136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2728 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2728  hypothetical protein  100 
 
 		 1440 aa  2885    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.935327 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0812  hypothetical protein  41.24 
 
 		 1339 aa  869    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2727  hypothetical protein  56.94 
 
 		 1363 aa  1523    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0332974  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0465  hypothetical protein  49.76 
 
 		 1347 aa  1217    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3847  hypothetical protein  34.47 
 
 		 1441 aa  650    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0166021 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2544  hypothetical protein  61.5 
 
 		 1346 aa  1649    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0868504  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4784  hypothetical protein  41.95 
 
 		 1365 aa  909    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0358899 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0828  hypothetical protein  41.24 
 
 		 1339 aa  869    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.215826  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03250  hypothetical protein  42.23 
 
 		 1347 aa  910    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1179  hypothetical protein  37.28 
 
 		 1452 aa  757    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3678  hypothetical protein  38.28 
 
 		 1461 aa  780    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2323  hypothetical protein  38.82 
 
 		 1366 aa  818    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.771882  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5355  hypothetical protein  40.55 
 
 		 1409 aa  920    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.614954  normal  0.368867 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0223  hypothetical protein  30.19 
 
 		 1342 aa  518  1.0000000000000001e-145  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0122903 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1272  hypothetical protein  32.16 
 
 		 1353 aa  519  1.0000000000000001e-145  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1326  hypothetical protein  29.96 
 
 		 1321 aa  513  1e-143  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0416  hypothetical protein  50.2 
 
 		 536 aa  480  1e-134  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2199  hypothetical protein  39.49 
 
 		 846 aa  442  9.999999999999999e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1300  hypothetical protein  34.98 
 
 		 1282 aa  427  1e-118  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2538  hypothetical protein  37.05 
 
 		 1243 aa  412  1e-113  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00255392 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0884  hypothetical protein  34.42 
 
 		 1290 aa  407  1e-111  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2201  hypothetical protein  28.82 
 
 		 512 aa  153  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00286901  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0394  hypothetical protein  26.71 
 
 		 1581 aa  154  2e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3285  putative restriction/modification enzyme  29.39 
 
 		 1432 aa  143  3e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3845  DNA modification methyltransferase-related protein  26.99 
 
 		 978 aa  140  2e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0841462  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2985  hypothetical protein  26.35 
 
 		 1173 aa  139  4e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0952598  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4156  hypothetical protein  25.61 
 
 		 1151 aa  130  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1882  hypothetical protein  28.06 
 
 		 1422 aa  129  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010374  M446_7058  hypothetical protein  25.52 
 
 		 1188 aa  129  5e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.48722  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4327  hypothetical protein  27.55 
 
 		 1170 aa  127  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2740  hypothetical protein  27.65 
 
 		 1018 aa  124  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1707  restriction/modification enzyme  31.03 
 
 		 1343 aa  123  1.9999999999999998e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.544038  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3570  hypothetical protein  31.56 
 
 		 1022 aa  124  1.9999999999999998e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3438  hypothetical protein  30.5 
 
 		 1375 aa  122  4.9999999999999996e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2649  protein of unknown function DUF559  26.46 
 
 		 1712 aa  121  9.999999999999999e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3686  hypothetical protein  26.23 
 
 		 918 aa  121  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.619967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4987  hypothetical protein  27.82 
 
 		 1154 aa  119  3e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.0015789  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3225  hypothetical protein  25.08 
 
 		 869 aa  117  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4770  putative type II DNA modification enzyme  31.44 
 
 		 1331 aa  116  4.0000000000000004e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.773591  normal  0.43682 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1365  hypothetical protein  24.74 
 
 		 925 aa  115  5e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2540  hypothetical protein  26.32 
 
 		 1612 aa  115  7.000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.316751  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0441  hypothetical protein  25.74 
 
 		 1426 aa  114  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.141765 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1545  putative type II DNA modification enzyme  31.55 
 
 		 1318 aa  113  3e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2592  hypothetical protein  31.66 
 
 		 1339 aa  112  5e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.565404  hitchhiker  0.000489463 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0744  hypothetical protein  29.5 
 
 		 1709 aa  112  6e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1460  Type II restriction enzyme methylase subunits-like  26.47 
 
 		 1186 aa  108  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.811371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1315  hypothetical protein  24.59 
 
 		 1751 aa  105  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2017  putative type II DNA modification enzyme  29.74 
 
 		 1354 aa  105  7e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610928 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1466  putative type II DNA modification enzyme  41.72 
 
 		 1219 aa  105  9e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.233784  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3238  hypothetical protein  27.16 
 
 		 1184 aa  104  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0308131  normal  0.512831 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1421  putative type II DNA modification enzyme  22.7 
 
 		 1355 aa  103  2e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3351  hypothetical protein  39.43 
 
 		 1338 aa  102  6e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.465815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0460  hypothetical protein  30.81 
 
