More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3784 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  100 
 
 		 283 aa  554  1e-157  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  77.34 
 
 		 281 aa  389  1e-107  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  42.36 
 
 		 286 aa  159  5e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  44.1 
 
 		 271 aa  159  6e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  41 
 
 		 519 aa  137  2e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  43.62 
 
 		 511 aa  132  9e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  32.92 
 
 		 342 aa  126  3e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  32.5 
 
 		 342 aa  123  4e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  39.39 
 
 		 365 aa  121  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  34.78 
 
 		 554 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  35.19 
 
 		 327 aa  114  3e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31680  predicted protein  42.58 
 
 		 268 aa  112  9e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0246535  normal  0.737397 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  44.9 
 
 		 386 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47107  predicted protein  40.65 
 
 		 342 aa  108  7.000000000000001e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0432891  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  35.98 
 
 		 356 aa  107  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  38.73 
 
 		 291 aa  103  4e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  36.82 
 
 		 226 aa  102  7e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  43.06 
 
 		 275 aa  102  7e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  46.48 
 
 		 389 aa  101  1e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  44.14 
 
 		 287 aa  100  3e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0125  rhomboid family protein  42.45 
 
 		 381 aa  99  8e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  37.42 
 
 		 569 aa  96.3  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  39.24 
 
 		 235 aa  96.7  4e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  39.24 
 
 		 235 aa  96.7  4e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  38.56 
 
 		 236 aa  95.9  6e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  39.49 
 
 		 286 aa  95.1  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  33.88 
 
 		 371 aa  94.7  1e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  44.97 
 
 		 303 aa  94.4  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  43.75 
 
 		 303 aa  94  2e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  36.32 
 
 		 358 aa  92.8  5e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  36.9 
 
 		 348 aa  92.8  5e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  40.44 
 
 		 487 aa  92.8  6e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  40.44 
 
 		 487 aa  92.8  6e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  33.99 
 
 		 223 aa  92.8  6e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1384  membrane-associated serine protease  36.91 
 
 		 228 aa  92.4  7e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000348789  hitchhiker  4.81213e-16 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1655  rhomboid family protein  35.1 
 
 		 376 aa  92.4  8e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.51113  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  38.93 
 
 		 396 aa  92  1e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5244  Rhomboid family protein  45.32 
 
 		 306 aa  91.7  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.159225  hitchhiker  0.00568338 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1683  rhomboid family protein  37.57 
 
 		 248 aa  91.3  2e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000993388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  33.19 
 
 		 284 aa  90.5  3e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0058  Rhomboid family protein  34.03 
 
 		 302 aa  90.1  3e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4044  Rhomboid family protein  38.03 
 
 		 513 aa  87.8  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.887377 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  34.56 
 
 		 486 aa  87.8  2e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0025  peptidase, S54 (rhomboid) family protein  43.26 
 
 		 234 aa  87.8  2e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.777845 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  30.38 
 
 		 292 aa  87.4  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  41.91 
 
 		 279 aa  87.8  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  41.91 
 
 		 290 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 303 aa  87.4  2e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 315 aa  87.4  3e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  41.67 
 
 		 298 aa  86.3  5e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  37.02 
 
 		 289 aa  85.1  0.000000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  37.02 
 
 		 289 aa  85.1  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  37.02 
 
 		 289 aa  85.1  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0165  Rhomboid family protein  30 
 
 		 292 aa  84.3  0.000000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2194  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 489 aa  83.6  0.000000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.456574 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9252  predicted protein  35.03 
 
 		 261 aa  83.2  0.000000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00301456  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  35.62 
 
 		 227 aa  83.6  0.000000000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  43.57 
 
 		 224 aa  83.2  0.000000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3651  Rhomboid family protein  40.52 
 
 		 747 aa  82.4  0.000000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.015996 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0019  Rhomboid family protein  40.6 
 
 		 238 aa  82  0.000000000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  34.39 
 
 		 541 aa  82  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  41.77 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  38.51 
 
 		 286 aa  81.3  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00624  conserved hypothetical protein  34.39 
 
 		 625 aa  80.1  0.00000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2989  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  34.39 
 
 		 625 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  33.16 
 
 		 267 aa  80.5  0.00000000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  36.81 
 
 		 356 aa  80.5  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00614  hypothetical protein  34.39 
 
 		 625 aa  80.1  0.00000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  35.46 
 
 		 224 aa  80.1  0.00000000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  40.38 
 
 		 359 aa  80.1  0.00000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0012  Rhomboid family protein  40.67 
 
 		 282 aa  80.1  0.00000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42439  predicted protein  32.02 
 
 		 570 aa  80.1  0.00000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00659721  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  42.34 
 
 		 293 aa  79.7  0.00000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0685  S54 family peptidase  38.67 
 
 		 625 aa  79.7  0.00000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.085166  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2888  Rhomboid family protein  41.61 
 
 		 360 aa  78.2  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0497694  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1388  hypothetical protein  36.91 
 
 		 201 aa  78.2  0.0000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0160544  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0904  rhomboid family protein  34.32 
 
 		 284 aa  77.8  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  34.19 
 
 		 225 aa  78.2  0.0000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2212  Rhomboid family protein  35.14 
 
 		 234 aa  76.6  0.0000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00605445  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00150  uncharacterized membrane protein  39.6 
 
 		 306 aa  76.6  0.0000000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.143019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2980  Rhomboid family protein  40.94 
 
 		 360 aa  75.9  0.0000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0252324  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2794  rhomboid-like protein  41.43 
 
 		 360 aa  75.1  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.89322  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1145  rhomboid-like protein  44.06 
 
 		 209 aa  74.7  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.062247  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0591  peptidase, S54 (rhomboid) family  33.86 
 
 		 625 aa  74.7  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42743  predicted protein  32.53 
 
 		 669 aa  74.7  0.000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.599119  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  36 
 
 		 237 aa  73.6  0.000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02120  uncharacterized membrane protein  31.3 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.457704  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0018  rhomboid family protein  51.22 
 
 		 306 aa  73.6  0.000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.417524  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1764  Rhomboid family protein  35.44 
 
 		 274 aa  73.2  0.000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.949335  normal  0.141718 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  33.77 
 
 		 523 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_15482  predicted protein  34.23 
 
 		 253 aa  73.2  0.000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  32.81 
 
 		 579 aa  72.8  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  30.15 
 
 		 283 aa  72.8  0.000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  34.78 
 
 		 219 aa  72.4  0.000000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102271  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1449  Rhomboid family protein  35.63 
 
 		 263 aa  71.6  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.6312  normal  0.568925 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0207  Rhomboid family protein  33.57 
 
 		 205 aa  71.6  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0269044  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  34.36 
 
 		 232 aa  72  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0014  Rhomboid family protein  35.42 
 
 		 298 aa  72  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_5543  predicted protein  33.81 
 
 		 141 aa  71.2  0.00000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0202221  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00720  uncharacterized membrane protein  30.99 
 
 		 313 aa  70.9  0.00000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>