85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1460 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2985  hypothetical protein  44.24 
 
 		 1173 aa  986    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0952598  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2740  hypothetical protein  47.26 
 
 		 1018 aa  926    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3238  hypothetical protein  73.83 
 
 		 1184 aa  1734    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0308131  normal  0.512831 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1460  Type II restriction enzyme methylase subunits-like  100 
 
 		 1186 aa  2427    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.811371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4327  hypothetical protein  40.19 
 
 		 1170 aa  807    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3225  hypothetical protein  41.03 
 
 		 869 aa  663    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010374  M446_7058  hypothetical protein  43.44 
 
 		 1188 aa  903    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.48722  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4156  hypothetical protein  40.88 
 
 		 1151 aa  834    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4987  hypothetical protein  41.19 
 
 		 1154 aa  835    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.0015789  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3686  hypothetical protein  31.76 
 
 		 918 aa  406  1e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.619967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1365  hypothetical protein  31.35 
 
 		 925 aa  403  9.999999999999999e-111  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3857  hypothetical protein  30.51 
 
 		 973 aa  342  2e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.663936  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3224  hypothetical protein  52.19 
 
 		 332 aa  261  4e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0409267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2902  N6 adenine-specific DNA methyltransferase protein, N12 class  29.07 
 
 		 621 aa  259  3e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00367965 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1426  RNA-binding region RNP-1  37.21 
 
 		 430 aa  253  1e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3845  DNA modification methyltransferase-related protein  26.23 
 
 		 978 aa  223  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0841462  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1744  DNA methyltransferase  22.86 
 
 		 909 aa  176  1.9999999999999998e-42  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000656447  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5634  methylase  23.69 
 
 		 937 aa  172  3e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3043  hypothetical protein  25.78 
 
 		 871 aa  172  5e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.743399  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0478  hypothetical protein  23.93 
 
 		 908 aa  169  2e-40  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0176  type II restriction enzyme methylase subunits- like protein  24.22 
 
 		 919 aa  165  6e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1309  methylase  24.38 
 
 		 933 aa  162  3e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00329115  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2607  methylase  23.16 
 
 		 928 aa  157  1e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.483035  decreased coverage  0.00951903 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2250  hypothetical protein  25.6 
 
 		 929 aa  147  1e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009516  PsycPRwf_2393  Type II restriction enzyme methylase subunits-like protein  23 
 
 		 934 aa  145  4e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.233566  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5513  hypothetical protein  23.68 
 
 		 934 aa  143  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.032293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1300  hypothetical protein  27.63 
 
 		 1282 aa  143  1.9999999999999998e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1465  hypothetical protein  23.66 
 
 		 914 aa  140  1e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.152551  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0759  hypothetical protein  22.13 
 
 		 912 aa  135  6.999999999999999e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.231322  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5355  hypothetical protein  26.79 
 
 		 1409 aa  124  7e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.614954  normal  0.368867 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03250  hypothetical protein  29.61 
 
 		 1347 aa  121  9e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1272  hypothetical protein  28.07 
 
 		 1353 aa  119  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2544  hypothetical protein  26.44 
 
 		 1346 aa  119  3e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0868504  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0028  hypothetical protein  27.39 
 
 		 916 aa  114  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2323  hypothetical protein  25.85 
 
 		 1366 aa  111  9.000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.771882  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0884  hypothetical protein  24.57 
 
 		 1290 aa  111  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4502  hypothetical protein  24.69 
 
 		 955 aa  109  3e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.264892 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2728  hypothetical protein  26.03 
 
 		 1440 aa  108  7e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.935327 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0465  hypothetical protein  27.75 
 
 		 1347 aa  107  1e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2538  hypothetical protein  26.89 
 
 		 1243 aa  106  3e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00255392 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0416  hypothetical protein  27.18 
 
 		 536 aa  103  1e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1287  putative DNA methylase  22.07 
 
 		 932 aa  103  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000167364 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3315  type II restriction enzyme, methylase subunit  25.73 
 
 		 929 aa  102  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0223  hypothetical protein  25.65 
 
 		 1342 aa  101  7e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0122903 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2899  N6 adenine-specific DNA methyltransferase protein, N12 class  35.22 
 
