More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0889 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0889  ABC transporter related  100 
 
 
368 aa  758    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0308  ABC transporter related  83.85 
 
 
356 aa  603  1.0000000000000001e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0758  ABC transporter related  78.1 
 
 
365 aa  542  1e-153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3947  ABC transporter related  74.14 
 
 
366 aa  518  1e-146  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0174728  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2524  ABC transporter, ATP-binding protein  63.82 
 
 
342 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340978  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5058  ABC transporter related  62.64 
 
 
360 aa  443  1e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.309189  normal  0.0933032 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2335  ABC transporter  62.57 
 
 
342 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.321614  normal  0.595854 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0750  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter ATPase  61.84 
 
 
363 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0659663  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4431  ABC transporter related  61.88 
 
 
363 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.140949  normal  0.44138 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5376  ABC transporter related  61.52 
 
 
360 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3541  ABC transporter related  61.52 
 
 
360 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6630  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  61.22 
 
 
363 aa  437  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00510446  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4728  ABC transporter related  61.56 
 
 
360 aa  435  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.871256  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3635  ABC transporter related  61.56 
 
 
360 aa  435  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.340284 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3205  ABC transporter related  62.04 
 
 
339 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4439  ABC transporter related  59.03 
 
 
348 aa  414  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6502  putative ABC transporter ATP-binding protein  62.32 
 
 
351 aa  409  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2703  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  52.84 
 
 
359 aa  377  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.76714  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6000  ABC transporter related  53.54 
 
 
356 aa  376  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0326013  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1896  ABC transporter related  52.71 
 
 
359 aa  374  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0892333  normal  0.42443 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7050  ABC transporter related  52.69 
 
 
356 aa  365  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.348083 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6542  ABC transporter related  50.57 
 
 
362 aa  355  1e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0867904 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4379  ABC transporter related  51.41 
 
 
355 aa  352  5.9999999999999994e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.803501 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4419  ABC transporter related  50.85 
 
 
356 aa  351  1e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1836  ABC transporter, atp_binding subunit  53.39 
 
 
364 aa  351  1e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.382756 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2706  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  55.04 
 
 
347 aa  344  1e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.251131  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8306  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  55.69 
 
 
347 aa  337  2.9999999999999997e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.646948  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0201  ABC transporter related  50.7 
 
 
350 aa  335  7.999999999999999e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.490731 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2951  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  52.44 
 
 
352 aa  314  9.999999999999999e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4232  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.41 
 
 
353 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4319  ABC transporter-related protein  46.11 
 
 
364 aa  313  2.9999999999999996e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.34288 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4680  ABC transporter related  47.62 
 
 
358 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0112  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  47.26 
 
 
353 aa  310  2.9999999999999997e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.178265  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3637  ABC transporter related  48.64 
 
 
347 aa  308  6.999999999999999e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.671698  normal  0.50975 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0102  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  46.97 
 
 
353 aa  306  3e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.12958  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2640  ABC transporter related  50.97 
 
 
353 aa  305  8.000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.151039  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4198  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  47.77 
 
 
356 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.722311 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0517  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.07 
 
 
356 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.105133  normal  0.328539 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2137  ABC transporter related  50.97 
 
 
353 aa  301  2e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1587  ABC transporter related protein  44.62 
 
 
367 aa  300  3e-80  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0224  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.63 
 
 
359 aa  300  4e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2900  ABC transporter related  50.32 
 
 
353 aa  299  6e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1237  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.96 
 
 
370 aa  297  2e-79  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1366  putative putrescine transport ATP-binding protein  44.54 
 
 
373 aa  297  2e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1478  ABC transporter, ATP-binding protein  47.24 
 
 
343 aa  297  2e-79  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00879269  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0790  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.45 
 
 
372 aa  296  4e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.279429 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0280  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  45.63 
 
 
384 aa  296  5e-79  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3284  ABC transporter related  43.77 
 
 
350 aa  295  6e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.77037  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1553  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.93 
 
 
362 aa  295  6e-79  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00925156  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0424  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.28 
 
