More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1478 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_1478  ABC transporter, ATP-binding protein  100 
 
 
343 aa  686    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00879269  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1464  ABC-type spermidine/putrescine transport system, ATPase component  51.7 
 
 
350 aa  357  1.9999999999999998e-97  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3237  ABC transporter related  49.86 
 
 
353 aa  348  9e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.543822  normal  0.547453 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1646  ABC transporter related  46.69 
 
 
352 aa  325  7e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.324172 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3947  ABC transporter related  44.99 
 
 
366 aa  318  1e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0174728  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0784  ABC transporter related  45.95 
 
 
362 aa  316  3e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.294286  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4439  ABC transporter related  47.98 
 
 
348 aa  314  9.999999999999999e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3041  ABC transporter related  47.98 
 
 
372 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.383047  normal  0.901224 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3396  ABC opine/polyamine transporter, ATPase subunit  48.56 
 
 
372 aa  311  1e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4419  ABC transporter related  44.12 
 
 
356 aa  306  4.0000000000000004e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2524  ABC transporter, ATP-binding protein  44.96 
 
 
342 aa  305  6e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340978  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0860  ABC transporter related  44.93 
 
 
353 aa  305  8.000000000000001e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2267  ABC transporter related  41.81 
 
 
363 aa  303  2.0000000000000002e-81  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0308  ABC transporter related  43.71 
 
 
356 aa  301  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2335  ABC transporter  45.24 
 
 
342 aa  301  1e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.321614  normal  0.595854 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1587  ABC transporter related protein  43.66 
 
 
367 aa  299  5e-80  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5048  ABC transporter related  42.98 
 
 
353 aa  298  8e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0889  ABC transporter related  47.24 
 
 
368 aa  297  1e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2703  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  45.3 
 
 
359 aa  298  1e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.76714  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8172  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (iron)  46.99 
 
 
364 aa  297  2e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170371  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1896  ABC transporter related  45.14 
 
 
359 aa  296  3e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0892333  normal  0.42443 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4608  ABC transporter related  44.06 
 
 
342 aa  296  4e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1592  ABC transporter related  48.52 
 
 
356 aa  295  6e-79  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.911818  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1553  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.88 
 
 
362 aa  293  4e-78  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00925156  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6542  ABC transporter related  44.29 
 
 
362 aa  292  7e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0867904 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1284  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.21 
 
 
383 aa  292  7e-78  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0341676  normal  0.481379 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3205  ABC transporter related  47.44 
 
 
339 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1829  ABC transporter related protein  47.3 
 
 
376 aa  291  1e-77  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000162246  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0758  ABC transporter related  43.6 
 
 
365 aa  291  1e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6630  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.34 
 
 
363 aa  290  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00510446  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1836  ABC transporter, atp_binding subunit  43.15 
 
 
364 aa  290  3e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.382756 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0750  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter ATPase  43.45 
 
 
363 aa  289  4e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0659663  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4913  ABC transporter related  42.86 
 
 
353 aa  289  4e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.801745 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3496  ABC transporter related  45.02 
 
 
386 aa  289  6e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.149399  normal  0.134022 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7050  ABC transporter related  43.71 
 
 
356 aa  288  7e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.348083 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0341  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  46.63 
 
 
373 aa  288  7e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3162  ABC transporter related  44.81 
 
 
341 aa  288  8e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1237  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.28 
 
 
370 aa  288  9e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6870  ABC transporter related  40.23 
 
 
391 aa  288  1e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5058  ABC transporter related  43.45 
 
 
360 aa  288  1e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.309189  normal  0.0933032 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4660  ABC transporter related  43.62 
 
 
347 aa  288  1e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.934636  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2751  ABC transporter related protein  40.4 
 
 
383 aa  286  2e-76  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.450304  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2900  ABC transporter related  43.58 
 
 
353 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0916  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.32 
 
 
387 aa  286  5e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0280  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  45.14 
 
 
384 aa  285  5.999999999999999e-76  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4431  ABC transporter related  42.86 
 
 
363 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.140949  normal  0.44138 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1109  ABC transporter related  46.2 
 
 
323 aa  285  7e-76  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.79033  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4651  ABC transporter related  41.67 
 
