123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4476 on replicon NC_007960
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004116  SAG1280  SNF2 family protein  28.99 
 
 		 2274 aa  670    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.459246  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2221  helicase, C-terminal  36.46 
 
 		 1669 aa  847    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.332048 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2546  helicase, C-terminal  36.35 
 
 		 1669 aa  858    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.26749 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1824  helicase domain protein  32.46 
 
 		 2098 aa  761    Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4295  helicase-like  33.48 
 
 		 1726 aa  755    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4914  helicase  33.78 
 
 		 1706 aa  729    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4476  helicase-like  100 
 
 		 1703 aa  3460    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4656  N-6 DNA methylase  73.4 
 
 		 1700 aa  2509    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4316  methyltransferase type 11  74.82 
 
 		 1516 aa  2296    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4173  helicase domain-containing protein  35.29 
 
 		 1575 aa  766    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4747  helicase domain-containing protein  34.13 
 
 		 1925 aa  781    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.099466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4301  helicase, C-terminal  32.34 
 
 		 1649 aa  742    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.182147 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1578  helicase domain-containing protein  37.36 
 
 		 1642 aa  887    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.149983 
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0010  cpp14  31.88 
 
 		 1932 aa  693    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0437256  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0264  hypothetical protein  74.23 
 
 		 1748 aa  2533    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4742  N-6 DNA methylase  70.34 
 
 		 1702 aa  2409    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4893  DEAD-like helicase  75.25 
 
 		 1417 aa  2114    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4973  helicase domain-containing protein  76.29 
 
 		 1697 aa  2597    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.664795 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3732  helicase domain-containing protein  54.36 
 
 		 1693 aa  1785    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253895  normal  0.261793 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4540  helicase domain protein  35.58 
 
 		 1606 aa  769    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3177  helicase domain protein  33.88 
 
 		 2077 aa  908    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8083  helicase  69.45 
 
 		 1211 aa  1666    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0239915  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9162  helicase SNF2 family  71.18 
 
 		 1697 aa  2471    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9541  helicase SNF2 family  71.45 
 
 		 1701 aa  2449    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.398827  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a002  DNA methylase/helicase  31.94 
 
 		 1934 aa  692    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0978124  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4933  helicase domain protein  31.3 
 
 		 1956 aa  594  1e-168  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4259  helicase domain-containing protein  28.52 
 
 		 2570 aa  560  1e-157  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8079  helicase SNF2 family  63.09 
 
 		 470 aa  546  1e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.48311  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6722  Methyltransferase type 11  30.92 
 
 		 1674 aa  536  1e-151  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0160  Cpp14  27.19 
 
 		 2117 aa  525  1e-147  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.296407  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5280  methyltransferase type 11  34.31 
 
 		 1594 aa  505  1e-141  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.00107926  unclonable  0.0024977 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2730  helicase domain protein  32.96 
 
 		 1722 aa  449  1.0000000000000001e-124  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.52816  normal  0.452434 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5796  helicase domain-containing protein  35.12 
 
 		 976 aa  434  1e-120  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00607211  hitchhiker  2.23463e-19 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0870  SNF2-related protein  31.97 
 
 		 2005 aa  396  1e-108  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6184  helicase domain protein  59.29 
 
 		 284 aa  327  9e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0111751 
 
 
-
 
NC_002950  PG1500  hypothetical protein  30.33 
 
 		 763 aa  224  8e-57  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00538454 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4475  helicase domain-containing protein  26.63 
 
 		 761 aa  222  3.9999999999999997e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4314  adenine-specific DNA methylase-like protein  62.63 
 
 		 246 aa  217  1.9999999999999998e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.1972  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0387  putative DNA methylase  28.32 
 
 		 766 aa  198  9e-49  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5797  methyltransferase type 11  33.08 
 
 		 577 aa  170  2e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.295406  hitchhiker  4.23938e-17 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3075  DEAD-like helicase  23.19 
 
 		 1328 aa  141  1e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0847  hypothetical protein  32.4 
 
 		 526 aa  131  1.0000000000000001e-28  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000203105 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7033  hypothetical protein  51.55 
 
 		 97 aa  100  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0796  hypothetical protein  32.1 
 
 		 339 aa  100  4e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2349  hypothetical protein  30.89 
 
 		 341 aa  82  0.00000000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0743518  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1570  hypothetical protein  28.81 
 
 		 341 aa  79  0.0000000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.447914  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3018  helicase domain-containing protein  32.17 
 
 		 678 aa  78.2  0.000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5353  helicase domain protein  37.11 
 
 		 894 aa  68.6  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.157102 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1468  adenine-specific DNA methylase  28.18 
 
 		 254 aa  66.6  0.000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00771536 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5420  helicase domain-containing protein  37.11 
 
 		 1046 aa  62.8  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.795016 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1466  SNF2 family helicase  20.89 
 