 
368 aa  295  8e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2474  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.02 
 
 
353 aa  295  8e-79  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3041  ABC transporter related  45.08 
 
 
372 aa  293  4e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.383047  normal  0.901224 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2418  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  47.73 
 
 
363 aa  292  5e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0860  ABC transporter related  46.91 
 
 
353 aa  292  6e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1993  ABC transporter related  49.68 
 
 
352 aa  291  1e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.218449  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0784  ABC transporter related  46.28 
 
 
362 aa  291  1e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.294286  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0349  ABC transporter, ATPase subunit  49.35 
 
 
352 aa  290  2e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3948  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.27 
 
 
377 aa  290  2e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0770122  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3396  ABC opine/polyamine transporter, ATPase subunit  44.81 
 
 
372 aa  290  3e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1009  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.63 
 
 
382 aa  290  3e-77  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.753436  normal  0.193299 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1804  ABC-type spermidine/putrescine transport systems ATPase components-like protein  51.06 
 
 
527 aa  288  1e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04840  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  49.85 
 
 
363 aa  288  1e-76  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0947  ABC transporter related  50 
 
 
352 aa  288  1e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.72362  normal  0.167661 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0894  ABC transporter related  48.97 
 
 
370 aa  286  4e-76  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2349  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.32 
 
 
365 aa  286  4e-76  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542305 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4200  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.39 
 
 
372 aa  285  5.999999999999999e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0327  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein, putative  46.89 
 
 
355 aa  284  1.0000000000000001e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.100504  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1061  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  51.38 
 
 
366 aa  285  1.0000000000000001e-75  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0301  putative spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  46.89 
 
 
355 aa  285  1.0000000000000001e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00163011  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1548  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.7 
 
 
361 aa  283  3.0000000000000004e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3850  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.45 
 
 
356 aa  283  3.0000000000000004e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.60669 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1881  polyamine transport protein PotG  46.35 
 
 
381 aa  283  4.0000000000000003e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0497  ABC transporter component  46.27 
 
 
366 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4155  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.35 
 
 
359 aa  282  5.000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.486675  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2540  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  44.2 
 
 
364 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.534677 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7452  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.33 
 
 
374 aa  282  8.000000000000001e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.252559 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2401  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.18 
 
 
355 aa  281  1e-74  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3743  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.98 
 
 
370 aa  281  1e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0662  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  44.98 
 
 
347 aa  281  1e-74  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8492  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.7 
 
 
379 aa  281  2e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.19245  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0832  ABC transporter related  49.65 
 
 
344 aa  281  2e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4651  ABC transporter related  50 
 
 
367 aa  280  2e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2995  ABC transporter related protein  44.6 
 
 
384 aa  280  3e-74  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.264581  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3852  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.65 
 
 
358 aa  280  3e-74  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.429907  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2805  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.73 
 
 
381 aa  280  3e-74  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.593662 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0281  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.77 
 
 
354 aa  280  3e-74  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3930  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.45 
 
 
382 aa  280  4e-74  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.40128  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2751  ABC transporter related protein  45.91 
 
 
383 aa  279  4e-74  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.450304  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2408  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.53 
 
 
345 aa  279  5e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.65462  normal  0.048511 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2039  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  44.87 
 
 
356 aa  279  6e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2303  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  45.15 
 
 
381 aa  279  6e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3237  ABC transporter related  49.2 
 
 
353 aa  279  7e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.543822  normal  0.547453 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1284  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.99 
 
 
383 aa  279  7e-74  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0341676  normal  0.481379 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1247  ABC transporter related  48.73 
 
 
364 aa  278  7e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.198053  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1646  ABC transporter related  46.01 
 
 
352 aa  278  9e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.324172 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1534  polyamine transport protein PotA  46.36 
 
 
359 aa  278  9e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.25 
 
 
355 aa  278  1e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198407  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1592  ABC transporter related  40.51 
 
 
356 aa  278  1e-73  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.911818  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17640  polyamine transport protein PotA  46.22 
 
 
363 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3162  ABC transporter related  46.84 
 
 
341 aa  278  1e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>