144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3327 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_3327  rhomboid family membrane protein  100 
 
 		 219 aa  424  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0229306  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4052  rhomboid family protein  98.17 
 
 		 219 aa  420  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0629739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3232  protein tyrosine phosphatase  79.82 
 
 		 225 aa  343  8.999999999999999e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4233  rhomboid-like protein  43.75 
 
 		 211 aa  136  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3383  rhomboid family protein  38.1 
 
 		 234 aa  106  3e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1256  rhomboid family protein  29.53 
 
 		 253 aa  62.4  0.000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391814  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  39.34 
 
 		 298 aa  62  0.000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1218  rhomboid family protein  29.53 
 
 		 253 aa  62.4  0.000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  33.12 
 
 		 284 aa  60.1  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  33.12 
 
 		 286 aa  60.8  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2835  hypothetical protein  27.63 
 
 		 227 aa  59.7  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00353062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  37.33 
 
 		 287 aa  58.9  0.00000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0467  rhomboid family protein  31.52 
 
 		 228 aa  58.5  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0830945 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  29.17 
 
 		 267 aa  57.4  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  31.14 
 
 		 271 aa  56.6  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  32.91 
 
 		 315 aa  56.2  0.0000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  33.56 
 
 		 290 aa  55.8  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1937  rhomboid family protein  27.7 
 
 		 226 aa  56.2  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1026  hypothetical protein  28.76 
 
 		 259 aa  55.5  0.0000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.877096  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  29.22 
 
 		 286 aa  55.1  0.0000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  29.63 
 
 		 261 aa  55.1  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_003296  RS02331  hypothetical protein  30.32 
 
 		 197 aa  54.7  0.0000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00930848 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  30.15 
 
 		 265 aa  54.7  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0456  rhomboid family protein  34.17 
 
 		 228 aa  54.7  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.10013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  29.34 
 
 		 223 aa  54.3  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2815  rhomboid family protein  32.89 
 
 		 241 aa  54.3  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.906786 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0012  Rhomboid family protein  29.07 
 
 		 282 aa  53.5  0.000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0444  rhomboid-like protein  27.66 
 
 		 228 aa  53.1  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0125  rhomboid family protein  37.01 
 
 		 381 aa  52.8  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5548  Rhomboid family protein  31.33 
 
 		 198 aa  52.8  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  29.63 
 
 		 263 aa  52  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1155  rhomboid-like protein  37.86 
 
 		 155 aa  51.2  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0895  rhomboid-like protein  28.46 
 
 		 227 aa  51.2  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.402986 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  38.78 
 
 		 396 aa  50.8  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0665  rhomboid family protein  35.76 
 
 		 200 aa  51.2  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0019  Rhomboid family protein  32.89 
 
 		 238 aa  50.8  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2053  Rhomboid family protein  25.48 
 
 		 263 aa  50.1  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00720  uncharacterized membrane protein  34.31 
 
 		 313 aa  49.7  0.00003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3067  Rhomboid family protein  38.32 
 
 		 248 aa  50.1  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00769632  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0917  rhomboid family protein  34.78 
 
 		 177 aa  49.7  0.00003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  29.55 
 
 		 486 aa  49.7  0.00004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  32.3 
 
 		 218 aa  49.7  0.00004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1723  rhomboid-like protein  27.71 
 
 		 243 aa  49.3  0.00005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.351673  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3140  Rhomboid family protein  36.25 
 
 		 254 aa  48.9  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  30.87 
 
 		 279 aa  48.9  0.00006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  33.57 
 
 		 283 aa  48.9  0.00006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2202  hypothetical protein  28.57 
 
 		 263 aa  48.5  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2361  rhomboid family protein  28.1 
 
 		 266 aa  48.5  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  34.26 
 
 		 281 aa  48.5  0.00007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1853  Rhomboid family protein  26.17 
 
 		 263 aa  48.9  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0140086 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  28.76 
 
 		 237 aa  48.1  0.00009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  31.85 
 
 		 289 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  31.85 
 
 		 289 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  31.85 
 
 		 289 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  27.33 
 
 		 227 aa  47.8  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  31.11 
 
 		 232 aa  47.8  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  25 
 
 		 207 aa  47  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0916  rhomboid-like protein  28.75 
 
 		 223 aa  47.4  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1145  rhomboid-like protein  39.73 
 
 		 209 aa  47.4  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.062247  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  27.89 
 
 		 342 aa  47  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  32.59 
 
 		 293 aa  47  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0883  rhomboid family protein  31.39 
 
 		 172 aa  47.4  0.0002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2070  rhomboid family protein  33.14 
 
 		 224 aa  47.4  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0122974  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  30.26 
 
 		 246 aa  47  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4542  Rhomboid family protein  41.03 
 
 		 197 aa  47  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483276 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1090  rhomboid family protein  30.72 
 
 		 184 aa  47.4  0.0002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  31.16 
 
 		 222 aa  47  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4409  Rhomboid family protein  41.03 
 
 		 197 aa  47  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.824835 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  29.19 
 
 		 241 aa  47  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  31.69 
 
 		 237 aa  46.6  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3129  rhomboid-like protein  29.03 
 
 		 276 aa  46.6  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0489424  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  31.85 
 
 		 286 aa  46.6  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39588  Rhomboid-related protein 1 (RRP) (Rhomboid-like protein 1)  31.21 
 
 		 556 aa  46.6  0.0003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0102742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2719  Rhomboid family protein  28.22 
 
 		 198 aa  46.2  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.581136  normal  0.114622 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4634  rhomboid family protein  27.39 
 
 		 273 aa  46.6  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.248838  normal  0.0634854 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3394  Rhomboid family protein  28.22 
 
 		 198 aa  45.8  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  31.41 
 
 		 247 aa  46.2  0.0004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  29.22 
 
 		 248 aa  46.2  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  28.1 
 
 		 234 aa  46.2  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2217  Rhomboid family protein  28.57 
 
 		 274 aa  46.2  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0928322 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 327 aa  45.8  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  27.33 
 
 		 237 aa  45.8  0.0005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1657  rhomboid family protein  31.88 
 
 		 222 aa  45.8  0.0005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000107341  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2794  rhomboid-like protein  38.52 
 
 		 360 aa  45.4  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.89322  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  31.18 
 
 		 279 aa  45.4  0.0006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3272  rhomboid-like protein  36.99 
 
 		 375 aa  45.4  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00126234 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  32.89 
 
 		 234 aa  45.4  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0165  Rhomboid family protein  29.53 
 
 		 292 aa  45.4  0.0006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3288  rhomboid family protein  30.08 
 
 		 188 aa  45.4  0.0007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.419904  normal  0.14136 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  28.49 
 
 		 235 aa  45.1  0.0007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  28.49 
 
 		 235 aa  45.1  0.0007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1764  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 274 aa  45.4  0.0007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.949335  normal  0.141718 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  31.3 
 
 		 303 aa  45.1  0.0008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  28.57 
 
 		 342 aa  45.1  0.0008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  30.77 
 
 		 219 aa  45.1  0.0008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102271  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0269  rhomboid family protein  29.92 
 
 		 190 aa  44.7  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2931  hypothetical protein  31.82 
 
 		 209 aa  44.7  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2152  rhomboid-like protein  37.5 
 
 		 279 aa  44.3  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0896724  normal  0.106216 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  29.61 
 
 		 218 aa  44.3  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42743  predicted protein  29.13 
 
 		 669 aa  44.3  0.001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.599119  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>