 		 1379 aa  59.3  0.0000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.942792  normal  0.0166873 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1301  helicase domain-containing protein  25.42 
 
 		 958 aa  58.9  0.0000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1422  helicase domain protein  25 
 
 		 958 aa  58.2  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1544  helicase-like protein  29.91 
 
 		 933 aa  57.8  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2648  helicase domain protein  33.61 
 
 		 950 aa  57.8  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1957  helicase domain-containing protein  30.17 
 
 		 968 aa  58.2  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0554  modification methyltransferase  29.76 
 
 		 423 aa  57.4  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359419  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0461  helicase domain-containing protein  29.25 
 
 		 986 aa  56.6  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.838477  unclonable  0.0000248811 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2539  helicase domain-containing protein  32.53 
 
 		 969 aa  55.1  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000371025  decreased coverage  0.000313651 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0233  Type III restriction enzyme, res subunit  34.09 
 
 		 900 aa  54.3  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.179652  decreased coverage  0.00064314 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4785  helicase domain-containing protein  34.65 
 
 		 724 aa  53.9  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0599344  normal  0.582969 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1345  helicase domain protein  35.96 
 
 		 953 aa  54.7  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2730  helicase domain-containing protein  30.19 
 
 		 945 aa  53.5  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1271  helicase domain-containing protein  40 
 
 		 1177 aa  53.5  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0503  helicase domain-containing protein  29.36 
 
 		 1147 aa  53.9  0.00003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4142  N-6 DNA methylase  25.74 
 
 		 503 aa  53.9  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0240  helicase domain-containing protein  30.3 
 
 		 1116 aa  53.5  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956133  hitchhiker  0.00192271 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1599  helicase domain protein  44.83 
 
 		 889 aa  53.1  0.00004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0244124  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0811  helicase-like protein  34.65 
 
 		 1201 aa  52.8  0.00005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0827  helicase domain-containing protein  34.65 
 
 		 1201 aa  52.8  0.00005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2591  helicase domain protein  35.63 
 
 		 957 aa  52.8  0.00005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000604323 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3846  helicase domain-containing protein  29.63 
 
 		 1058 aa  52.8  0.00006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.064852 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2324  helicase domain protein  32.46 
 
 		 1095 aa  52.4  0.00007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3743  helicase domain protein  30.21 
 
 		 973 aa  51.6  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1325  SNF2-related helicase  30.07 
 
 		 1082 aa  51.6  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0545  helicase-like  33.33 
 
 		 910 aa  51.6  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2172  helicase-like  39.44 
 
 		 922 aa  51.6  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.338314  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35220  DNA/RNA helicase, superfamily II, SNF2 family  32.67 
 
 		 960 aa  52  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.608461 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1920  helicase domain protein  26.47 
 
 		 971 aa  51.6  0.0001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7832  helicase domain protein  33.68 
 
 		 941 aa  51.2  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1514  methyltransferase small  30.81 
 
 		 466 aa  51.2  0.0002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.271049  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3187  helicase domain protein  25.74 
 
 		 969 aa  51.2  0.0002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1415  N-6 DNA methylase  26.05 
 
 		 477 aa  50.4  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0877265  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1019  helicase domain protein  31.36 
 
 		 1160 aa  50.4  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0725  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  26.26 
 
 		 949 aa  50.1  0.0004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0219  helicase-like  38.96 
 
 		 840 aa  49.7  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000357618  hitchhiker  0.00781123 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1706  helicase domain protein  29.91 
 
 		 952 aa  50.1  0.0004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.703418  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1352  helicase-like  32.22 
 
 		 928 aa  49.7  0.0005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1236  helicase domain-containing protein  32.22 
 
 		 940 aa  49.7  0.0005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.546222  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2726  helicase domain protein  28.96 
 
 		 1057 aa  49.7  0.0005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.48932 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1177  helicase domain-containing protein  29.63 
 
 		 1031 aa  49.3  0.0006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.304258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1176  helicase domain-containing protein  37.84 
 
 		 941 aa  49.3  0.0006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3559  helicase domain-containing protein  37.84 
 
 		 941 aa  49.3  0.0006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.895393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3088  helicase domain-containing protein  33.33 
 
 		 956 aa  49.3  0.0006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.01898 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1843  type I restriction-modification system, M subunit  26.04 
 
 		 554 aa  49.3  0.0007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0279  hypothetical protein  32.23 
 
 		 285 aa  48.9  0.0008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.313315  normal  0.062823 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0329  type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  28.14 
 
 		 557 aa  48.9  0.0008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3680  SNF2-related:helicase, C-terminal  29.63 
 
 		 1045 aa  48.9  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0792  hypothetical protein  25.5 
 
 		 573 aa  48.9  0.0008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3118  helicase-like  29.27 
 
 		 1065 aa  48.5  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.482312  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>