More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_0021 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  100 
 
 		 303 aa  601  1.0000000000000001e-171  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0014  Rhomboid family protein  51.46 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  45.74 
 
 		 292 aa  208  8e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00270  uncharacterized membrane protein  44.69 
 
 		 336 aa  203  3e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.361521  normal  0.0722571 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  40.68 
 
 		 289 aa  185  8e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  40.3 
 
 		 289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  40.3 
 
 		 289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  44 
 
 		 286 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  40 
 
 		 291 aa  183  4.0000000000000006e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  39.19 
 
 		 303 aa  179  5.999999999999999e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  43.03 
 
 		 279 aa  177  2e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  40.2 
 
 		 290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  37.32 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0058  Rhomboid family protein  39.46 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  37.69 
 
 		 315 aa  165  6.9999999999999995e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  40 
 
 		 292 aa  162  5.0000000000000005e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  39.54 
 
 		 286 aa  162  8.000000000000001e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  38.15 
 
 		 287 aa  162  9e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02120  uncharacterized membrane protein  40 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.457704  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0012  Rhomboid family protein  39.92 
 
 		 282 aa  161  1e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  36.65 
 
 		 275 aa  160  3e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  37.25 
 
 		 284 aa  159  5e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0018  rhomboid family protein  37.36 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.417524  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2486  Rhomboid family protein  43.12 
 
 		 240 aa  150  3e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.19288  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1764  Rhomboid family protein  37.21 
 
 		 274 aa  148  1.0000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.949335  normal  0.141718 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  35.12 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  37.8 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5244  Rhomboid family protein  38.29 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.159225  hitchhiker  0.00568338 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0125  rhomboid family protein  35.52 
 
 		 381 aa  144  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0165  Rhomboid family protein  35.82 
 
 		 292 aa  141  9.999999999999999e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  33.75 
 
 		 356 aa  142  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  32.98 
 
 		 359 aa  132  9e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00150  uncharacterized membrane protein  39.6 
 
 		 306 aa  128  9.000000000000001e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.143019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0295  Rhomboid family protein  36.6 
 
 		 317 aa  126  6e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.691779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  37.56 
 
 		 327 aa  115  6e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00720  uncharacterized membrane protein  33.21 
 
 		 313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0023  Rhomboid family protein  34.98 
 
 		 278 aa  113  4.0000000000000004e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.816086  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  32.88 
 
 		 486 aa  108  1e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  33.06 
 
 		 389 aa  107  4e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2719  Rhomboid family protein  36.27 
 
 		 198 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.581136  normal  0.114622 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3394  Rhomboid family protein  35.75 
 
 		 198 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  34.85 
 
 		 519 aa  103  4e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0019  Rhomboid family protein  37.07 
 
 		 238 aa  103  4e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  38.42 
 
 		 569 aa  99.8  5e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  31.63 
 
 		 487 aa  99.8  5e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0711  Rhomboid family protein  34.64 
 
 		 515 aa  99.8  5e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.535917 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  31.63 
 
 		 487 aa  99.8  5e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  34.39 
 
 		 386 aa  99  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  34.34 
 
 		 356 aa  97.8  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  32.43 
 
 		 365 aa  98.2  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2750  rhomboid family protein  42.11 
 
 		 369 aa  96.7  5e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.717687 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1384  membrane-associated serine protease  31.7 
 
 		 228 aa  95.1  1e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000348789  hitchhiker  4.81213e-16 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  34.95 
 
 		 219 aa  92.4  9e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102271  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2212  Rhomboid family protein  40.91 
 
 		 234 aa  91.3  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00605445  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  31.98 
 
 		 554 aa  90.9  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  41.54 
 
 		 342 aa  90.5  3e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  40.77 
 
 		 342 aa  89.4  7e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2980  Rhomboid family protein  40.85 
 
 		 360 aa  87.4  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0252324  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2794  rhomboid-like protein  40.85 
 
 		 360 aa  88.2  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.89322  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  33.73 
 
 		 236 aa  88.2  2e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  32.02 
 
 		 371 aa  87  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  34.41 
 
 		 267 aa  87  4e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  33.49 
 
 		 283 aa  86.3  5e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  32.96 
 
 		 225 aa  86.3  5e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  31.43 
 
 		 286 aa  86.3  6e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  31.15 
 
 		 511 aa  86.3  6e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2888  Rhomboid family protein  40.24 
 
 		 360 aa  85.5  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0497694  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  32.75 
 
 		 224 aa  84.7  0.000000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  31.28 
 
 		 358 aa  83.6  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  31.18 
 
 		 362 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  31 
 
 		 579 aa  83.2  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  34.08 
 
 		 226 aa  82.8  0.000000000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1145  rhomboid-like protein  42.48 
 
 		 209 aa  82.4  0.000000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.062247  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  32.35 
 
 		 223 aa  80.1  0.00000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  37.32 
 
 		 281 aa  79.3  0.00000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  33.14 
 
 		 523 aa  79  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1388  hypothetical protein  36.36 
 
 		 201 aa  79  0.0000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0160544  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  33.67 
 
 		 271 aa  78.6  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  35.48 
 
 		 197 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5574  Rhomboid family protein  36.09 
 
 		 228 aa  78.2  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2194  rhomboid family protein  32.28 
 
 		 489 aa  77  0.0000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.456574 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  32.37 
 
 		 396 aa  76.6  0.0000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  31.98 
 
 		 541 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0176  membrane-associated serine protease  31.76 
 
 		 230 aa  75.5  0.000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0001752  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0025  peptidase, S54 (rhomboid) family protein  34.01 
 
 		 234 aa  75.1  0.000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.777845 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1000  rhomboid family protein  32.63 
 
 		 528 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  29.57 
 
 		 348 aa  73.9  0.000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  29.08 
 
 		 211 aa  73.6  0.000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0958  rhomboid family protein  31.4 
 
 		 547 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3385  rhomboid family protein  31.4 
 
 		 541 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0685  S54 family peptidase  39.85 
 
 		 625 aa  72.8  0.000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.085166  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2337  rhomboid family protein  36.24 
 
 		 238 aa  72.8  0.000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.218198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  31.96 
 
 		 360 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  30.65 
 
 		 360 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  30.65 
 
 		 360 aa  72  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1088  Rhomboid family protein  34.07 
 
 		 205 aa  71.6  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1155  rhomboid-like protein  38.46 
 
 		 155 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  33.17 
 
 		 263 aa  71.6  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1220  Rhomboid family protein  29.41 
 
 		 228 aa  70.1  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.231981 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 224 aa  70.1  0.00000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>