More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0012 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_0545  helicase-like  47.06 
 
 
910 aa  813    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2172  helicase-like  50.05 
 
 
922 aa  898    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.338314  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0012  helicase-like protein  100 
 
 
924 aa  1884    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1352  helicase-like  87 
 
 
928 aa  1607    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0278  helicase domain protein  50 
 
 
915 aa  882    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1599  helicase domain protein  39.41 
 
 
889 aa  597  1e-169  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0244124  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3118  helicase-like  32.2 
 
 
1065 aa  122  3.9999999999999996e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.482312  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4237  helicase-like  32.2 
 
 
1065 aa  122  3.9999999999999996e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.00803691  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1312  helicase domain-containing protein  25.71 
 
 
1046 aa  113  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.372927  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0063  Type III restriction enzyme, res subunit  24.76 
 
 
962 aa  111  5e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1540  helicase domain protein  31.56 
 
 
1187 aa  109  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0100683  unclonable  0.000000000869975 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0288  helicase domain protein  23.47 
 
 
1037 aa  108  5e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0490  helicase domain protein  22.37 
 
 
1052 aa  97.8  9e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1425  helicase domain protein  20.6 
 
 
1051 aa  97.4  1e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1801  SNF2-related protein  28.57 
 
 
572 aa  95.1  5e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0724538  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3005  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  30.8 
 
 
1212 aa  94.7  7e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0387  helicase domain protein  33.19 
 
 
584 aa  91.7  6e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.358987  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1123  helicase domain protein  27.38 
 
 
966 aa  90.5  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0214668  normal  0.0288722 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1234  helicase domain protein  34.67 
 
 
1170 aa  90.5  1e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0795356  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3352  hypothetical protein  32.64 
 
 
919 aa  90.1  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.14559  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1086  helicase-like  28.05 
 
 
829 aa  90.1  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1123  helicase domain protein  32.85 
 
 
1169 aa  89.7  2e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0633  helicase domain-containing protein  33.81 
 
 
1169 aa  90.1  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2324  helicase domain protein  32.97 
 
 
1095 aa  89.4  3e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0826  helicase domain-containing protein  38.51 
 
 
1136 aa  89  4e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2756  helicase domain protein  32.76 
 
 
584 aa  88.6  5e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0816  helicase domain-containing protein  27.49 
 
 
933 aa  88.6  5e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0970467  normal  0.111384 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2144  helicase domain protein  35.48 
 
 
1160 aa  88.2  6e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.270016  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0152  helicase domain-containing protein  23.16 
 
 
1075 aa  87.8  8e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0594133  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2718  helicase domain-containing protein  35.95 
 
 
1170 aa  87.4  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00349209 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0656  DEAD/DEAH family helicase  33.88 
 
 
760 aa  86.7  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1341  helicase domain-containing protein  26.39 
 
 
921 aa  86.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134377 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3187  helicase domain protein  27.21 
 
 
969 aa  87  0.000000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2766  helicase domain-containing protein  31.9 
 
 
906 aa  86.7  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.388883  hitchhiker  0.00506204 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2099  helicase domain protein  37.89 
 
 
1194 aa  86.3  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2016  helicase domain-containing protein  33.68 
 
 
948 aa  86.7  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.302427 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1325  SNF2-related helicase  32.9 
 
 
1082 aa  86.3  0.000000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3320  SNF2 family helicase  30.65 
 
 
951 aa  86.3  0.000000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1920  helicase domain protein  26.75 
 
 
971 aa  85.9  0.000000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0464  helicase domain protein  28.28 
 
 
1044 aa  85.5  0.000000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0503  helicase domain-containing protein  29.17 
 
 
1147 aa  85.5  0.000000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0811  helicase-like protein  32.42 
 
 
1201 aa  85.5  0.000000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0827  helicase domain-containing protein  32.42 
 
 
1201 aa  85.5  0.000000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1596  helicase domain-containing protein  35.19 
 
 
1137 aa  85.1  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1492  helicase domain protein  26.24 
 
 
969 aa  84.7  0.000000000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0637  helicase domain protein  26.35 
 
 
1168 aa  84.7  0.000000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0202  helicase domain protein  34.36 
 
 
1170 aa  84.3  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0567319 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1877  helicase domain-containing protein  33.54 
 
 
1172 aa  84.3  0.000000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.464999  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03240  DNA/RNA helicase, superfamily II, SNF2 family  33.53 
 
 
1028 aa  84.3  0.00000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2729  helicase-like  34.95 
 
