
 		 1331 aa  55.5  0.000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.773591  normal  0.43682 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2741  hypothetical protein  41.38 
 
 		 118 aa  53.5  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0326  hypothetical protein  29.19 
 
 		 1184 aa  53.9  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.253006  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3055  protein of unknown function DUF450  25.51 
 
 		 950 aa  53.1  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2201  hypothetical protein  22.25 
 
 		 512 aa  52  0.00007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00286901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0724  putative type II DNA modification enzyme  27.17 
 
 		 1321 aa  51.6  0.00008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0460  hypothetical protein  32.3 
 
 		 1373 aa  51.2  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.655713  hitchhiker  0.000401814 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2731  putative type II DNA modification enzyme  28.49 
 
 		 1338 aa  50.8  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3219  hypothetical protein  25.97 
 
 		 1298 aa  50.1  0.0003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_260  hypothetical protein  33.33 
 
 		 1359 aa  49.3  0.0004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7831  putative type II DNA modification enzyme  24.26 
 
 		 1358 aa  49.3  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0558  type II restriction-modification enzyme  19.28 
 
 		 1186 aa  49.7  0.0004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0354  putative type II DNA modification enzyme  27.17 
 
 		 1319 aa  49.3  0.0005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.257085  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2017  putative type II DNA modification enzyme  30.34 
 
 		 1354 aa  48.1  0.0009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610928 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3298  putative type II DNA modification enzyme  27.01 
 
 		 1322 aa  47  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1882  hypothetical protein  30.28 
 
 		 1422 aa  46.2  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0299  hypothetical protein  32.11 
 
 		 1154 aa  45.1  0.008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.309485 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2670  putative type II DNA modification enzyme  27.75 
 
 		 1306 aa  45.1  0.008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.554607  normal  0.580872 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>