72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_1962 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7690  putative type II restriction enzyme, methylase subunit  60.96 
 
 		 622 aa  671    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.212385 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1962  type II restriction enzyme, methylase subunit  100 
 
 		 918 aa  1911    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0531091  normal  0.121709 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15580  Type II restriction enzyme, methylase subunit  63.08 
 
 		 926 aa  1178    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000708191  unclonable  6.0148299999999996e-21 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4499  putative DNA methylase  58.44 
 
 		 921 aa  1086    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.154819  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1748  putative DNA methylase  63.17 
 
 		 928 aa  1199    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.431397 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2530  putative DNA methylase  65.22 
 
 		 928 aa  1226    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0253553  hitchhiker  0.000494571 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5334  type II restriction enzyme methylase subunit  66.3 
 
 		 926 aa  1276    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3315  type II restriction enzyme, methylase subunit  53.03 
 
 		 929 aa  925    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0261  type II restriction enzyme, methylase subunit  58.71 
 
 		 909 aa  1073    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.504808  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1287  putative DNA methylase  64.69 
 
 		 932 aa  1212    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000167364 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0759  hypothetical protein  36.79 
 
 		 912 aa  585  1.0000000000000001e-165  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.231322  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1465  hypothetical protein  37.61 
 
 		 914 aa  570  1e-161  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.152551  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3043  hypothetical protein  37.34 
 
 		 871 aa  566  1e-160  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.743399  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0028  hypothetical protein  35.64 
 
 		 916 aa  548  1e-154  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1309  methylase  33.33 
 
 		 933 aa  450  1e-125  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00329115  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0478  hypothetical protein  32.7 
 
 		 908 aa  436  1e-120  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5634  methylase  33.1 
 
 		 937 aa  431  1e-119  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1744  DNA methyltransferase  31.47 
 
 		 909 aa  419  9.999999999999999e-116  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000656447  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2607  methylase  30.76 
 
 		 928 aa  412  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.483035  decreased coverage  0.00951903 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5513  hypothetical protein  31.88 
 
 		 934 aa  404  1e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.032293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0176  type II restriction enzyme methylase subunits- like protein  33.21 
 
 		 919 aa  398  1e-109  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009516  PsycPRwf_2393  Type II restriction enzyme methylase subunits-like protein  30.99 
 
 		 934 aa  386  1e-105  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.233566  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2250  hypothetical protein  31.82 
 
 		 929 aa  381  1e-104  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4906  hypothetical protein  31.38 
 
 		 941 aa  372  1e-101  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4502  hypothetical protein  31.18 
 
 		 955 aa  352  2e-95  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.264892 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3845  DNA modification methyltransferase-related protein  25.06 
 
 		 978 aa  172  3e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0841462  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3857  hypothetical protein  24.9 
 
 		 973 aa  131  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.663936  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2902  N6 adenine-specific DNA methyltransferase protein, N12 class  27.04 
 
 		 621 aa  130  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00367965 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4156  hypothetical protein  24.26 
 
 		 1151 aa  129  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2740  hypothetical protein  22.18 
 
 		 1018 aa  126  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1365  hypothetical protein  26.54 
 
 		 925 aa  124  9e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2985  hypothetical protein  26.01 
 
 		 1173 aa  122  3e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0952598  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3238  hypothetical protein  21.55 
 
 		 1184 aa  121  6e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0308131  normal  0.512831 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3686  hypothetical protein  26.51 
 
 		 918 aa  117  8.999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.619967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4987  hypothetical protein  25.47 
 
 		 1154 aa  116  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.0015789  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0349  hypothetical protein  60 
 
 		 115 aa  107  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0270538  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4327  hypothetical protein  21.69 
 
 		 1170 aa  106  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010374  M446_7058  hypothetical protein  25.63 
 
 		 1188 aa  102  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.48722  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1460  Type II restriction enzyme methylase subunits-like  27.47 
 
 		 1186 aa  94.7  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.811371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3225  hypothetical protein  24.54 
 
 		 869 aa  75.5  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2544  hypothetical protein  22 
 
 		 1346 aa  70.1  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0868504  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1310  N-6 DNA methylase  28.64 
 
 		 1041 aa  61.2  0.00000009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.881884  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1300  hypothetical protein  21.69 
 
 		 1282 aa  60.5  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1333  protein of unknown function DUF450  23.96 
 
 		 995 aa  59.7  0.0000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.126844  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2728  hypothetical protein  20.51 
 
 		 1440 aa  59.7  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.935327 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0223  hypothetical protein  23.54 
 
 		 1342 aa  60.1  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0122903 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1615  hypothetical protein  33.33 
 
 		 97 aa  58.5  0.0000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000631366  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0465  hypothetical protein  21.52 
 
 		 1347 aa  58.2  0.0000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2727  hypothetical protein  22.58 
 
 		 1363 aa  55.5  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0332974  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3519  N-6 DNA methylase  21.9 
 
 		 694 aa  55.1  0.000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0748  N-6 DNA methylase  21.96 
 
 		 504 aa  53.5  0.00002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000203871 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1179  hypothetical protein  21 
 
 		 1452 aa  51.6  0.00006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5355  hypothetical protein  22.49 
 
 		 1409 aa  51.2  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.614954  normal  0.368867 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1272  hypothetical protein  20.19 
 
 		 1353 aa  50.8  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3678  hypothetical protein  27.34 
 
 		 1461 aa  50.1  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0812  hypothetical protein  22.73 
 
 		 1339 aa  49.7  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0828  hypothetical protein  22.73 
 
 		 1339 aa  49.7  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.215826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0884  hypothetical protein  24.53 
 
 		 1290 aa  48.1  0.0007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0460  hypothetical protein  28 
 
 		 1373 aa  47.8  0.0008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.655713  hitchhiker  0.000401814 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1159  hypothetical protein  24.68 
 
 		 1036 aa  45.8  0.003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0339  putative restriction enzyme  36.14 
 
 		 1205 aa  45.8  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00710778  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5027  type II restriction enzyme  40.3 
 
 		 1180 aa  45.8  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.776061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2617  N-6 DNA methylase  28.09 
 
 		 673 aa  45.4  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2288  type II restriction enzyme  34.34 
 
 		 1160 aa  45.1  0.006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03250  hypothetical protein  23.02 
 
 		 1347 aa  45.1  0.006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04295  Type II restriction enzyme, methylase subunit  23.6 
 
 		 1020 aa  44.7  0.007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2493  type IIS restriction enzyme  39.13 
 
 		 1183 aa  44.7  0.007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02940  hypothetical protein  38.81 
 
 		 1140 aa  44.7  0.007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.45552  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02930  hypothetical protein  38.81 
 
 		 1131 aa  45.1  0.007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.264298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2210  type II restriction enzyme, methylase subunit  24.37 
 
 		 836 aa  44.7  0.008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000292861  normal  0.0590871 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2953  putative DNA methylase  36.99 
 
 		 1239 aa  44.7  0.009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.468848  normal  0.142335 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2592  hypothetical protein  22.19 
 
 		 1339 aa  44.7  0.009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.565404  hitchhiker  0.000489463 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>