79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_2546 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010580  Bind_3732  helicase domain-containing protein  34.73 
 
 
1693 aa  857    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253895  normal  0.261793 
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0010  cpp14  32.48 
 
 
1932 aa  801    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0437256  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9162  helicase SNF2 family  35.73 
 
 
1697 aa  865    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1578  helicase domain-containing protein  75.09 
 
 
1642 aa  2494    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.149983 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4301  helicase, C-terminal  39.95 
 
 
1649 aa  1032    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.182147 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4259  helicase domain-containing protein  31.77 
 
 
2570 aa  741    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4747  helicase domain-containing protein  40.05 
 
 
1925 aa  692    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.099466  normal 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9541  helicase SNF2 family  35.63 
 
 
1701 aa  864    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.398827  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4173  helicase domain-containing protein  37.21 
 
 
1575 aa  794    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0264  hypothetical protein  36.19 
 
 
1748 aa  866    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3177  helicase domain protein  39.18 
 
 
2077 aa  1116    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4316  methyltransferase type 11  37.1 
 
 
1516 aa  833    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a002  DNA methylase/helicase  32.19 
 
 
1934 aa  802    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0978124  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4656  N-6 DNA methylase  36.54 
 
 
1700 aa  867    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4476  helicase-like  36.35 
 
 
1703 aa  856    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1824  helicase domain protein  38.77 
 
 
2098 aa  986    Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4295  helicase-like  40.61 
 
 
1726 aa  1202    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4973  helicase domain-containing protein  36.52 
 
 
1697 aa  860    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.664795 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2730  helicase domain protein  34.08 
 
 
1722 aa  668    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.52816  normal  0.452434 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2221  helicase, C-terminal  80.32 
 
 
1669 aa  2745    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.332048 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2546  helicase, C-terminal  100 
 
 
1669 aa  3432    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.26749 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4893  DEAD-like helicase  37.35 
 
 
1417 aa  744    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4742  N-6 DNA methylase  37.06 
 
 
1702 aa  882    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4540  helicase domain protein  37.89 
 
 
1606 aa  828    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4914  helicase  41.1 
 
 
1706 aa  1248    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6722  Methyltransferase type 11  32.18 
 
 
1674 aa  635  1e-180  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5280  methyltransferase type 11  33.33 
 
 
1594 aa  625  1e-177  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.00107926  unclonable  0.0024977 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0160  Cpp14  28.43 
 
 
2117 aa  622  1e-176  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.296407  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1280  SNF2 family protein  32.15 
 
 
2274 aa  607  9.999999999999999e-173  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.459246  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8083  helicase  36.1 
 
 
1211 aa  587  1e-166  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0239915  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0870  SNF2-related protein  37.31 
 
 
2005 aa  492  1e-137  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5796  helicase domain-containing protein  37.39 
 
 
976 aa  470  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00607211  hitchhiker  2.23463e-19 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4933  helicase domain protein  33.84 
 
 
1956 aa  463  9.999999999999999e-129  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1500  hypothetical protein  30.13 
 
 
763 aa  297  1e-78  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00538454 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4475  helicase domain-containing protein  31.85 
 
 
761 aa  282  4e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0387  putative DNA methylase  35.66 
 
 
766 aa  217  1.9999999999999998e-54  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8079  helicase SNF2 family  35 
 
 
470 aa  194  1e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.48311  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0847  hypothetical protein  30.53 
 
 
526 aa  164  1e-38  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000203105 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5797  methyltransferase type 11  31.14 
 
 
577 aa  150  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.295406  hitchhiker  4.23938e-17 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1466  SNF2 family helicase  22.72 
 
 
1379 aa  98.6  1e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.942792  normal  0.0166873 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3075  DEAD-like helicase  24.26 
 
 
1328 aa  91.3  2e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3018  helicase domain-containing protein  25.23 
 
 
678 aa  90.1  3e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1826  hypothetical protein  27.53 
 
 
442 aa  89.7  4e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6184  helicase domain protein  31.32 
 
 
284 aa  89.4  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0111751 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0796  hypothetical protein  26.99 
 
 
339 aa  80.1  0.0000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2349  hypothetical protein  26.14 
 
 
341 aa  69.7  0.0000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0743518  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1570  hypothetical protein  26.81 
 
 
341 aa  69.3  0.0000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.447914  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1468  adenine-specific DNA methylase  28.92 
 
 
254 aa  58.9  0.0000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00771536 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1276  hypothetical protein  23.94 
 
 
315 aa  54.7  0.00001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0854607  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2539  helicase domain-containing protein  31.19 
 
 
969 aa  53.1  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000371025  decreased coverage  0.000313651 
 
 
-
 
NC_011774  BCG9842_A0072  RecQ helicase, putative  26.45 
 
 
468 aa  52.8  0.00006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1768  hypothetical protein  23.96 
 
 
315 aa  52.8  0.00006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1803  hypothetical protein  23.96 
 
 
315 aa  52.8  0.00006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1599  helicase domain protein  28.35 
 
 
889 aa  52.4  0.00007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0244124  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3352  hypothetical protein  33.04 
 
 
919 aa  50.8  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.14559  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1303  helicase domain-containing protein  30.38 
 
 
669 aa  51.2  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5353  helicase domain protein  26.79 
 
 
894 aa  50.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.157102 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2488  putative RNA methylase  27.05 
 
 
604 aa  50.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1457  type IIS restriction/modification enzyme  24.71 
 
 
1256 aa  49.7  0.0004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0545  helicase-like  29.1 
 
 
910 aa  49.7  0.0005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0233  Type III restriction enzyme, res subunit  30.17 
 
 
900 aa  48.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.179652  decreased coverage  0.00064314 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3677  helicase, C-terminal:dead/deah box helicase, n-terminal  31.39 
 
 
1043 aa  48.5  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1345  helicase domain protein  31.97 
 
 
953 aa  48.5  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2172  helicase-like  28.47 
 
 
922 aa  48.5  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.338314  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0240  helicase domain-containing protein  32.61 
 
 
1116 aa  47.8  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956133  hitchhiker  0.00192271 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1544  helicase-like protein  27.54 
 
 
933 aa  47.8  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0329  type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  31.36 
 
 
557 aa  47.4  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0012  helicase-like protein  32.98 
 
 
924 aa  47  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1422  helicase domain protein  28.33 
 
 
958 aa  46.2  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  24.64 
 
 
1343 aa  46.2  0.005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0792  hypothetical protein  26.51 
 
 
573 aa  46.2  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0503  helicase domain-containing protein  34.44 
 
 
1147 aa  46.2  0.006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1301  helicase domain-containing protein  36.36 
 
 
958 aa  45.8  0.007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0106  helicase domain-containing protein  29.37 
 
 
443 aa  45.8  0.007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3449  N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N12 class  31.97 
 
 
389 aa  45.8  0.007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0262978  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2534  hypothetical protein  27.27 
 
 
563 aa  45.8  0.008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1325  SNF2-related helicase  32.1 
 
 
1082 aa  45.4  0.008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3559  helicase domain-containing protein  29.63 
 
 
941 aa  45.4  0.01  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.895393  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1176  helicase domain-containing protein  29.63 
 
 
941 aa  45.4  0.01  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>