More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0308 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0308  ABC transporter related  100 
 
 
356 aa  729    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0889  ABC transporter related  83.85 
 
 
368 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0758  ABC transporter related  80.17 
 
 
365 aa  557  1e-157  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3947  ABC transporter related  75.93 
 
 
366 aa  535  1e-151  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0174728  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2524  ABC transporter, ATP-binding protein  64.33 
 
 
342 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340978  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6630  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  63.2 
 
 
363 aa  448  1e-125  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00510446  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5058  ABC transporter related  62.64 
 
 
360 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.309189  normal  0.0933032 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2335  ABC transporter  63.76 
 
 
342 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.321614  normal  0.595854 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3541  ABC transporter related  62.36 
 
 
360 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0750  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter ATPase  62.36 
 
 
363 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0659663  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5376  ABC transporter related  62.36 
 
 
360 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4431  ABC transporter related  62.08 
 
 
363 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.140949  normal  0.44138 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4728  ABC transporter related  62.36 
 
 
360 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.871256  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3635  ABC transporter related  62.36 
 
 
360 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.340284 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3205  ABC transporter related  63.66 
 
 
339 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4439  ABC transporter related  58.97 
 
 
348 aa  417  9.999999999999999e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6502  putative ABC transporter ATP-binding protein  62.43 
 
 
351 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6000  ABC transporter related  53.74 
 
 
356 aa  372  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0326013  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7050  ABC transporter related  54.02 
 
 
356 aa  368  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.348083 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1896  ABC transporter related  51.72 
 
 
359 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0892333  normal  0.42443 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2703  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  51.44 
 
 
359 aa  360  2e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.76714  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4419  ABC transporter related  51.41 
 
 
356 aa  358  9e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6542  ABC transporter related  50 
 
 
362 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0867904 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1836  ABC transporter, atp_binding subunit  53.33 
 
 
364 aa  348  7e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.382756 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4379  ABC transporter related  51.7 
 
 
355 aa  345  8e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.803501 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2706  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  55.17 
 
 
347 aa  339  4e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.251131  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0201  ABC transporter related  52.69 
 
 
350 aa  339  5e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.490731 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8306  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  56.13 
 
 
347 aa  336  5e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.646948  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2951  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  51.44 
 
 
352 aa  317  2e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2640  ABC transporter related  50.32 
 
 
353 aa  316  5e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.151039  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2137  ABC transporter related  51.14 
 
 
353 aa  311  2e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3637  ABC transporter related  50 
 
 
347 aa  308  8e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.671698  normal  0.50975 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2900  ABC transporter related  49.04 
 
 
353 aa  308  9e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4319  ABC transporter-related protein  47.8 
 
 
364 aa  308  1.0000000000000001e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.34288 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4232  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.39 
 
 
353 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4680  ABC transporter related  47.32 
 
 
358 aa  302  7.000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3041  ABC transporter related  47.51 
 
 
372 aa  301  1e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.383047  normal  0.901224 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1237  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50 
 
 
370 aa  301  2e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0790  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.24 
 
 
372 aa  300  2e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.279429 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1478  ABC transporter, ATP-binding protein  43.71 
 
 
343 aa  301  2e-80  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00879269  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1553  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.22 
 
 
362 aa  297  2e-79  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00925156  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3396  ABC opine/polyamine transporter, ATPase subunit  46.96 
 
 
372 aa  296  3e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0860  ABC transporter related  47.34 
 
 
353 aa  296  4e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0112  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  49.35 
 
 
353 aa  293  3e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.178265  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1587  ABC transporter related protein  42.64 
 
 
367 aa  293  3e-78  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2912  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  47.41 
 
 
377 aa  292  5e-78  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0442  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.48 
 
 
374 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.826065  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0102  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  49.03 
 
 
353 aa  291  1e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.12958  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0784  ABC transporter related  46.7 
 
 
362 aa  291  1e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.294286  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0280  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  44.97 
 
 
384 aa  290  2e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0947  ABC transporter related  49.53 
 
 
352 aa  290  3e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.72362  normal  0.167661 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1993  ABC transporter related  48.73 
 
 
352 aa  290  3e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.218449  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1061  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.28 
 
 
366 aa  290  4e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8492  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.78 
 
 
379 aa  290  4e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.19245  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0424  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.95 
 
 
368 aa  289  4e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0349  ABC transporter, ATPase subunit  48.58 
 
 
352 aa  289  5.0000000000000004e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0301  putative spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  46.27 
 
 
355 aa  289  5.0000000000000004e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00163011  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0662  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  40.51 
 
 
347 aa  288  8e-77  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0411  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  45.2 
 
 
374 aa  288  8e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0445  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.2 
 
 
374 aa  288  8e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04840  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  46.94 
 
 
363 aa  288  1e-76  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2418  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  47.31 
 
 
363 aa  288  1e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.31 
 
 
355 aa  287  2e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198407  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0747  ABC transporter ATP-binding protein  45.11 
 
 
369 aa  287  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.962273  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1366  putative putrescine transport ATP-binding protein  42.98 
 
 
373 aa  287  2e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4791  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.2 
 
 
374 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1009  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.79 
 
 
382 aa  287  2e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.753436  normal  0.193299 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0327  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein, putative  45.79 
 
 
355 aa  286  2.9999999999999996e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.100504  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3284  ABC transporter related  42.98 
 
 
350 aa  286  2.9999999999999996e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.77037  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2474  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.51 
 
 
353 aa  286  2.9999999999999996e-76  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2039  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  43.6 
 
 
356 aa  286  4e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4198  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  46.58 
 
 
356 aa  286  4e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.722311 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0832  ABC transporter related  49.51 
 
 
344 aa  286  4e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4200  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.71 
 
 
372 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4155  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.82 
 
 
359 aa  285  7e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.486675  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07860  putative ATP-binding component of ABC transporter  45.11 
 
 
369 aa  285  7e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0131341 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1930  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.35 
 
 
380 aa  285  8e-76  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00576419  hitchhiker  0.0000000435694 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2349  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.53 
 
 
365 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542305 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3850  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.75 
 
 
356 aa  285  1.0000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.60669 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4853  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.48 
 
 
376 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.685744  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4710  ABC transporter related  46.74 
 
 
359 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0388309 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0497  ABC transporter component  57.02 
 
 
366 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0224  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.55 
 
 
359 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3743  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.45 
 
 
370 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0281  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.86 
 
 
354 aa  283  4.0000000000000003e-75  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3754  ABC transporter related  47.13 
 
 
353 aa  282  5.000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.037176  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2580  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.11 
 
 
372 aa  282  5.000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4651  ABC transporter related  52.01 
 
 
367 aa  282  6.000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0517  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.93 
 
 
356 aa  281  9e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.105133  normal  0.328539 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2303  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  44.85 
 
 
381 aa  281  1e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3843  ABC transporter related  46.52 
 
 
353 aa  281  1e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1881  polyamine transport protein PotG  47.18 
 
 
381 aa  281  1e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3229  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.82 
 
 
408 aa  281  1e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0562  polyamine ABC transporter, ATP-binding protein  44.25 
 
 
374 aa  280  2e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4615  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  44.25 
 
 
374 aa  280  2e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.268203 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1061  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  41.73 
 
 
382 aa  280  2e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000354755  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7452  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.49 
 
 
374 aa  280  2e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.252559 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1284  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.77 
 
 
383 aa  280  3e-74  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0341676  normal  0.481379 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1548  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.94 
 
 
361 aa  280  3e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6063  ABC transporter related  45.22 
 
 
353 aa  279  4e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.127278  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>