More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5048 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_5048  ABC transporter related  100 
 
 
353 aa  700    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1009  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.42 
 
 
382 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.753436  normal  0.193299 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3138  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.76 
 
 
423 aa  311  1e-83  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.227563  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3041  ABC transporter related  48.33 
 
 
372 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.383047  normal  0.901224 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3396  ABC opine/polyamine transporter, ATPase subunit  48.61 
 
 
372 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3387  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.04 
 
 
373 aa  306  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.397374  normal  0.592219 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0341  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  47.45 
 
 
373 aa  305  8.000000000000001e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2580  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.53 
 
 
372 aa  304  2.0000000000000002e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4439  ABC transporter related  47.71 
 
 
348 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1063  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  51.47 
 
 
354 aa  302  6.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.50404 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2606  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.92 
 
 
388 aa  302  6.000000000000001e-81  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.115233  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1553  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.25 
 
 
362 aa  302  6.000000000000001e-81  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00925156  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0784  ABC transporter related  46.5 
 
 
362 aa  302  7.000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.294286  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2567  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  45.92 
 
 
388 aa  302  7.000000000000001e-81  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.571516  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2612  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.92 
 
 
388 aa  302  7.000000000000001e-81  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5505  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.48 
 
 
362 aa  300  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.690258  normal  0.0976565 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4728  ABC transporter related  48.7 
 
 
360 aa  300  4e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.871256  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3635  ABC transporter related  48.7 
 
 
360 aa  300  4e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.340284 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3496  ABC transporter related  44.54 
 
 
386 aa  299  4e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.149399  normal  0.134022 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1587  ABC transporter related protein  43.26 
 
 
367 aa  299  5e-80  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1478  ABC transporter, ATP-binding protein  42.98 
 
 
343 aa  298  8e-80  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00879269  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3396  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.88 
 
 
382 aa  298  8e-80  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2912  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  47.14 
 
 
377 aa  298  1e-79  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1641  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.09 
 
 
372 aa  297  2e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2335  ABC transporter  47.46 
 
 
342 aa  297  2e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.321614  normal  0.595854 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0860  ABC transporter related  45.9 
 
 
353 aa  297  2e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3947  ABC transporter related  48.8 
 
 
366 aa  295  9e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0174728  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6033  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.18 
 
 
349 aa  294  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3205  ABC transporter related  49.54 
 
 
339 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3229  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.6 
 
 
408 aa  294  2e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3541  ABC transporter related  48.79 
 
 
360 aa  293  2e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2840  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.56 
 
 
372 aa  294  2e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.803293  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5376  ABC transporter related  48.79 
 
 
360 aa  293  2e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4431  ABC transporter related  49.21 
 
 
363 aa  294  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.140949  normal  0.44138 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1165  ABC transporter related  44.94 
 
 
363 aa  293  2e-78  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.191612  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2524  ABC transporter, ATP-binding protein  47.32 
 
 
342 aa  293  3e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340978  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5058  ABC transporter related  48.48 
 
 
360 aa  293  3e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.309189  normal  0.0933032 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2400  ABC putrescine transporter, ATPase subunit  52.17 
 
 
334 aa  293  4e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0424  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.38 
 
 
368 aa  293  4e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4608  ABC transporter related  54.71 
 
 
342 aa  292  5e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4944  ABC transporter related  46.05 
 
 
364 aa  291  8e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0750  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter ATPase  46.97 
 
 
363 aa  291  9e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0659663  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7452  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.07 
 
 
374 aa  291  1e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.252559 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0280  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  46.41 
 
 
384 aa  291  1e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1881  polyamine transport protein PotG  47.03 
 
 
381 aa  291  1e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6630  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.25 
 
 
363 aa  291  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00510446  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4155  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.08 
 
 
359 aa  290  2e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.486675  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2057  ABC transporter related  44.9 
 
 
361 aa  289  4e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0750  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.51 
 
 
352 aa  289  5.0000000000000004e-77  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000146357  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2841  ABC transporter related  47.09 
 
 
343 aa  289  6e-77  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.355371  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4379  ABC transporter related  46.09 
 
