More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3850 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_3850  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  100 
 
 
356 aa  731    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.60669 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1009  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.65 
 
 
382 aa  327  1.0000000000000001e-88  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.753436  normal  0.193299 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0023  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.2 
 
 
447 aa  322  9.000000000000001e-87  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.222017  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0280  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  47.5 
 
 
384 aa  320  1.9999999999999998e-86  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1061  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.22 
 
 
366 aa  315  6e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2840  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.25 
 
 
372 aa  314  9.999999999999999e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.803293  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0376  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.27 
 
 
380 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000938132  hitchhiker  0.00113993 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1534  polyamine transport protein PotA  49.24 
 
 
359 aa  312  6.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2912  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  48.61 
 
 
377 aa  311  1e-83  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1641  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.15 
 
 
372 aa  310  2e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1548  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.26 
 
 
361 aa  310  2.9999999999999997e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1114  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  45.82 
 
 
376 aa  309  4e-83  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.188638  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17640  polyamine transport protein PotA  48.33 
 
 
363 aa  308  9e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2039  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  48.01 
 
 
356 aa  308  1.0000000000000001e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0408  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.72 
 
 
380 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0661243  hitchhiker  0.000000930284 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7452  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.43 
 
 
374 aa  306  3e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.252559 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1935  spermidine/putrescine transport ATP-binding protein pota  46.15 
 
 
352 aa  305  5.0000000000000004e-82  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.672597  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3138  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.88 
 
 
423 aa  305  6e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.227563  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0311  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.26 
 
 
380 aa  305  7e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.671338  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2580  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.42 
 
 
348 aa  305  7e-82  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000472739  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0889  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.32 
 
 
348 aa  305  7e-82  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000209161  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0323  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.06 
 
 
357 aa  305  8.000000000000001e-82  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000345783  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3142  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  50.45 
 
 
361 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.891192  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2223  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  46.15 
 
 
349 aa  305  1.0000000000000001e-81  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.17 
 
 
355 aa  304  1.0000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.841303  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1366  putative putrescine transport ATP-binding protein  48.45 
 
 
373 aa  303  2.0000000000000002e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1881  polyamine transport protein PotG  45.15 
 
 
381 aa  304  2.0000000000000002e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3396  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.73 
 
 
382 aa  303  3.0000000000000004e-81  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1063  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  51.2 
 
 
354 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.50404 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2349  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.69 
 
 
365 aa  303  4.0000000000000003e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542305 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0301  putative spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  47.66 
 
 
355 aa  303  4.0000000000000003e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00163011  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2606  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.05 
 
 
388 aa  302  5.000000000000001e-81  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.115233  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1531  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.32 
 
 
353 aa  302  6.000000000000001e-81  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2303  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  43.94 
 
 
381 aa  302  7.000000000000001e-81  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2567  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  45.05 
 
 
388 aa  302  7.000000000000001e-81  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.571516  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2612  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.05 
 
 
388 aa  302  7.000000000000001e-81  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3930  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.44 
 
 
382 aa  301  8.000000000000001e-81  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.40128  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1117  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.41 
 
 
367 aa  301  1e-80  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.417968  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2789  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.57 
 
 
337 aa  301  1e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.669148  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6630  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.3 
 
 
363 aa  300  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00510446  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0872  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  45.71 
 
 
385 aa  300  3e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3387  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.9 
 
 
373 aa  299  4e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.397374  normal  0.592219 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3947  ABC transporter related  48.09 
 
 
366 aa  299  6e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0174728  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1284  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.93 
 
 
383 aa  299  6e-80  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0341676  normal  0.481379 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2137  ABC transporter related  45.74 
 
 
353 aa  298  7e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1263  putrescine transport ATP-binding protein PotG  45 
 
 
381 aa  298  9e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3927  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.63 
 
 
381 aa  298  1e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0916  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.03 
 
 
387 aa  298  1e-79  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0164  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.24 
 
 
379 aa  298  1e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0327  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein, putative  46.88 
 