 
1165 aa  84  0.00000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.36993  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05330  DNA/RNA helicase, superfamily II, SNF2 family  30.84 
 
 
961 aa  83.6  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3846  helicase domain-containing protein  34.16 
 
 
1058 aa  83.2  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.064852 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08850  helicase domain protein  31.58 
 
 
467 aa  82.4  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000230967  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1953  helicase domain-containing protein  24.65 
 
 
967 aa  82.8  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4785  helicase domain-containing protein  37.96 
 
 
724 aa  82.8  0.00000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0599344  normal  0.582969 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5493  helicase-like protein  29.52 
 
 
1069 aa  82.4  0.00000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal  0.0695829 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1846  helicase domain-containing protein  29.9 
 
 
1170 aa  82.4  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4083  non-specific serine/threonine protein kinase  27.54 
 
 
560 aa  82.4  0.00000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5893  helicase domain-containing protein  29.52 
 
 
1069 aa  82.4  0.00000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1945  helicase domain protein  25.73 
 
 
949 aa  82  0.00000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1805  helicase domain-containing protein  33.11 
 
 
1013 aa  82  0.00000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0900  putative helicase  24.73 
 
 
560 aa  81.6  0.00000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3677  helicase, C-terminal:dead/deah box helicase, n-terminal  35.25 
 
 
1043 aa  81.6  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0240  helicase domain-containing protein  42.5 
 
 
1116 aa  80.5  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956133  hitchhiker  0.00192271 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1426  helicase domain protein  24.38 
 
 
915 aa  80.5  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1328  helicase domain protein  24.38 
 
 
916 aa  80.5  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4340  putative helicase  24.38 
 
 
560 aa  80.9  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.486196  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4359  putative helicase  26.69 
 
 
560 aa  80.5  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3286  helicase domain protein  26.88 
 
 
988 aa  80.9  0.0000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4306  helicase, putative  26.69 
 
 
560 aa  79.7  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4132  helicase  26.69 
 
 
560 aa  80.1  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3972  SNF2 family helicase  26.69 
 
 
560 aa  80.1  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3982  SNF2 family helicase  26.69 
 
 
560 aa  80.1  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0251  helicase  35.4 
 
 
541 aa  79.7  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.432976  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4128  helicase domain protein  33.33 
 
 
1131 aa  79.7  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.33452  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4450  helicase  26.69 
 
 
560 aa  80.1  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.982586  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0353  helicase-like  32.3 
 
 
933 aa  80.1  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2671  helicase domain protein  33.14 
 
 
949 aa  80.1  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.672635 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4248  putative helicase  26.69 
 
 
560 aa  80.1  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1602  helicase domain-containing protein  28.12 
 
 
1080 aa  80.1  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.602122  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1176  helicase domain-containing protein  27.34 
 
 
941 aa  79.7  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2726  helicase domain protein  30.23 
 
 
1057 aa  79.7  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.48932 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2524  SNF2-related helicase-like  24.1 
 
 
915 aa  79.3  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.180515  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1957  helicase domain-containing protein  35.16 
 
 
968 aa  79.3  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3376  helicase domain-containing protein  29.82 
 
 
877 aa  79.3  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3559  helicase domain-containing protein  27.34 
 
 
941 aa  79.7  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.895393  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2498  helicase domain protein  30.97 
 
 
774 aa  79  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1670  helicase domain protein  31.61 
 
 
1109 aa  79  0.0000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52390  helicase, Snf2 family  39.82 
 
 
929 aa  79  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1830  helicase domain-containing protein  28.73 
 
 
1053 aa  79  0.0000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0640  helicase-like  35.4 
 
 
972 aa  78.2  0.0000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.060382 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0259  helicase domain-containing protein  31.1 
 
 
578 aa  78.2  0.0000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3804  SNF2-related protein  29.34 
 
 
961 aa  77.8  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.502587  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2362  SNF2-related protein  31.11 
 
 
555 aa  77.8  0.0000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2545  helicase domain protein  35.29 
 
 
1038 aa  77.8  0.0000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0721063  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4903  type III restriction enzyme, res subunit  27.72 
 
 
963 aa  77  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.891445  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1660  helicase/SNF2 family domain protein  30.36 
 
 
805 aa  77.4  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2198  helicase domain-containing protein  35.33 
 
 
1046 aa  77.4  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.33194  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1609  helicase domain-containing protein  46.74 
 
 
1129 aa  77.8  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0461  helicase domain-containing protein  32.91 
 
 
986 aa  77.4  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.838477  unclonable  0.0000248811 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>