 
355 aa  288  1e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.803501 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3796  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.46 
 
 
360 aa  288  1e-76  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.327654  normal  0.344897 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1365  ABC transporter related  46.18 
 
 
337 aa  286  2.9999999999999996e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0831  ferric transporter ATP-binding subunit  44.6 
 
 
348 aa  286  2.9999999999999996e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0897  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.84 
 
 
358 aa  286  4e-76  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1486  ABC transporter related  41.46 
 
 
358 aa  285  5.999999999999999e-76  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00353537  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4419  ABC transporter related  49.35 
 
 
356 aa  285  7e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04840  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  44.61 
 
 
363 aa  285  1.0000000000000001e-75  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2408  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.58 
 
 
345 aa  285  1.0000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.65462  normal  0.048511 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0335  ABC transporter related  42.69 
 
 
329 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0307284  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2137  ABC transporter related  43.51 
 
 
353 aa  284  1.0000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1580  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  44.21 
 
 
372 aa  284  1.0000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.203005  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1061  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.01 
 
 
366 aa  284  2.0000000000000002e-75  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1262  ABC transporter related  46.72 
 
 
357 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6502  putative ABC transporter ATP-binding protein  50.46 
 
 
351 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6000  ABC transporter related  47.8 
 
 
356 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0326013  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0503  ABC transporter related  42.53 
 
 
358 aa  284  2.0000000000000002e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1284  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.89 
 
 
383 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0341676  normal  0.481379 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2167  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.61 
 
 
359 aa  283  3.0000000000000004e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1117  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.21 
 
 
367 aa  283  3.0000000000000004e-75  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.417968  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8306  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  46.02 
 
 
347 aa  283  3.0000000000000004e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.646948  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7063  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.09 
 
 
353 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.790238 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7050  ABC transporter related  48.43 
 
 
356 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.348083 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2703  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  45.88 
 
 
359 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.76714  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1250  ABC transporter related  45.85 
 
 
351 aa  282  5.000000000000001e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.440423 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4770  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.88 
 
 
395 aa  282  6.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1836  ABC transporter, atp_binding subunit  45.09 
 
 
364 aa  282  6.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.382756 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3637  ABC transporter related  45.48 
 
 
347 aa  282  6.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.671698  normal  0.50975 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2297  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.08 
 
 
352 aa  282  7.000000000000001e-75  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6542  ABC transporter related  45.6 
 
 
362 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0867904 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1896  ABC transporter related  47.92 
 
 
359 aa  281  1e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0892333  normal  0.42443 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0422  ABC sugar transporter, ATPase subunit  48.62 
 
 
360 aa  281  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4455  ABC transporter related  48.3 
 
 
369 aa  281  1e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.044613  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1177  ABC transporter related  45.48 
 
 
356 aa  281  1e-74  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.675733  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3653  ABC transporter-related protein  51.38 
 
 
338 aa  280  2e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0855337  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0023  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.86 
 
 
447 aa  280  2e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.222017  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4990  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.55 
 
 
363 aa  281  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2349  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.41 
 
 
365 aa  280  2e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542305 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2900  ABC transporter related  43.63 
 
 
353 aa  281  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0433  ferric transporter ATP-binding subunit  44.57 
 
 
348 aa  280  2e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5739  ABC transporter-related protein  42.9 
 
 
348 aa  280  2e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1143  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  43.82 
 
 
364 aa  280  3e-74  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3237  ABC transporter related  48.39 
 
 
353 aa  280  3e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.543822  normal  0.547453 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0385  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.04 
 
 
367 aa  280  3e-74  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7210  ABC transporter related  54.05 
 
 
360 aa  280  3e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3343  ABC transporter related protein  45.2 
 
 
348 aa  279  4e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3287  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  48 
 
 
349 aa  279  4e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.241244  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3863  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.07 
 
 
359 aa  280  4e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1587  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.58 
 
 
376 aa  279  5e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.167194 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3329  hypothetical protein  46.08 
 
 
349 aa  279  5e-74  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0596951  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>