 
355 aa  297  2e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.100504  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0341  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  47.27 
 
 
373 aa  297  2e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2400  ABC putrescine transporter, ATPase subunit  51.41 
 
 
334 aa  296  4e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0897  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.78 
 
 
358 aa  296  4e-79  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1960  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  44.6 
 
 
399 aa  296  4e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2167  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.06 
 
 
359 aa  295  6e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0820  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (putrescine)  45.96 
 
 
382 aa  295  7e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.768559  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2729  putrescine transporter ATP-binding subunit  45.28 
 
 
377 aa  295  8e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2644  putrescine transporter ATP-binding subunit  45.28 
 
 
377 aa  295  8e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1564  putrescine transporter ATP-binding subunit  45.28 
 
 
377 aa  295  8e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3954  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  48.81 
 
 
381 aa  295  8e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.320364  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3796  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.99 
 
 
360 aa  295  9e-79  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.327654  normal  0.344897 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3075  ABC transporter related  47.59 
 
 
357 aa  295  9e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.106558 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3948  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.55 
 
 
377 aa  295  1e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0770122  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2951  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  44.7 
 
 
352 aa  293  2e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1611  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  48.02 
 
 
381 aa  294  2e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.166117  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0568  ABC transporter related  41.46 
 
 
363 aa  294  2e-78  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0218426  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3041  ABC permidine/putrescine transporter, ATPase subunit  44.6 
 
 
365 aa  293  3e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1143  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  43.71 
 
 
364 aa  293  4e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1148  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  43.71 
 
 
364 aa  293  4e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2188  ABC transporter related  47.63 
 
 
331 aa  293  4e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.321359  normal  0.0854414 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2418  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  43.29 
 
 
363 aa  293  4e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3217  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.78 
 
 
352 aa  292  5e-78  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0511175  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0750  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.73 
 
 
352 aa  291  8e-78  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000146357  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1788  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.36 
 
 
370 aa  291  9e-78  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21300  ABC transporter, ATP binding component  46.77 
 
 
352 aa  291  1e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2815  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.83 
 
 
381 aa  291  1e-77  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.312837 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1592  ABC transporter related  45.4 
 
 
356 aa  291  1e-77  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.911818  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3724  ABC transporter related  45.22 
 
 
328 aa  290  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0149  ABC transporter-like protein  56.05 
 
 
343 aa  289  4e-77  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.661807  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2286  putrescine transporter ATP-binding subunit  44.29 
 
 
377 aa  289  4e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.58176  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3670  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  43.97 
 
 
373 aa  289  5.0000000000000004e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0102  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  44.76 
 
 
353 aa  289  5.0000000000000004e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.12958  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4770  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.9 
 
 
395 aa  289  6e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0201  ABC transporter related  47.8 
 
 
350 aa  289  6e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.490731 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0112  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  49.14 
 
 
353 aa  289  7e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.178265  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8306  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  48.45 
 
 
347 aa  288  7e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.646948  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1407  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.11 
 
 
370 aa  288  8e-77  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.890613  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3424  ABC transporter related  47.42 
 
 
328 aa  288  8e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3621  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.84 
 
 
340 aa  288  8e-77  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.247343 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3743  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.29 
 
 
370 aa  288  9e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3329  hypothetical protein  47.99 
 
 
349 aa  288  9e-77  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0596951  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1304  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  45.75 
 
 
378 aa  288  1e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01124  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  45.75 
 
 
378 aa  288  1e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.900215  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01132  hypothetical protein  45.75 
 
 
378 aa  288  1e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.815293  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1289  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  45.75 
 
 
378 aa  288  1e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1453  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.11 
 
 
368 aa  288  1e-76  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2477  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  45.75 
 
 
378 aa  288  1e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0899476  normal  0.634641 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1246  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  45.75 
 
 
378 aa  288  1e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.457204  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2521  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.75 
 
 
378 aa  287  2e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0234665  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0289  ABC transporter ATP-binding protein  52.7 
 
 
370 aa  287  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>