 
367 aa  285  9e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3541  ABC transporter related  42.56 
 
 
360 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0790  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.03 
 
 
372 aa  284  1.0000000000000001e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.279429 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7452  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.57 
 
 
374 aa  284  1.0000000000000001e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.252559 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4728  ABC transporter related  42.56 
 
 
360 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.871256  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5376  ABC transporter related  42.56 
 
 
360 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3635  ABC transporter related  42.56 
 
 
360 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.340284 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8306  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  44.62 
 
 
347 aa  285  1.0000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.646948  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1568  ABC transporter related  45.72 
 
 
323 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4680  ABC transporter related  43.18 
 
 
358 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6000  ABC transporter related  42.09 
 
 
356 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0326013  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2474  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.38 
 
 
353 aa  284  2.0000000000000002e-75  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0335  ABC transporter related  46.38 
 
 
329 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0307284  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3890  ABC transporter-related protein  42.15 
 
 
354 aa  283  2.0000000000000002e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2223  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  45.77 
 
 
349 aa  283  4.0000000000000003e-75  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1935  spermidine/putrescine transport ATP-binding protein pota  46.55 
 
 
352 aa  283  4.0000000000000003e-75  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.672597  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2057  ABC transporter related  39.18 
 
 
361 aa  283  4.0000000000000003e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4155  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.22 
 
 
359 aa  282  5.000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.486675  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2640  ABC transporter related  43.58 
 
 
353 aa  282  6.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.151039  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04840  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  51.45 
 
 
363 aa  282  6.000000000000001e-75  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2137  ABC transporter related  46.08 
 
 
353 aa  281  1e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0832  ABC transporter related  40.52 
 
 
344 aa  281  1e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1247  ABC transporter related  42.25 
 
 
364 aa  281  1e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.198053  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4799  ABC transporter related  44.27 
 
 
363 aa  280  2e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.102455  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07110  ABC-type spermidine/putrescine transport system, ATPase component  38.57 
 
 
389 aa  281  2e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7799  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.5 
 
 
384 aa  280  2e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.57968  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3637  ABC transporter related  42.03 
 
 
347 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.671698  normal  0.50975 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1234  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  39.26 
 
 
367 aa  280  3e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0541634  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2418  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  40.28 
 
 
363 aa  280  3e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3396  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.04 
 
 
382 aa  280  3e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0281  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.28 
 
 
354 aa  280  4e-74  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0750  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.86 
 
 
352 aa  279  5e-74  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000146357  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1865  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.36 
 
 
364 aa  278  7e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.919871  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3796  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.79 
 
 
360 aa  278  7e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.327654  normal  0.344897 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0028  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.69 
 
 
378 aa  278  8e-74  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0855838  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1935  ABC transporter related  42.86 
 
 
352 aa  278  9e-74  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4219  ABC transporter related  39.77 
 
 
399 aa  278  1e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.116014  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2951  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  42.66 
 
 
352 aa  278  1e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6502  putative ABC transporter ATP-binding protein  44.55 
 
 
351 aa  278  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4232  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.96 
 
 
353 aa  278  1e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4944  ABC transporter related  41.72 
 
 
364 aa  278  1e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1930  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.94 
 
 
380 aa  278  1e-73  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00576419  hitchhiker  0.0000000435694 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2002  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.62 
 
 
341 aa  278  1e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1759  ABC transporter related  42.77 
 
 
353 aa  277  1e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.483638  normal  0.015539 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0674  ABC transporter, ATP-binding protein  44.7 
 
 
353 aa  276  2e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5505  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.83 
 
 
362 aa  277  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.690258  normal  0.0976565 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0224  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.56 
 
 
359 aa  277  2e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0718  ABC transporter, ATP-binding protein  45.1 
 
 
353 aa  276  3e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1278  ABC transporter related  41.83 
 
 
366 aa  276  3e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0519  ABC transporter related  41.83 
 
 
368 aa  276  3e-73  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8158  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (putrescine)  42.39 
 
 
377 aa  276  3e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0243  ABC transporter related  44.73 
 
 
342 aa  276  3e-73  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.251428 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2297  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.03 
 
 
352 aa  276  4e-73  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>