 		 1373 aa  100  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.655713  hitchhiker  0.000401814 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2731  putative type II DNA modification enzyme  36.81 
 
 		 1338 aa  100  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3298  putative type II DNA modification enzyme  39.88 
 
 		 1322 aa  100  3e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2670  putative type II DNA modification enzyme  36.31 
 
 		 1306 aa  100  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.554607  normal  0.580872 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3627  hypothetical protein  27.15 
 
 		 1098 aa  97.1  2e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7831  putative type II DNA modification enzyme  35.58 
 
 		 1358 aa  96.3  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1426  RNA-binding region RNP-1  27.32 
 
 		 430 aa  95.9  5e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0354  putative type II DNA modification enzyme  38.82 
 
 		 1319 aa  95.5  7e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.257085  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0724  putative type II DNA modification enzyme  38.18 
 
 		 1321 aa  94.7  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1239  putative type II DNA modification enzyme  37.89 
 
 		 1336 aa  92.8  4e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0932763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1956  putative type II DNA modification enzyme  36.2 
 
 		 1055 aa  89.4  5e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129503  n/a   
 
 
-
 
NC_011783  BbuZS7_E01  putative type I restriction/modofication enzyme  21.88 
 
 		 1277 aa  89  6e-16  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011781  BbuZS7_H19  type I restriction enzyme r protein (hsdr_n)  21.76 
 
 		 1278 aa  88.2  9e-16  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.218892  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1525  hypothetical protein  35.29 
 
 		 1459 aa  88.2  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0847093 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1958  hypothetical protein  36.14 
 
 		 1333 aa  86.7  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6769  hypothetical protein  30.5 
 
 		 1349 aa  85.9  0.000000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0033  hypothetical protein  32.46 
 
 		 1332 aa  85.5  0.000000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3412  Eco57I restriction endonuclease  22.54 
 
 		 1159 aa  84.7  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.904901 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3857  hypothetical protein  24.84 
 
 		 973 aa  85.1  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.663936  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1354  hypothetical protein  23.32 
 
 		 1579 aa  81.6  0.00000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1308  putative type II DNA modification enzyme  26.14 
 
 		 1442 aa  77.8  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.102171 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2163  hypothetical protein  25.69 
 
 		 1104 aa  74.7  0.00000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0353  type II restriction enzyme, methylase subunit  24.72 
 
 		 1573 aa  74.7  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3742  hypothetical protein  24.24 
 
 		 1575 aa  73.9  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4829  hypothetical protein  24.46 
 
 		 1640 aa  73.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35210  hypothetical protein  25.15 
 
 		 1546 aa  73.6  0.00000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.910685 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3884  hypothetical protein  24.32 
 
 		 1642 aa  72.4  0.00000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0272  putative type II DNA modification enzyme  36.65 
 
 		 1322 aa  71.2  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4895  type II restriction enzyme, methylase subunit  23.53 
 
 		 1640 aa  71.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1159  hypothetical protein  25.58 
 
 		 1036 aa  70.1  0.0000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5809  hypothetical protein  24.12 
 
 		 1644 aa  69.7  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1723  hypothetical protein  21.05 
 
 		 1299 aa  66.2  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000525658  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6570  hypothetical protein  34.32 
 
 		 926 aa  65.9  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1333  protein of unknown function DUF450  22.74 
 
 		 995 aa  65.5  0.000000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.126844  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0558  type II restriction-modification enzyme  29.17 
 
 		 1186 aa  65.1  0.000000009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1892  protein of unknown function DUF450  24.72 
 
 		 1058 aa  64.7  0.00000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3087  hypothetical protein  29.27 
 
 		 1572 aa  64.3  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0122082 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3043  hypothetical protein  21.95 
 
 		 871 aa  63.2  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.743399  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0789  hypothetical protein  20.11 
 
 		 1250 aa  63.2  0.00000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0713  hypothetical protein  20.11 
 
 		 1250 aa  62  0.00000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.441526  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1501  protein of unknown function DUF450  30.17 
 
 		 974 aa  61.2  0.0000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000140584  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04295  Type II restriction enzyme, methylase subunit  28.66 
 
 		 1020 aa  61.6  0.0000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0326  hypothetical protein  25.46 
 
 		 1184 aa  60.8  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.253006  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1417  hypothetical protein  27.95 
 
 		 1557 aa  60.1  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1962  type II restriction enzyme, methylase subunit  20.97 
 
 		 918 aa  59.7  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0531091  normal  0.121709 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5421  putative type II restriction enzyme, methylase subunit  27.81 
 
 		 1581 aa  58.5  0.0000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.689282 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2899  N6 adenine-specific DNA methyltransferase protein, N12 class  26.42 
 
 		 333 aa  58.2  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0231414 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15580  Type II restriction enzyme, methylase subunit  24.43 
 
 		 926 aa  57.4  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000708191  unclonable  6.0148299999999996e-21 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>