 		 333 aa  101  9e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0231414 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4784  hypothetical protein  27.21 
 
 		 1365 aa  101  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0358899 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3847  hypothetical protein  24.57 
 
 		 1441 aa  99.4  4e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0166021 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4906  hypothetical protein  21.44 
 
 		 941 aa  97.8  1e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2727  hypothetical protein  24.45 
 
 		 1363 aa  97.1  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0332974  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1326  hypothetical protein  26 
 
 		 1321 aa  95.1  7e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1962  type II restriction enzyme, methylase subunit  27.47 
 
 		 918 aa  94.7  8e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0531091  normal  0.121709 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1748  putative DNA methylase  21.88 
 
 		 928 aa  92.4  4e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.431397 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0261  type II restriction enzyme, methylase subunit  24.27 
 
 		 909 aa  90.9  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.504808  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3678  hypothetical protein  26.1 
 
 		 1461 aa  89.4  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15580  Type II restriction enzyme, methylase subunit  21.14 
 
 		 926 aa  88.6  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000708191  unclonable  6.0148299999999996e-21 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1501  protein of unknown function DUF450  23.13 
 
 		 974 aa  86.3  0.000000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000140584  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5334  type II restriction enzyme methylase subunit  23.81 
 
 		 926 aa  85.5  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4499  putative DNA methylase  23.56 
 
 		 921 aa  85.1  0.000000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.154819  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2530  putative DNA methylase  23.24 
 
 		 928 aa  80.9  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0253553  hitchhiker  0.000494571 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1179  hypothetical protein  25.77 
 
 		 1452 aa  79  0.0000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0812  hypothetical protein  24.57 
 
 		 1339 aa  77.4  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0828  hypothetical protein  24.57 
 
 		 1339 aa  77.4  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.215826  normal  1 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3285  putative restriction/modification enzyme  29.56 
 
 		 1432 aa  65.1  0.000000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4725  hypothetical protein  23.38 
 
 		 1022 aa  62.4  0.00000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3351  hypothetical protein  25.93 
 
 		 1338 aa  61.2  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.465815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4770  putative type II DNA modification enzyme  27.45 
 
 		 1331 aa  58.2  0.0000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.773591  normal  0.43682 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1310  N-6 DNA methylase  21.18 
 
 		 1041 aa  57  0.000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.881884  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3055  protein of unknown function DUF450  23.78 
 
 		 950 aa  56.6  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2592  hypothetical protein  23.86 
 
 		 1339 aa  55.8  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.565404  hitchhiker  0.000489463 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0326  hypothetical protein  27.88 
 
 		 1184 aa  53.5  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.253006  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2741  hypothetical protein  38.84 
 
 		 118 aa  53.9  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2201  hypothetical protein  21.74 
 
 		 512 aa  52.4  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00286901  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2731  putative type II DNA modification enzyme  26.42 
 
 		 1338 aa  49.7  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1882  hypothetical protein  31.21 
 
 		 1422 aa  48.5  0.0007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_260  hypothetical protein  34.44 
 
 		 1359 aa  47.8  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3298  putative type II DNA modification enzyme  26.17 
 
 		 1322 aa  47.8  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3412  Eco57I restriction endonuclease  27.91 
 
 		 1159 aa  48.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.904901 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7831  putative type II DNA modification enzyme  23.2 
 
 		 1358 aa  47.8  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1466  putative type II DNA modification enzyme  24.18 
 
 		 1219 aa  47.4  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.233784  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0354  putative type II DNA modification enzyme  27.75 
 
 		 1319 aa  47.4  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.257085  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0724  putative type II DNA modification enzyme  26.55 
 
 		 1321 aa  47.4  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2017  putative type II DNA modification enzyme  27.66 
 
 		 1354 aa  46.6  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610928 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0460  hypothetical protein  31.65 
 
 		 1373 aa  46.6  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.655713  hitchhiker  0.000401814 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1202  hypothetical protein  24 
 
 		 1282 aa  45.4  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.394642  hitchhiker  0.00171633 
 
 
-
 
NC_002950  PG1469  type I restriction-modification system, M subunit, putative  20.53 
 
 		 1002 aa  45.1  0.007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>